导读:本文包含了核酸序列论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:核酸,序列,曲霉,猪瘟,病毒,启发式,分枝。
核酸序列论文文献综述
杨蜜[1]（2019）在《核酸序列依赖扩增技术检测隐球菌感染的实验研究》一文中研究指出目的:隐球菌病作为一种严重的侵袭性真菌感染性疾病,目前临床上缺乏灵敏度高、特异性强且快速准确的诊断方法使患者能得到早期精准治疗,改善预后。本研究拟建立一种核酸序列依赖扩增(Nucleic acid sequence-based amplification NASBA)技术来检测隐球菌,通过对比NASBA、PCR方法、荚膜多糖抗原胶体金法检测同批次临床标本的性能参数,以此验证NASBA方法的临床应用价值。方法:首先设计一对具有隐球菌属特异性的引物,构建NASBA扩增隐球菌RNA的方法并评价该方法的灵敏度和特异性。根据EORTC/MSG所定义的诊断标准收集隐球菌病阳性病例和非隐球菌病阴性病例,运用隐球菌荚膜多糖抗原检测(胶体金法)、普通PCR及本研究建立的NASBA方法分别对所收集病例标本进行检测,比较叁种诊断方法的性能指标以评估出最佳诊断策略。结果:本研究建立的NASBA方法检测隐球菌,其灵敏度高,达到10cfu/ml,特异性也非常良好。NASBA、荚膜多糖抗原胶体金法及PCR灵敏度分别是87.5%(95%CI,66.53-96.71%)、100%(95%CI,82.83-100%)、66.67%((95%CI,44.69-83.57%),特异性分别是94.59%(95%CI,80.47-99.06%)、81.08%(95%CI,64.29-91.44%)、78.37%(95%CI,61.34-81.58%)。结论:NASBA方法具有高效、准确、简便等优势,能够满足临床诊断隐球菌感染的需求。整个实验过程无需特殊仪器,适合在普通的临床实验室开展,有望成为新的隐球菌感染的常规诊断方法。(本文来源于《重庆医科大学》期刊2019-05-01）
欧琼,刘珏,周寿红,张志伟,何宜静[2]（2018）在《一种基于核酸序列依赖性扩增技术的高危型人乳头状瘤病毒E6/E7 mRNA检测方法的建立及应用》一文中研究指出目的建立一种高效的基于核酸序列依赖性扩增技术(NASBA)的检测方法,为人乳头状瘤病毒(HPV)的普查和宫颈癌防治提供快速准确的分子检测方法。方法收集用于宫颈筛查或宫颈细胞学异常的液基细胞学样本406个,采用NASBA技术检测这些样本中的高危型HPV E6/E7 mRNA。通过probit回归分析法预测了14种高危型HPV E6/E7 mRNA的95%检测极限。以5种低危型HPV RNA和8种常见病原体RNA为模板对该NASBA检测方法的特异性进行了评估。结果 406个检测样本中各项检测数据齐全者356个。比较病理诊断、HPV DNA和HPV E6/E7 mRNA3种方法的检测结果,发现随着病理学级别的升高,高危型HPV DNA感染阳性率呈现明显的上升趋势,且高危型HPV E6/E7 mRNA感染阳性率同样呈现明显的上升趋势。probit回归分析结果显示,HPV16、18、33、35、39、45、56、59、66和68预测的95%检出限都低于100拷贝/反应,HPV31、51、52和58预测的95%检出限介于100～300拷贝/反应之间。5种低危亚型HPV RNA和8种病原体RNA的NASBA检测结果均为阴性,表明该检测方法未检出非特异性扩增。结论该研究建立的检测高危型HPV E6/E7 mRNA的方法,具备很好的敏感性、准确性和特异性,同时它的快速、高通量等特点进一步提高了其在预测宫颈癌患病风险中的临床诊断价值。(本文来源于《中国慢性病预防与控制》期刊2018年12期）
彭俊彬[3]（2018）在《基于富G核酸序列和双链特异性酶的生物传感新方法构建与应用》一文中研究指出核酸是一种广泛存在于有机体内的生物大分子,是生命最基本的物质之一。由于其重要的生物学功能,核酸作为一类重要的疾病标志物,广泛用于疾病的诊断与治疗。另外,由于核酸具有易于合成、稳定性好、生物相容性好、设计简单、信号机制灵活等诸多优势,被当作一种理想的分子工具,在生化分析领域扮演着重要的角色。本文以富G核酸序列和双链特异性核酸酶为基本元件,设计了一系列生物传感新方法用于microRNA(miRNA)和重金属离子检测:1)第二章,我们研究了一种具有二维结构的过渡金属氢氧化物(β-Ni(OH)_2)纳米片,作为一种新型的荧光生物传感器平台,应用于生物分析光学传感器的构建。结果发现,β-Ni(OH)_2纳米片具有较强的荧光猝灭能力,对单双链DNA以及不同长度的单链DNA有不同的亲和力。β-Ni(OH)_2纳米片的吸附性能可以通过改变阳离子、溶液pH和DNA的长度来得到很好的控制。另外,被吸附的DNA也可以通过降解β-Ni(OH)_2纳米片的方式实现DNA的解吸附。基于β-Ni(OH)_2纳米片的选择性吸附能力和荧光淬灭能力,结合双特异性核酸酶信号放大方法的高灵敏高特异性,我们开发了一种简单的生物传感新方法用于miRNA的检测。该方法展现出了良好的灵敏度、选择性和多样品检测能力,并成功应用于癌细胞样品中的miRNA分析。2)第叁章,miRNA高度的同源性对相关检测方法的单碱基突变识别能力提出了挑战。我们用G-四链体代替传统MB茎部的DNA双链,设计了一种G-四链体分子信标(G4MB),并将其作为识别探针,构建了一种简单的G4MB DSNSA检测体系用于miRNA的高选择性检测。由于G4MB能有效抑制DSN酶的降解,因此本文解决了传统分子信标用于DSNSA时易被DSN降解而导致高背景和假阳性信号的难题。另外,该检测体系采用MB代替传统的单链识别模式,将传统DSNSA方法的单碱基突变响应值从24%降低到了6%,显着增强了该方法的单碱基突变区分能力。实验结果表明:该方法检测下限约为1 pM,能在细胞裂解液和细胞提取液等复杂体系中工作,并且能用于多样本同时检测具有良好的适用性和通用性。3)第四章,富含G碱基的DNA序列能自主装形成G-叁链体结构。在没有Hg~(2+)存在的情况下,G-叁链体DNA能与荧光染料硫黄素T结合生成非标记的荧光探针。硫黄素T与G-叁链体结合后,ThT的荧光信号会显着增强。在Hg~(2+)存在的情况下,G-叁链体DNA环部的胸腺嘧啶T能与Hg~(2+)发生反应,从而改变DNA的构型,抑制G-叁链体结构的形成,使得ThT的荧光减弱。该方法通过对ThT-G-叁链体的荧光强度变化实现了溶液中的Hg~(2+)离子的检测。(本文来源于《赣南师范大学》期刊2018-06-01）
吴文耀[4]（2018）在《纳米金探针液相杂交法检测核酸序列依赖扩增产物诊断侵袭性曲霉病》一文中研究指出目的:建立纳米金探针液相杂交的方法检测核酸序列依赖扩增(nucleic acid sequence-based amplification,NASBA)产物,用于快速诊断侵袭性曲霉病。并结合GM试验进行评价,从而确立侵袭性曲霉病的最佳实验室诊断策略。方法:设计针对曲霉菌18S rRNA保守序列的寡核苷酸探针,5’端进行巯基化俢饰,将探针组装到直径为60nm的金颗粒表面制成纳米金探针。采用NASBA方法将曲霉菌属和非曲霉菌属的细菌及真菌18S rRNA作为靶目标进行扩增,扩增后的产物与纳米金探针进行液相杂交,观察反应体系颜色变化或其在反向色谱盘上颗粒凝集情况,考察NASBA和纳米金探针检测的特异度。根据欧洲癌症研究和治疗组织/侵袭性真菌感染协作组和美国国立变态反应和感染病研究院真菌病研究组(EORTC/MSG)诊断侵袭性曲霉病的分级标准,收集106例临床标本(14例确诊,32例拟诊,60例未感染IA)采用NASBA-纳米金探针方法进行检测,并与GM试验结果进行比较以评价该方法的准确性。最后分别对两种方案进行联合诊断,并对其效能指标进行评价,确定IA实验室诊断的最佳方案。结果:纳米金探针只与曲霉菌属菌株的NASBA产物出现阳性杂交反应,反应体系颜色由酒红色变为灰蓝色,反向色谱盘检测出现黑色凝集颗粒,而其他非曲霉菌均为阴性。NASBA-纳米金液相杂交法检测106例临床标本的敏感性和特异性分别为82.61%(38/46)、81.67%(49/60)。ROC曲线下面积(AUC~(ROC))为0.890。GM试验检测的敏感性和特异性分别为56.52%(26/46)和83.33%(50/60),ROC曲线下面积(AUC~(ROC))为0.723。在联合诊断时,NASBA-纳米金探针法与GM试验串联方案具有最高的特异度(100%)和阳性预测值(100%);NASBA-纳米金探针法和GM试验并联方案则有最好的灵敏度(89.13%)和阴性预计值(88.89%)。结论:NASBA-纳米金液相杂交技术检测曲霉菌具有敏感性高、特异性强、操作简单的特点,适合实验室常规开展。同时联合诊断策略在特定情况下能够提高诊断效能和临床早期诊断IA的准确性。(本文来源于《重庆医科大学》期刊2018-05-01）
韩昂轩,牛辰,吕亮东[5]（2018）在《结核分枝杆菌espK基因G-四链体核酸序列多态性与表达调控功能研究》一文中研究指出DNA的G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含串联重复的鸟嘌呤(guanine,G)的核酸序列折迭形成的四链体螺旋结构,目前认为其与基因表达调控和基因组稳定性有关。已有研究表明,结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)的esp K(Rv3879c)是构成ESX-1分泌系统的一个重要元件,其蛋白序列具有串联重复的GTPITP氨基酸序列多态性。本研究经核酸序列比对分析,确定该氨基酸序列多态性区域对应的模板链上存在G4序列,且该G4序列仅存在于结核分枝杆菌复合群。通过比对结核分枝杆菌临床分离株esp K基因的核酸序列,发现esp K基因的高频率G1573C突变位于G4序列。为研究该G4结构及基因表达调控功能,首先利用圆二色谱检测其核酸片段在钾离子存在条件下的光谱学特征,证实其可在体外形成具有顺式平行结构特征的G4,同义点突变G4会使其结构稳定性下降。采用重迭聚合酶链反应(overlapping polymerase chain reaction,overlapping PCR)构建含有G4突变的esp K表达质粒,获得重组表达菌株。通过实时定量PCR测定esp K重组表达菌株中基因转录水平变化,发现同义点突变G4后,其基因转录水平比野生型esp K重组菌株提升1.5倍(P<0.05)。此外,临床分离株中esp K出现的高频率G1573C突变会破坏G4结构,但蛋白免疫印迹检测结果显示esp K G1573C突变导致Esp K蛋白表达水平上升。以上结果提示,esp K的G4结构具有表达调控功能,该G4区域的序列多态性可能通过影响Esp K表达水平来调节ESX-1分泌系统的活性。(本文来源于《微生物与感染》期刊2018年02期）
李鑫楠,王洁,李涛,刘慧娟,徐明[6]（2018）在《石家庄市学龄儿童龋病细菌类型的核酸序列分析》一文中研究指出目的探讨儿童龋病发生与致龋菌基因突变的关系。方法采集60名石家庄市8~12岁学龄儿童的口腔牙菌斑样本,设计特异性变异链球菌的引物,进行PCR扩增和核酸序列分析,同时进行龋病的问卷调查。结果学龄儿童在睡前饮料和甜点及刷牙习惯上,差别无显着性。龋病组与无龋组牙菌斑中变异链球菌检出率分别为70%和33.3%,差别有显着性(P<0.05)。无龋组变异链球菌突变率(32.3%~39.2%,平均36.1%)高于龋病组变异链球菌突变率(12.7%~31.3%,平均21.3%),差别有显着性(P<0.05)。结论变异链球菌突变率达到或超过36.1%水平时,致龋能力明显降低(P<0.05)。(本文来源于《现代口腔医学杂志》期刊2018年01期）
程晓兰,姜红旭,孙明亮,高玉峰,杜海方[7]（2017）在《国境口岸首次截获贪食睡鼠的分子鉴定及核酸序列分析》一文中研究指出目的利用分子鉴定技术,对辽宁大窑湾口岸截获的1只鼠样本(从来自塞尔维亚的原木的集装箱中采集)进行种类鉴定。方法提取已风干鼠样本的基因组DNA,采用动物线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)的通用引物(COⅠ-1和COⅠ-2),进行靶DNA扩增并进行核酸序列分析。结果截获鼠样本的DNA条形码序列与Gen Bank中贪食睡鼠(Glis glis)的序列相似性最高为100%,鉴定为贪食睡鼠。为国境口岸首次截获该鼠种。结论加强出入境交通工具及集装箱鼠类监测工作,保障国境口岸的卫生安全。(本文来源于《口岸卫生控制》期刊2017年06期）
孙佳伟[8]（2017）在《基于核酸序列功能修饰位点的识别研究》一文中研究指出全基因组水平图谱揭示了表观遗传修饰与基因调节、细胞分化和疾病的形成密切相关。而在此过程中,不仅涉及甲基化修饰,还包括许多转录后修饰。作为真核生物mRNA中最常见的转录后修饰N6-甲基腺苷(m~6A)甲基化修饰不仅在基因调节和表达中扮演重要角色,还与多种疾病包括肿瘤、癌症等的基因编码密切相关。而DNA序列中常见的CpG位点低甲基化程度与许多癌症基因的表达也紧密联系。因此,自动、准确和高效的识别核酸序列上的甲基化位点对研究基因的调控、转录和表达机理等基础生物学和开发针对各种疾病的靶向治疗药物具有重要作用。然而,面对后基因组时代海量的核酸序列,传统湿实验均未解决核酸序列上甲基化修饰位点识别的高成本和高能耗问题。因此,基于智能计算的位点识别模型应运而生。本文主要针对核酸上甲基化位点识别的智能计算模型作进一步研究,主要工作如下:(1)研究RNA序列上核酸的物理化学属性,提出物化属性的显着性度量方法,并基于此方法设计启发式选择算法;但由于传统的启发式算法容易陷入局部最优解,又提出改进的基于物化属性显着性度量的K重选择启发式算法。(2)提出基于核酸物化属性的RNA序列m~6A甲基化修饰位点识别方法M6A-HPCS。该方法在常见的两种基于物化属性的特征表示方法伪二核苷酸组成成分和自协方差与互协方差变换下,利用所设计的K重选择启发式算法,分别选择优化的K组物化属性子集,通过最优的子集与对应的特征表示方法重新编码样本序列,并选择支持向量机构建最终的预测模型。实验结果证明,所设计的K重选择启发式算法的优越性,且基于该算法的新识别方法M6A-HPCS能进一步提高RNA序列上m~6A甲基化修饰位点的预测精度。(3)研究DNA序列上甲基化位点单个视角的特征表示方法,针对单视角特征表示方法提取特征的片面性,提出多视角的特征融合策略。(4)针对DNA序列上CpG甲基化修饰位点的预测问题,提出基于核酸结构属性和统计信息相融合的甲基化位点识别方法DNA-MFF。该方法主要融合核酸频次统计信息、位置统计信息和空间结构属性信息叁个视角特征信息,并选择支持向量机构建最终的预测模型。实验结果表明,上述叁个视角的特征之间具有互补性,采用这叁个视角相融合得到的特征向量能够更好地反映DNA甲基化修饰位点的模式特征,显着改善了该位点预测模型的性能。(5)提供了基于K重物理化学属性选择启发式算法优化后的m~6A甲基化修饰位点识别方法M6A-HPCS的在线预测服务,方便后续研究人员对该修饰位点的进一步研究。(本文来源于《江苏科技大学》期刊2017-12-30）
冯春燕,杜方原,刘丹丹,Pershin,Andrey,王彩霞[9]（2017）在《含非洲猪瘟病毒核酸序列病毒样颗粒的研制及其在检测方法中的应用》一文中研究指出非洲猪瘟(African swine fever,ASF)是由非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)引起的烈性传染病,为了保证其检测结果的准确性和可靠性,需要研制试剂盒中使用的阳性标准质控品。本试验旨在研制含ASFV核酸序列的病毒样颗粒,并探究其在检测方法中的应用。首先扩增p72基因的全长片段,利用昆虫杆状病毒系统,包装出含有p72基因的ASF DNA病毒样颗粒。为了进一步验证该病毒样颗粒在应用中的可靠性,本研究将病毒样颗粒与ASF的组织毒及细胞毒同时进行DNA核酸提取,进行实时荧光定量PCR。结果表明,本研究制备的病毒样粒子能很好的取代ASFV在实时荧光定量PCR检测方法中作为阳性质控品,且能对核酸提取过程进行质控,实时荧光定量PCR检测试剂盒中,病毒样粒子的最低包装浓度为102 TCID50。进一步研究发现该病毒样颗粒也适用于普通PCR及LAMP检测方法中,最低浓度分别为103和101 TCID50。本试验结果将为规范ASF检测方法,促进ASF检测方法的转化应用及保证检测结果的准确度和可靠性提供科学依据。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2017年11期）
牛莹,张勋才[10]（2017）在《基于比特置换与核酸序列库的混沌图像加密算法》一文中研究指出提出了一种基于比特置换与DNA序列运算的混沌图像加密的算法。该算法首先利用Chen系统产生混沌映射索引对图像进行像素位置置乱,结合蝶形网络对比特位置乱,以实现位级别置乱。再对图像进行DNA编码,并与核酸序列进行代数运算,实现像素的替代,进一步提高了加密的安全性。最后通过密文反馈来进一步增强算法的混淆和扩散特性。实验和安全性分析结果表明,该算法不仅密钥空间大、对密钥的敏感性强,而且能有效抵御统计性分析和穷举分析等攻击操作。(本文来源于《计算机工程与应用》期刊2017年17期）
核酸序列论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的建立一种高效的基于核酸序列依赖性扩增技术(NASBA)的检测方法,为人乳头状瘤病毒(HPV)的普查和宫颈癌防治提供快速准确的分子检测方法。方法收集用于宫颈筛查或宫颈细胞学异常的液基细胞学样本406个,采用NASBA技术检测这些样本中的高危型HPV E6/E7 mRNA。通过probit回归分析法预测了14种高危型HPV E6/E7 mRNA的95%检测极限。以5种低危型HPV RNA和8种常见病原体RNA为模板对该NASBA检测方法的特异性进行了评估。结果 406个检测样本中各项检测数据齐全者356个。比较病理诊断、HPV DNA和HPV E6/E7 mRNA3种方法的检测结果,发现随着病理学级别的升高,高危型HPV DNA感染阳性率呈现明显的上升趋势,且高危型HPV E6/E7 mRNA感染阳性率同样呈现明显的上升趋势。probit回归分析结果显示,HPV16、18、33、35、39、45、56、59、66和68预测的95%检出限都低于100拷贝/反应,HPV31、51、52和58预测的95%检出限介于100～300拷贝/反应之间。5种低危亚型HPV RNA和8种病原体RNA的NASBA检测结果均为阴性,表明该检测方法未检出非特异性扩增。结论该研究建立的检测高危型HPV E6/E7 mRNA的方法,具备很好的敏感性、准确性和特异性,同时它的快速、高通量等特点进一步提高了其在预测宫颈癌患病风险中的临床诊断价值。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
核酸序列论文参考文献
[1].杨蜜.核酸序列依赖扩增技术检测隐球菌感染的实验研究[D].重庆医科大学.2019
[2].欧琼,刘珏,周寿红,张志伟,何宜静.一种基于核酸序列依赖性扩增技术的高危型人乳头状瘤病毒E6/E7mRNA检测方法的建立及应用[J].中国慢性病预防与控制.2018
[3].彭俊彬.基于富G核酸序列和双链特异性酶的生物传感新方法构建与应用[D].赣南师范大学.2018
[4].吴文耀.纳米金探针液相杂交法检测核酸序列依赖扩增产物诊断侵袭性曲霉病[D].重庆医科大学.2018
[5].韩昂轩,牛辰,吕亮东.结核分枝杆菌espK基因G-四链体核酸序列多态性与表达调控功能研究[J].微生物与感染.2018
[6].李鑫楠,王洁,李涛,刘慧娟,徐明.石家庄市学龄儿童龋病细菌类型的核酸序列分析[J].现代口腔医学杂志.2018
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[8].孙佳伟.基于核酸序列功能修饰位点的识别研究[D].江苏科技大学.2017
[9].冯春燕,杜方原,刘丹丹,Pershin,Andrey,王彩霞.含非洲猪瘟病毒核酸序列病毒样颗粒的研制及其在检测方法中的应用[J].中国畜牧兽医.2017
[10].牛莹,张勋才.基于比特置换与核酸序列库的混沌图像加密算法[J].计算机工程与应用.2017
论文知识图
