导读:本文包含了复制起始区论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:DNA复制,复制起始区,复制起始蛋白,EMSA
复制起始区论文文献综述
蔡宇航[1]（2013）在《洋葱伯克霍尔德氏菌ATCC 17616复制起始区的序列分析及验证》一文中研究指出DNA复制是指在细胞分裂以前，DNA双链进行的复制过程，是生物遗传的基础，主要包括引发、延伸及终止叁个阶段。其中，复制起始是细菌细胞生命周期中的一个中心事件，对于DNA复制起始区的识别也就成为研究DNA复制起始过程的一个重要基础阶段。目前对于细菌复制起始区的预测及确定工作并没有得到广泛的开展，尤其是对于多染色体菌种复制起始区的预测及验证工作尚处于基本空白的状态。但是随着全基因组测序技术的快速发展，相应的复制起始区预测及确定工作也应得到广泛发展。本课题利用天津大学生物信息中心所研发的细菌基因组复制起始区预测算法Ori-Finder软件对Burkholderia multivorans ATCC17616菌种的复制起始区进行预测，利用分子克隆的方法得到预测核酸产物及已知的复制起始蛋白，通过蛋白与核酸相互作用实验，验证软件预测结果的准确性，为其能够广泛应用于细菌基因组复制起始区的预测工作，以及从海量基因组数据中高效提取有用的信息奠定了重要的理论和实验基础。首先，利用分子克隆的方法，根据软件预测信息，构建ATCC17616菌种叁条染色体复制起始区克隆载体pSURE-T-oriC，进一步扩增得到oriC的准确序列产物。然后，根据NCBI上提供的菌种信息，构建已知的ATCC17616复制起始蛋白表达载体pET28a-dnaA，并对蛋白进行表达纯化。最后，利用EMSA方法对dnaA与oriC的相互作用关系进行验证。从已知的dnaA与预测得到的叁条染色体oriC相互作用结果可以看出，同条染色体上的蛋白与核酸有相互作用关系，初步确定预测结果正确，但其余两条染色体上的oriC区域与已知的dnaA无明显相互作用，但并不说明软件预测结果错误，因为其可能对应结合相同染色体上的其他蛋白结构，需要进一步实验验证。(本文来源于《天津大学》期刊2013-06-01）
胡耀中[2]（2013）在《Cyanothece 51142染色体复制起始区的预测及验证》一文中研究指出Cyanothece51142是一种具有固氮作用的海洋蓝细菌，在白天存在日光时进行光合作用，而在晚上进行固氮作用。2008年，Welsh等报道了它的全基因组序列，但是进行基因注释时，用传统的GC skew以及DnaA box分析方法不能确定它的复制起始区，而未能标注出复制起始区的基因序列。Feng Gao教授利用在线ori C预测软件Ori-Finder对其环形和线性染色体的复制起始区进行了预测，本课题对Feng Gao教授用Ori-Finder预测的Cyanothece51142的染色体复制起始区的结果进行了验证，并得到了预期的实验结果。首先，利用DNA重组技术得到包含环状及线状染色体ori C的克隆载体pEASY-T1-ori C及pEASY-T1-ori L，表达DnaA蛋白的表达载体pGEX-4T-1-DnaA，表达DnaA(IV)蛋白的表达载体pET28a-DnaA(IV)，转化进入大肠杆菌DH5α、BL21及BL21(DE3)感受态细胞中构建了基因工程菌DH5α(pEASY-T1-oriC/pEASY-T1-ori L)，BL21(pGEX-4T-1-DnaA)及BL21(DE3)(pET28a-DnaA(IV))。其次，对BL21(pGEX-4T-1-DnaA)及BL21(DE3)(pET28a-DnaA(IV))的诱导条件经过一系列优化后确定了诱导表达条件，经过GST-tag及His-tag亲和层析纯化得到了DnaA(IV)蛋白并用于后续结合实验的验证。最后，进行DnaA(IV)蛋白与Cyanothece51142环状及线状染色体的ori C区的EMSA结合实验验证，验证显示实验结果与预期结果相符，证明DnaA(IV)蛋白能够与预测的ori C区呈现浓度依赖型结合，为ori C区的软件预测结果提供了实验佐证，实验结果显示软件预测结果的ori C区正确。(本文来源于《天津大学》期刊2013-06-01）
李明浩[3]（2009）在《Familiar-Mark：基于同源性及基因组上下文方法预测细菌基因组复制起始区》一文中研究指出基于生物信息学的基因功能预测方法主要分为叁大类:(1)利用序列同源性信息;(2)利用序列非同源性信息;(3)利用同源蛋白叁维结构信息。其中,第2类又包括结构域融合、种系发生谱、保守基因位置和基因表达相关性四种方法。基因组上下文泛指结构域融合、种系发生谱、保守基因位置叁种方法。细菌基因组的复制起始于特定的复制起始区。在已被完全测序的细菌基因组中,只有少数基因组的复制起始区通过实验方法被注释。采用计算方法对细菌基因组复制起始区进行大规模预测是生物信息学的任务之一。目前预测复制起始区的方法主要有DNA walk、GC skew和Z-curve。其中前两种方法预测的准确性不高,Z-curve方法除利用基因组序列信息外还需要借助其它生物学特征信息。本文提出一种称为Familiar-Mark的细菌基因组复制起始区预测方法。此方法基于同源性和基因组上下信息,将原型基因组上的保守片段标记到待检基因组上,利用保守片段在基因组上的分布位置对特定的位点进行定位和预测,而不借助其它生物学特征信息。本文利用基因组复制起始区信息已知的4种Escherichia coli基因组分别作为原型和待检基因组进行复制起始区的预测,验证了Familiar-Mark方法的可行性。并以上述4种Escherichia coli基因组为原型,分别预测了其他Escherichia coli基因组的复制起始区,取得了与前人采用其他方法得到的一致的结果。Familiar-Mark具有很强的可拓展性,可广泛用于比较基因组学研究。(本文来源于《首都师范大学》期刊2009-04-10）
马伟,茅翔,卢捷,姜卫红,覃重军[4]（2003）在《头状链轮丝菌(Streptoverticillum caespitosus)ATCC27422染色体复制起始区(oriC)的序列分析与功能研究》一文中研究指出头状链轮丝菌 (Streptoverticillumcaespitosus)ATCC2 74 2 2染色体复制起始区 (oriC)内共有 2 2个DnaA盒结构 ;其中第 2 1、2 2个DnaA盒彼此方向相反、相互重迭 8个碱基。放线菌oriC数据库搜索发现 ,这种重迭DnaA盒在抗生素链霉菌、结核分枝杆菌等几种放线菌中也同样存在。在分枝杆菌中一般由第 1、2个DnaA盒组成 ,而在链霉菌中由最后的两个DnaA盒 (第 2 1、2 2 )组成。重迭DnaA盒保守序列为CTGTGCACAA ,长度为 10个碱基 ,即由于重迭的缘故比正常DnaA盒长 1个碱基。通过测量载体对变铅青链霉菌的转化效率研究了oriC不同部位在染色体复制起始中的功能和地位。头状链轮丝菌oriC序列的 5′端 1～ 188位的片段虽然不包含有DnaA盒结构 ,但该片段的缺失 ,造成oriC复制起始功能的完全丧失。3′端 793～ 939位片段同样没有DnaA盒结构 ,该片段的缺失 ,仅发生转化效率的降低约 4 0 % ,说明oriC的 793～ 939位序列对DNA复制起始效率以及复制子稳定性起重要作用。当oriC被克隆入载体时两端各带有一段dnaA、dnaN基因的部分序列 ,所构建的载体虽然转化效率较低 ,但转化子的菌落、菌丝形态与宿主菌原有的表型相接近 ,由此推断oriC两端的序列除了编码各自产物外 ,可能通过影响染色体DNA复制的起始效率、复制子稳定性等?(本文来源于《生物化学与生物物理学报》期刊2003年10期）
卢捷,马伟,茅翔,覃重军,姜卫红[5]（2002）在《除虫链霉菌复制起始区克隆和功能初步分析》一文中研究指出真细菌在复制起始区附近的基因排布顺序相当保守。根据DnaA和DnaN的氨基酸保守序列及链霉菌对密码子的偏用性 ,设计简并引物 ,以除虫链霉菌基因组DNA为模板扩增出一条约 1.4kb的片段。序列分析表明该片段含有部分的dnaA及dnaN基因 ,并在这两个基因之间有一段非编码区 ,其上有 19个典型的DnaA盒 ,推测是除虫链霉菌的复制起始区 (oriC)。与其他链霉菌已知的oriC作比较后发现除虫链霉菌的DnaA盒在位置、方向及间隔区的长度上都高度保守 ,并归纳出其保守序列为 (T/C) (T/C) (G/A/C)TCCACA(有下划线的碱基在该位置出现频率较高 )。将这段oriC插入到仅能在大肠杆菌中复制的质粒pQC15 6中 ,重组质粒可以成功转化变铅青链霉菌ZX7。对oriC分段研究发现其 3′部分对质粒的稳定性及转化效率有促进作用。(本文来源于《生物化学与生物物理学报》期刊2002年06期）
马伟,茅翔,卢捷,姜卫红,焦瑞身[6]（2002）在《头状链轮丝菌染色体复制起始区的克隆和对变铅青链霉菌的转化》一文中研究指出头状链轮丝菌 (Streptoverticillumcaespitosus)ATCC2 742 2是抗肿瘤药物———丝裂霉素A的产生菌 ,根据高GC含量革兰氏阳性菌染色体复制起始区两端基因序列的保守性 ,采用PCR方法从该菌中克隆了一段包含染色体复制起始区 (oriC)的 1 3kb片段。序列分析发现 ,克隆片段与天蓝色链霉菌的oriC及邻近区域的同源性达 80 %以上 ;头状链轮丝菌oriC中含有 2 2个DnaA box ,保守序列为TTGTCCACA。以克隆片段构建的质粒可以跨属转化变铅青链霉菌 (S .lividans)ZX7,原生质体转化效率为 3 2× 10 2 个 μgDNA ;质粒在S .lividansZX7中能以低拷贝形式稳定存在 ;转化子的菌落和菌丝形态均正常。头状链轮丝菌oriC序列与几种链霉菌的oriC有较高的同源性 ,以及在变铅青链霉菌中仍具有复制起始活性等说明链轮丝菌属与链霉菌属在系统发生上关系较近 ;但采用最大似然法分析oriC序列构建的头状链轮丝菌与几种链霉菌的系统进化树表明 ,头状链轮丝菌与几种链霉菌之间的分化距离远大于链霉菌之间的分化距离。该证据支持链轮丝菌属的独立分属(本文来源于《生物工程学报》期刊2002年06期）
吴岚,孙明,朱晨光,张蕾,喻子牛[7]（2002）在《含质粒复制起始区ori44的苏云金芽胞杆菌解离载体的构建》一文中研究指出将苏云金芽胞杆菌转座子Tn44 30的解离酶识别位点res分别插入克隆载体pRSETB和pUC19得到质粒pBMB12 0 1和pBMB12 0 2。这两个质粒分别经BamHI HindⅢ和EcoRI HindⅢ双酶切回收含res位点的小DNA片段 ,与穿梭载体pHT310 1经EcoRI HindⅢ双酶切后回收的含大肠杆菌复制起始区、氨苄青霉素抗性基因和红霉素抗性基因的 3 3kb片段连接 ,获得重组质粒pBMB12 0 3。封闭pBMB12 0 3两res位点外的BamHI和EcoRI位点后 ,得到解离载体pBMB12 0 4。将来源于苏云金芽胞杆菌库斯塔克亚种YBT 15 2 0的质粒复制起始区ori44片段插入pBMB12 0 4的两res位点之间 ,得到解离穿梭载体pBMB12 0 5。该解离载体插入壮观霉素抗性基因后电转化无晶体突变株 ,在辅助质粒所提供的解离酶作用下可发生解离消除抗性基因 ,解离频率为 10 0 % ,解离后的质粒稳定性为 93%。利用解离穿梭载体pBMB12 0 5可在用抗性筛选到转化子后特定消除抗性标记基因和其它非苏云金芽胞杆菌DNA片段(本文来源于《生物工程学报》期刊2002年03期）
霍克克,张迪,唐南筠,陆身枫,李育阳[8]（2000）在《一个具有启动子功能的酵母DNA自主复制起始区》一文中研究指出对乳酸克鲁维酵母 (Kluyveromyceslactis)天然线性双链DNA质粒 pGKL1中一个有自主复制起始功能的 6 38bp片段进行了研究。序列分析结果显示该片段中存在两个高度保守的酵母ACS (ARSconsensussequence)序列和多个ARS box序列。缺失突变分析表明该片段的自主复制功能与其ACS密切相关 ,并且证实它的两个ACS都有功能 ,可以各自独立发挥作用。据此提出 10bp序列 (5’ TCATAATATA/T 3’)是酵母K lactis的一种ACS。质粒转化试验发现该片段不仅能赋予重组质粒在酵母中自主复制的能力 ,而且能使无启动子的报告基因在酵母中表达。以上结果首次发现了一个兼有启动子功能的酵母DNA自主复制起始区 ,这对于研究真核DNA复制与转录机制及两者之间的关系有重要的意义。(本文来源于《高技术通讯》期刊2000年05期）
王二力,姚国伟,张晓晖,曹雪颖[9]（1995）在《增加复制起始区对基因表达的影响》一文中研究指出我们在质粒puB110的基础上组建了pDR质粒,它们具有双复制起始区而只有一个抗卡那霉素基因。携带了这些质粒的宿主细胞对卡那霉素的抗性明显高于亲本株〔B.subtilis 150 (puB110)〕。经限制性酶切图谱分析新获得的转化株具有二个复制起始区及一个Km~r基因。说明增加复制起始区是提高重组子表达能力的途径之一。(本文来源于《工业微生物》期刊1995年02期）
王毅然,朱祚铭,陈家童[10]（1994）在《人血清中真核复制起始区DNA（Ors12DNA）结合蛋白的鉴定和纯化》一文中研究指出利用含有真核细胞复制起始区（ＯｒｉｇｉｎｏｆＤＮＡＲｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ）的Ｏｒｓ１２ＤＮＡ作为探针，检测了人血清中与Ｏｒｓ１２ＤＮＡ特异结合的蛋白质。凝胶电泳迁移率改变实验表明人血清中存在特异Ｏｒｓ１２ＤＮＡ结合蛋白。实验还对影响Ｏｒｓ１２ＤＮＡ与蛋白质最适宜结合的各种因素进行了研究。苯酚处理反应体系及限制性内切酶的酶切位点保护实验都证实了Ｏｒｓ１２ＤＮＡ－蛋白质复合物的存在。利用硫酸铵盐析及ＤＮＡ亲和层析，对血清中的Ｏｒｓ１２ＤＮＡ结合蛋白进行了部分纯化，ＳＤＳ－聚丙烯酰胺凝胶电泳结果显示，Ｏｒｓ１２ＤＮＡ结合蛋白为一组非均一的蛋白质，亚基分子量分别为６４ｋＤ、４４ｋＤ和２４ｋＤ。(本文来源于《南开大学学报(自然科学版)》期刊1994年02期）
复制起始区论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
Cyanothece51142是一种具有固氮作用的海洋蓝细菌，在白天存在日光时进行光合作用，而在晚上进行固氮作用。2008年，Welsh等报道了它的全基因组序列，但是进行基因注释时，用传统的GC skew以及DnaA box分析方法不能确定它的复制起始区，而未能标注出复制起始区的基因序列。Feng Gao教授利用在线ori C预测软件Ori-Finder对其环形和线性染色体的复制起始区进行了预测，本课题对Feng Gao教授用Ori-Finder预测的Cyanothece51142的染色体复制起始区的结果进行了验证，并得到了预期的实验结果。首先，利用DNA重组技术得到包含环状及线状染色体ori C的克隆载体pEASY-T1-ori C及pEASY-T1-ori L，表达DnaA蛋白的表达载体pGEX-4T-1-DnaA，表达DnaA(IV)蛋白的表达载体pET28a-DnaA(IV)，转化进入大肠杆菌DH5α、BL21及BL21(DE3)感受态细胞中构建了基因工程菌DH5α(pEASY-T1-oriC/pEASY-T1-ori L)，BL21(pGEX-4T-1-DnaA)及BL21(DE3)(pET28a-DnaA(IV))。其次，对BL21(pGEX-4T-1-DnaA)及BL21(DE3)(pET28a-DnaA(IV))的诱导条件经过一系列优化后确定了诱导表达条件，经过GST-tag及His-tag亲和层析纯化得到了DnaA(IV)蛋白并用于后续结合实验的验证。最后，进行DnaA(IV)蛋白与Cyanothece51142环状及线状染色体的ori C区的EMSA结合实验验证，验证显示实验结果与预期结果相符，证明DnaA(IV)蛋白能够与预测的ori C区呈现浓度依赖型结合，为ori C区的软件预测结果提供了实验佐证，实验结果显示软件预测结果的ori C区正确。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
复制起始区论文参考文献
[1].蔡宇航.洋葱伯克霍尔德氏菌ATCC17616复制起始区的序列分析及验证[D].天津大学.2013
[2].胡耀中.Cyanothece51142染色体复制起始区的预测及验证[D].天津大学.2013
[3].李明浩.Familiar-Mark：基于同源性及基因组上下文方法预测细菌基因组复制起始区[D].首都师范大学.2009
[4].马伟,茅翔,卢捷,姜卫红,覃重军.头状链轮丝菌(Streptoverticillumcaespitosus)ATCC27422染色体复制起始区(oriC)的序列分析与功能研究[J].生物化学与生物物理学报.2003
[5].卢捷,马伟,茅翔,覃重军,姜卫红.除虫链霉菌复制起始区克隆和功能初步分析[J].生物化学与生物物理学报.2002
[6].马伟,茅翔,卢捷,姜卫红,焦瑞身.头状链轮丝菌染色体复制起始区的克隆和对变铅青链霉菌的转化[J].生物工程学报.2002
[7].吴岚,孙明,朱晨光,张蕾,喻子牛.含质粒复制起始区ori44的苏云金芽胞杆菌解离载体的构建[J].生物工程学报.2002
[8].霍克克,张迪,唐南筠,陆身枫,李育阳.一个具有启动子功能的酵母DNA自主复制起始区[J].高技术通讯.2000
[9].王二力,姚国伟,张晓晖,曹雪颖.增加复制起始区对基因表达的影响[J].工业微生物.1995
[10].王毅然,朱祚铭,陈家童.人血清中真核复制起始区DNA（Ors12DNA）结合蛋白的鉴定和纯化[J].南开大学学报(自然科学版).1994