导读:本文包含了丙氨酸扫描论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:热点残基,蛋白-蛋白相互作用,蛋白-小分子配体相互作用,IE
丙氨酸扫描论文文献综述
黄达锭[1]（2019）在《基于MM/GBSA_IE方法的丙氨酸突变扫描的应用》一文中研究指出得益于计算机计算能力的高速发展,理论计算方法在当今的物理,化学和生物等多个科学研究领域中扮演着越来越重要的角色。其中,像分子动力学模拟,分子对接模拟,量子力学计算等分子模拟方法在如今的药物开发和设计中发挥着越来越大的作用。依靠各种计算生物物理学方法,我们能够探究和认识生物体内各种物理化学反应的机理,理解相关疾病的致病原因,为开发新型的治疗方法和药物提供理论基础。虽然各种分子模拟方法已经取得了巨大发展并得到了广阔的应用,但是目前仍存在许多局限性。比如大分子体系的自由能计算,特别是熵的计算;溶剂模型;复杂反应机理计算等方面还有很大的改进空间。为了有效地和可靠地计算蛋白-蛋白,蛋白-配体等生物大分子体系的相互作用结合自由能,本课题组最近发展了Interaction Entropy(IE)方法用于计算结合自由能中的熵贡献。结合MM/GBSA方法,MM/GBSA_IE方法被应用于蛋白相互作用体系的计算机丙氨酸突变扫描的结合自由能差值计算中。由于计算上的高效性和结果的可靠性,基于MM/GBSA_IE方法的丙氨酸突变扫描显示出广阔的应用前景。在本文中,我们主要基于MM/GBSA_IE方法,将其应用于几个具有重要生物功能和意义的蛋白-蛋白和蛋白-配体相互作用体系,以解释实验结果并探究其相互作用机制。在本文的第二章中,我们应用基于MM/GBSA_IE方法的丙氨酸突变扫描,对p53-MDM2等蛋白-蛋白相互作用进行突变结合自由能差计算,并将计算结果和现有的实验值进行比较。结果表明MM/GBSA_IE方法要比传统的MM/GBSA方法更加准确可靠。同时,由于实验上未对MDM2和MDMX蛋白进行丙氨酸突变扫描,我们对其热点残基进行了预测,并进一步分析了其相互作用机制。在第叁章中,我们使用基于MM/GBSA_IE方法的丙氨酸突变扫描对PD-1/PD-L1蛋白-蛋白相互作用的热点残基进行预测。结果表明,在PD-1/PD-L1相互作用界面上存在一个由疏水热点残基形成的疏水核心。结合氢键分析,我们发现了一个围绕在疏水核心周围的稳定氢键网络。进一步地,结合其他几种常见的热点残基预测方法,对MM/GBSA_IE方法预测的热点残基进行了验证并鉴定出了两个丙氨酸热点残基。在第四章中,我们使用分子对接模拟和丙氨酸突变扫描对靶向核心PRC2复合物的EED亚基蛋白的小分子抑制剂的结合模式进行对比分析。对接结果表明MAK683和EED226与EED的结合模式非常接近。丙氨酸突变扫描结果显示,虽然EED蛋白的小分子抑制剂EED226,A-395和MAK683与EED蛋白有着相似的结合模式,但是它们相互作用的结合自由能分布却存在显着差异。由于MAK683结合了EED226和A-395两种抑制剂的优点,在与EED的结合上展现出更强的亲和力,表明MAK683可能是其中最具潜力的PRC2抑制剂。(本文来源于《华东师范大学》期刊2019-05-01）
张右梓[2]（2019）在《基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算》一文中研究指出聚腺苷二磷酸-核糖聚合酶[poly(ADP-ribose)polymerases,PARPs]广泛存在于真核细胞中,是一类重要的多功能蛋白质翻译后修饰酶,通过对各种核蛋白进行修饰参与蛋白翻译、细胞凋亡等细胞生理活动的调节。PARP1蛋白被抑制会导致细胞对DNA损伤敏感,因此PARP1抑制剂最初被用当作放化疗的增敏剂使用;直到其与BRCA1/2基因的合成致死关系被阐明,人们才意识到它有作为靶向药物的潜质。自2014年FDA批准上市第一例PARP1抑制剂药物奥拉帕尼至今上市药物已达4种,处于研发阶段的临床实验更是捷报频传,表明PARP1已真正成为近年肿瘤治疗的新热靶点。本文对PDB库中具有实验值的13个人源PARP1-小分子晶体结构分别进行了40纳秒的分子动力学模拟,首先结合MM/GBSA计算焓变,再使用AS-IE法将相互作用熵引入,通过丙氨酸扫描计算单个氨基酸对结合自由能的贡献及加总得到的总自由能;再挑选合适的时间段用传统的MM/GBSA中normal mode模块计算熵变,将计算结果对照实验值进行比较。计算结果显示,MM/GBSA方法计算值与实验值的平均绝对误差为5.49 kcal/mol,而AS-IE方法为2.0 kcal/mol。结论为,用相互作用熵的方法将熵引入丙氨酸变异可有效降低预测值与实验值间的误差。并在此基础上抽选了其中5个PARP1蛋白-配体体系,利用对接软件GLIDE在FDA批准上市的药物数据库中虚拟筛选出一些打分低于原配体的小分子,对以PARP1为靶点的药物设计提供了少许思路。(本文来源于《华东师范大学》期刊2019-04-23）
张右梓,刘笑,周一凡,张增辉[3]（2018）在《基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算》一文中研究指出PARP1蛋白是真核细胞DNA损伤修复的关键因子,也是近年来肿瘤治疗的新热靶标之一.本文运用本课题组发展的基于相互作用熵方法并结合MM/GBSA方法对蛋白-配体进行丙氨酸扫描,计算了10个抑制剂小分子与PARP1蛋白及与PARP1蛋白各残基间的相互作用结合自由能并由此获得总的结合自由能.计算结果表明,相比传统MM/GBSA方法,新的计算方法可以显着提高蛋白-配体结合自由能计算的精度,缩小与实验值的误差.(本文来源于《中国科学:化学》期刊2018年02期）
徐盼,吴勇,于树润,长孙东亭,罗素兰[4]（2015）在《αO-芋螺毒素GeXIVA丙氨酸扫描突变体的合成研究》一文中研究指出目的:芋螺毒素因其种类繁多,结构新颖,选择性强,疗效确切,并在镇痛、成瘾、麻醉等方面具有极好的应用前景。本实验室发现了结构新颖的αO-芋螺毒素GeXIVA,是迄今α9α10乙酰胆碱受体(nAChRs)的活性最强的选择性阻断剂。GeXIVA还是第一个电压依赖性的α9α10nAChRs强阻断剂,其半阻断剂量(IC_(50))在普通ND96缓冲环境中仅为4.6 nM,在Ba~(2+)-ND96环境中为3.8 nM。GeXIVA在神经痛模型上具有很强的镇痛活性,并可肌肉注射发挥药效,且不成瘾。α9α10 nAChRs是治疗神经痛、癌症化疗、乳腺癌等的新靶点,存在于外周神经系统。。。本研究在此基础上,对GeXIVA的丙氨酸扫描突变体进行合成,以期获得足量的突变肽,用于GeXIVA与受体相互作用的分子机理深入研究。合成一系列突变体,然后通过对两对二硫键的氧化折迭形成有活性的空间结构,后续利用电生理技术检测每个突变体活性的变化,从而获得关键氨基酸位点,对进一步研究GeXIVA结构与功能提供了多肽原料。方法:用丙氨酸对GeXIVA中的每一个非半胱氨酸残基进行逐一代替,设计出其一系列丙氨酸扫描突变体肽,并利用固相合成法进行线性肽的人工合成,其中的半胱氨酸(Cys)用不同的保护基团进行保护。线性树脂肽用切割液K(叁氟乙酸:苯酚:水:TIPs的比例为44:25:25:1)进行切割,经,浓缩,用B60溶解少量肽并在分析型HPLC上进行鉴定,收集目的峰,经质谱鉴定分子量正确后,用两步氧化法进行折迭,定点形成两对二硫键。其活性最强异构体的半胱氨酸(Cys)连接方式是Cys1-Cys2,Cys3-Cys4。第一对二硫键形成采用空气氧化法,可用碳酸氢铵(NH_4HCO_3)或者铁氰化钾(K_3[Fe(CN)_6])进行氧化。第二对二硫键形成则采用碘氧化法。结果:已获得了一定量的各个GeXIVA丙氨酸扫描突变体,纯度达到95%以上,可满足这些突变体后续结构与功能研究的多肽质量要求。但由于这些突变体肽的氨基酸序列中有很多精氨酸,线性肽合成后的纯度都在50%以下增加了后续纯化和氧化折迭的难度,对最终的活性肽合成量也有影响。另外,第一步氧化用铁氰化钾(K_3[Fe(CN)_6])氧化法往往遇到目的肽丢失而回收不回来的情况,故采用碳酸氢铵(NH_4HCO_3)法氧化,并用C18重力小柱进行回收,其回收率达到65%,纯度80%左右,可用于第二步碘氧化。第二步碘氧化后的回收率为70%,经HPLC纯化后,纯度可达到95%以上。结论:第一步氧化为关键步骤,第一步氧化用NH_4HCO_3法比用K_3[Fe(CN)_6]法要好,可提高单环肽的产率。对于少数得率很低的突变体,有必要对第一步氧化过程中所用的缓冲液、反应时间和温度等条件进行优化,来进一步提供合成产率。(本文来源于《第12届生物毒素研究及医药应用学术大会论文集》期刊2015-10-09）
刘晓姝,徐开菊,谢辉,杨兴祥[5]（2015）在《瞬时弹性扫描诊断丙氨酸氨基转移酶轻度升高的慢性乙型肝炎病毒感染者肝纤维化的研究》一文中研究指出目的评价丙氨酸氨基转移酶(ALT)轻度升高的慢性乙型肝炎病毒(HBV)感染患者瞬时弹性扫描的肝脏硬度值(Stiffness值)与肝脏病理的相关性,了解瞬时弹性扫描在该部分人群中的临床应用价值。方法选取在四川省人民医院感染科住院行肝穿刺活组织检查的慢性HBV感染者110例,于肝活检手术前1周内进行瞬时弹性扫描检测Stiffness值,收集患者手术后的病理组织学检查结果。结果本组无肝纤维化(S0期)66例,轻度肝纤维化(S1~S2期)22例,中度肝纤维化(S3期)14例,重度肝纤维化(S4期)8例,Stiffness值比较差异有统计学意义(P<0.001)。Stiffness值与肝纤维化分期、年龄呈正相关,与PLT成负相关(P<0.01)。肝脏彩超异常组与正常组的Stiffness值差异无统计学意义(P>0.05)。肝脏彩超异常与肝纤维化分期无相关性(P=0.353)。结论瞬时弹性扫描在ALT轻度升高的慢性HBV感染者的肝纤维化检测相关性较好,可作为这部分人群临床诊断肝纤维化的良好指标之一。(本文来源于《实用医院临床杂志》期刊2015年05期）
刘成,饶燕,杨春虹[6]（2013）在《高等植物光系统Ⅱ大量捕光天线中螺旋E的丙氨酸扫描突变研究》一文中研究指出高等植物光系统Ⅱ的大量捕光色素蛋白复合体(LHCIIb)除了捕获光能的功能外,在高光强下还可以非光化学耗散过度激发能。而LHCIIb聚集体的形成被认为与非光化学耗散机理有关。LHCIIb的近原子分辨率晶体结构揭示出在LHCIIb跨膜螺旋B/C间腔侧环区中存在一个β-反平行股和一个螺旋E(W97-F105)。这段腔侧环区的作用被认为是一个非常重要的"分子开关",参与LHCIIb功能的调节。对β-反平行股的研究表明其在调节叶绿素的荧光产量、聚集体形成特性及色素的构象等方面起重要作用,但螺旋E的具体功能不明。为了研究螺旋E对于LHCIIb复合体在结构和功能上的意义,我们将螺旋E的8个氨基酸残基分别定点突变成丙氨酸(A)。丙氨酸的侧链为无其它活性基团的甲基,置换后对蛋白质的结构影响较小。因此通过丙氨酸扫描突变的方法以及对这些突变体的多种光谱和生化指标的检测,可以考察螺旋E每个(本文来源于《生态文明建设中的植物学：现在与未来——中国植物学会第十五届会员代表大会暨八十周年学术年会论文集——第3分会场：植物分子生物学与基因组学》期刊2013-10-13）
曾雄智,邓梅春,皮建辉,全妙华,孙正华[7]（2007）在《敬钊缨毛蛛毒素-Ⅴ的丙氨酸扫描突变研究与~1H-NMR信号归属》一文中研究指出敬钊毒素-Ⅴ是从敬钊缨毛蛛(Chilobrachys jingzhao)粗毒中分离纯化到的一种新型神经毒素, 能够强力抑制大鼠背根神经节细胞上的河豚毒素敏感型与河豚毒素不敏感型钠离子通道,其半数最大抑制浓度分别为30.2 nM 和27.6nM。鉴于特异表达于外周感觉神经元上的河豚毒素敏感型钠通道(本文来源于《第八届中国生物毒素学术研讨会论文摘要集》期刊2007-11-01）
曾雄智,邓梅春,皮建辉,全妙华,孙正华[8]（2007）在《敬钊缨毛蛛毒素-Ⅴ的丙氨酸扫描突变研究与~1H-NMR信号归属》一文中研究指出敬钊毒素-Ⅴ是从敬钊缨毛蛛(Chilobrachys jingzhao)粗毒中分离纯化到的一种新型神经毒素,能够强力抑制大鼠背根神经节细胞上的河豚毒素敏感型与河豚毒素不敏感型钠离子通道,其半数最大抑制浓度分别为30.2 nM和27.6nM.鉴于特异表达于外周感觉神经元上的河豚毒素敏感型钠通道(本文来源于《第八届中国生物毒素学术研讨会论文摘要》期刊2007-11-01）
梁珏,张贵荣,刘元兰,汤杰,刘晓峰[9]（2003）在《动电位扫描法对丙酮酸电还原氨化合成丙氨酸反应的研究》一文中研究指出该文主要采用动电位扫描法研究丙酮酸的电还原氨化反应。探讨了电解池类型、研究电极的材料、反应温度、底物(丙酮酸)及NH3 NH4Cl缓冲溶液的浓度、溶解氧等因素对该体系的动电位扫描曲线的影响规律及其原因。提出了丙酮酸发生电还原氨化反应为一个CE反应及其可能机理。(本文来源于《华东师范大学学报(自然科学版)》期刊2003年04期）
张忆华,郑衍生,姚新华[10]（1991）在《同步扫描-导数荧光法测定饮料中苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸》一文中研究指出采用同步-导数荧光法同时测定同一体系中的酪氨酸、色氨酸和苯丙氨酸,对牛奶和啤酒中的各氨基酸的含量进行了测定,取得了满意的结果。(本文来源于《吉林大学自然科学学报》期刊1991年04期）
丙氨酸扫描论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
聚腺苷二磷酸-核糖聚合酶[poly(ADP-ribose)polymerases,PARPs]广泛存在于真核细胞中,是一类重要的多功能蛋白质翻译后修饰酶,通过对各种核蛋白进行修饰参与蛋白翻译、细胞凋亡等细胞生理活动的调节。PARP1蛋白被抑制会导致细胞对DNA损伤敏感,因此PARP1抑制剂最初被用当作放化疗的增敏剂使用;直到其与BRCA1/2基因的合成致死关系被阐明,人们才意识到它有作为靶向药物的潜质。自2014年FDA批准上市第一例PARP1抑制剂药物奥拉帕尼至今上市药物已达4种,处于研发阶段的临床实验更是捷报频传,表明PARP1已真正成为近年肿瘤治疗的新热靶点。本文对PDB库中具有实验值的13个人源PARP1-小分子晶体结构分别进行了40纳秒的分子动力学模拟,首先结合MM/GBSA计算焓变,再使用AS-IE法将相互作用熵引入,通过丙氨酸扫描计算单个氨基酸对结合自由能的贡献及加总得到的总自由能;再挑选合适的时间段用传统的MM/GBSA中normal mode模块计算熵变,将计算结果对照实验值进行比较。计算结果显示,MM/GBSA方法计算值与实验值的平均绝对误差为5.49 kcal/mol,而AS-IE方法为2.0 kcal/mol。结论为,用相互作用熵的方法将熵引入丙氨酸变异可有效降低预测值与实验值间的误差。并在此基础上抽选了其中5个PARP1蛋白-配体体系,利用对接软件GLIDE在FDA批准上市的药物数据库中虚拟筛选出一些打分低于原配体的小分子,对以PARP1为靶点的药物设计提供了少许思路。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
丙氨酸扫描论文参考文献
[1].黄达锭.基于MM/GBSA_IE方法的丙氨酸突变扫描的应用[D].华东师范大学.2019
[2].张右梓.基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算[D].华东师范大学.2019
[3].张右梓,刘笑,周一凡,张增辉.基于丙氨酸扫描与相互作用熵方法的PARP1与配体的结合自由能计算[J].中国科学:化学.2018
[4].徐盼,吴勇,于树润,长孙东亭,罗素兰.αO-芋螺毒素GeXIVA丙氨酸扫描突变体的合成研究[C].第12届生物毒素研究及医药应用学术大会论文集.2015
[5].刘晓姝,徐开菊,谢辉,杨兴祥.瞬时弹性扫描诊断丙氨酸氨基转移酶轻度升高的慢性乙型肝炎病毒感染者肝纤维化的研究[J].实用医院临床杂志.2015
[6].刘成,饶燕,杨春虹.高等植物光系统Ⅱ大量捕光天线中螺旋E的丙氨酸扫描突变研究[C].生态文明建设中的植物学：现在与未来——中国植物学会第十五届会员代表大会暨八十周年学术年会论文集——第3分会场：植物分子生物学与基因组学.2013
[7].曾雄智,邓梅春,皮建辉,全妙华,孙正华.敬钊缨毛蛛毒素-Ⅴ的丙氨酸扫描突变研究与~1H-NMR信号归属[C].第八届中国生物毒素学术研讨会论文摘要集.2007
[8].曾雄智,邓梅春,皮建辉,全妙华,孙正华.敬钊缨毛蛛毒素-Ⅴ的丙氨酸扫描突变研究与~1H-NMR信号归属[C].第八届中国生物毒素学术研讨会论文摘要.2007
[9].梁珏,张贵荣,刘元兰,汤杰,刘晓峰.动电位扫描法对丙酮酸电还原氨化合成丙氨酸反应的研究[J].华东师范大学学报(自然科学版).2003
[10].张忆华,郑衍生,姚新华.同步扫描-导数荧光法测定饮料中苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸[J].吉林大学自然科学学报.1991
标签：热点残基; 蛋白-蛋白相互作用; 蛋白-小分子配体相互作用; IE;