骨质疏松和初潮年龄多效遗传位点的鉴定

论文摘要

流行病学显示,骨质疏松与初潮年龄存在表型相关和遗传相关,它们可能共享相同的遗传风险因子,但是到目前为止只有很少的多效基因被报道。本研究运用条件错误发现率（cFDR）方法分析腰椎骨密度（LS BMD）、前臂骨密度（FA BMD）和股骨颈骨密度（FN BMD）全基因组关联（GWAS）数据与初潮年龄的GWAS数据,鉴定骨质疏松和初潮年龄的共享多效遗传位点和基因。通过分层条件Q-Q图来评估骨质疏松和初潮年龄之间的多效基因富集情况,结果显示FA BMD、FN BMD、LS BMD和AAM之间存在多效富集现象。当分别以FA BMD、FN BMD、LS BMD为条件性状时,分别鉴定出1203、1197、1195个变异位点与AAM关联;当以AAM为条件性状时,分别鉴定到3个位点与FA BMD关联、21个位点与FN BMD关联、24个位点与LS BMD关联（cFDR<0.05）。联合cFDR分析发现,5个位点同时与骨质疏松和初潮年龄关联（ccFDR<0.05）,分别是CCDC170 rs12197879、ATE1 rs2420970、SMAD3 rs7173811、TRPC7rs889012和CCDC170 rs11753987。采用贝叶斯精细定位PAINTOR方法鉴定4个多效基因上的因果变异位点,发现5个SNP后验概率大于0.9,分别是TRPC7 rs183771211、ATE1 rs4752596、rs2420960、SMAD3 rs76246800和rs76131938。本研究鉴定到的多效基因位点以及因果变异位点加深了我们对骨质疏松和初潮年龄共患病机理的认识,并为后续的功能学实验以及临床治疗提供一定的理论依据。

论文目录

• 中文摘要
• ABSTRACT
• 1.文献综述
•   1.1 引言
•   1.2 复杂疾病和多效基因
•   1.3 骨质疏松
•     1.3.1 骨质疏松的定义和影响因素
•     1.3.2 如何诊断骨质疏松以及骨质疏松的危害
•     1.3.3 与骨质疏松相关的候选基因
•   1.4 初潮年龄
•   1.5 骨质疏松和初潮年龄相关性研究
• 2.材料与方法
•   2.1 样本
•   2.2 统计分析
•     2.2.1 数据准备
•     2.2.2 分层条件Q-Q图评估AAM和 BMD之间的多效富集情况·
•     2.2.3 错误发现率
•     2.2.4 cFDR（Conditional FDR）:鉴定与一个性状相关联的位点
•     2.2.5 ccFDR（conjunction cFDR）：鉴定多效位点
•     2.2.6 曼哈顿图的绘制
•     2.2.7 蛋白-蛋白相互作用网络和eQTL分析
•     2.2.8 双性状的精细定位
•     2.2.9 RegulomeDB评分
• 3.结果与分析
•   3.1 初潮年龄与BMD各表型之间的分层条件Q-Q图
•   3.2 cFDR鉴定的与AAM相关联的遗传位点
•   3.3 cFDR鉴定的与BMD相关联的遗传位点
•   3.4 AAM与OP之间的多效基因位点、蛋白-蛋白相互作用网络结果和eQTL分析结果
•   3.5 精细定位、RegulomeDB评分和HaploReg分析结果
• 4.讨论
• 论文结论和创新性
• 参考文献
• 致谢

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 侯慧慧

导师: 邓红文

关键词: 骨质疏松,条件错误发现率,多效基因,精细定位

来源: 湖南师范大学

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,基础医学,内分泌腺及全身性疾病

单位: 湖南师范大学

分类号: R580;R394

总页数: 50

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