导读:本文包含了沼泽型水牛论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:沼泽型水牛,起源,驯化,线粒体DNA
沼泽型水牛论文文献综述
王绍强[1]（2019）在《沼泽型水牛mtDNA和Y-STR遗传多样性与起源进化研究》一文中研究指出家养水牛是我国南方的一种重要家畜,通常用于水田的耕作,在稻作文化的发展和传播中扮演着重要的角色。家养水牛由亚洲野水牛在3,000-6,000年前驯化而来,主要分布在南亚、东南亚及东亚的热带和亚热带区域。线粒体DNA(mtDNA)、Y染色体微卫星(Y-STR)与Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNP)是研究动物起源最有效的母系起源与父系起源的分子遗传标记。近年来对水牛的分子遗传研究表明,沼泽型水牛与江河型水牛是独立驯化的,江河型水牛是在印度次大陆的西部被驯化的。对沼泽型水牛mtDNA、Y-SNP和基因组芯片数据的研究分别认为沼泽型水牛是在中国西南地区、中国西南-东南亚边境地区、泰国北部地区驯化的,关于沼泽型水牛的驯化地点仍然存在争议。为了全面分析沼泽型水牛的起源和驯化,本研究以江河型水牛为外群,采集了中国、越南、泰国、老挝、缅甸、印度共800余份沼泽型水牛样本,对mtDNA D-loop区、mtDNA Cytb基因、mtDNA基因组与Y-STR进行了测序和荧光微卫星毛细管电泳测序,分别分析、讨论了沼泽型水牛的遗传多样性、母系起源、父系起源及驯化地点和时间,得出以下结果:(1)沼泽型水牛具有丰富的mtDNA遗传多样性和较弱的系统地理结构。沼泽型水牛mtDNA包括10个支系:SA1、SA2、SA3、SB1、SB2、SB3、SB4、SC、SD和SE,其中SA1为主要支系,SC、SD、SE和SA3为稀有支系。(2)沼泽型水牛的驯化发生在7,000-3,000年前。SA1支系的驯化在中国长江流域中下游地区约6,400年前,后来的扩张沿着L1和L2路线向长江上游和东南方向迁移,最后到达东南亚;在迁移的过程中,长江流域上游(SB3,约4,100年前)、中国西南-东南亚北部(SB1和SB2,约3,300年前)地区发生了几次后期的驯化活动;发现SA2支系的首次大规模群体扩张(“二次驯化”)发生在约3,300年的中国西南部。首次提出沼泽型水牛的驯化-迁移-驯化的多次非独立驯化模式。沼泽型水牛的驯化与水稻驯化后的大规模传播有密切的关系。(3)江河型水牛与沼泽型水牛的分歧时间为913±78 Kya,江河型水牛R1与R2支系的分歧时间为82±18 Kya,SA、SB支系于189.6±27.2 Kya开始逐渐分化形成。SA、SB、SD、SE支系的分化发生在200-130 Kya的里斯冰期。水牛的系统发育模式是受冰期影响而形成的,在冰期寒冷的气候和适宜栖息地减少的条件下,水牛被长期隔离而分化为不同的支系,在冰期避难所得以幸存的个体在温暖的冰后期被驯化形成家养水牛。(4)Y-STR研究发现沼泽型水牛存在4个父系起源(Y1-Y4),Y1支系是主要的父系起源,长江流域可能是Y1支系的驯化中心,西南边境和东南亚是沼泽型水牛父系起源的重要地点之一。(本文来源于《西北农林科技大学》期刊2019-05-01）
王鹏程[2]（2018）在《沼泽型水牛与广西本地黄牛背最长肌生理生化指标及差异表达基因研究》一文中研究指出牛肉肉质和肌肉力量是数量性状,单独研究一个基因对肉质和肌肉力量的影响收益甚微,因此本研究选取相同饲养管理的沼泽型水牛和黄牛的背最长肌为研究对象,分析沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌生理生化指标和表达基因存在的差异。采用组织化学和分析化学的方法,初步比较pH、含水量、剪切力、肌内脂肪含量、灰分含量和肌纤维结构存在的差异;同时使用转录组测序技术对沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌的转录组进行了研究,从转录组学角度揭示沼泽型水牛和黄牛背最长肌生理生化指标差异的分子机制。该研究为沼泽型水牛肉用和役用价值的开发、良种牛的育种提供了理论依据。本研究主要包含两部分:1.利用直接测量和色谱的方法测定了背最长肌的生理生化指标和氨基酸成分,并对比了沼泽型水牛和黄牛之间存在的差异。结果显示在相同生长环境下的沼泽型水牛和普通黄牛背最长肌生理生化指标类似,仅剪切力存在显着性差异(P≤0.05),氨基酸成分相似,无显着性差异(P>0.05),肌肉组织HE染色结果显示沼泽型水牛肌纤维的面积、直径、周长和密度均小于黄牛,差异极显着。使用qRT-PCR检测胶原蛋白Ⅰ型α1链(COL1A1),氯电压门控通道蛋白(CLCN4),硬脂酰-CoA去饱和酶5(SCD5)分泌磷蛋白2(SPP2)四个基因在广西本地黄牛背最长肌中的表达量分别为沼泽型水牛的0.15,17.92,0.99,0.15倍;2采用第二代测序的方法检测沼泽型水牛和黄牛背最长肌的基因表达谱,经转录组测序分析得到12,819个在两组中差异表达的基因(FC≥0.5,P≤0.05),其中在沼泽型水牛背最长肌中高表达的基因共有5,508个,低表达的基因有7,311个。对12,819个差异基因进行GO富集分析,共注释了 11,449个基因,富集于6,522个Category,根据Category功能的相关性进行聚类分析,共得到59个Clusters,其中2个Clusters与脂肪和脂肪酸代谢、吸收和转化生物过程相关;4个与肌肉组成、生长、分化和调控相关。对12,819个基因进行KEGG富集分析,有291条信号通路被富集。本研究利用高通量测序对沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌转录组进行测序,筛选出与肌肉肉质和肌肉力量相关的基因和新基因,为进一步研究水牛和黄牛肉肉质提供了基础,同时也为现代生物技术培育生产优质牛肉的新牛种提供了宝贵的数据依据,此外也对牛养殖场选育提供了实验依据。(本文来源于《广西大学》期刊2018-06-01）
周芳廷,张永云,钱林东,李卫真,袁峰[3]（2018）在《河流型与沼泽型水牛FSHR基因密码子偏好性分析》一文中研究指出为了确定河流型与沼泽型水牛促卵泡素受体(FSHR)基因密码子的使用模式,试验采用PCR产物直接测序法对9头河流型水牛、15头沼泽型水牛、6头大额牛和6头中甸牦牛的FSHR基因编码区序列进行了群体变异检测和单倍型划分,并结合已发表的普通牛、野牛、山羊、绵羊、人和黑猩猩的同源序列,对河流型与沼泽型水牛FSHR基因密码子使用的偏好性及与其他物种的差异进行了探讨。结果表明:两类水牛FSHR基因的密码子使用特征较为相似,河流型与沼泽型水牛分别有28个和27个偏好使用的密码子,对于编码Pro的4个密码子CCC、CCA、CCU和CCG而言,河流型水牛偏好使用CCC和CCA,而沼泽型水牛偏好使用CCC。水牛与其他物种共同偏好使用的密码子有20种,均偏好使用以G/C结尾的密码子。基于密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)构建的聚类树显示河流型水牛与沼泽型水牛先聚为一类,再与大额牛、牦牛聚为一类,普通牛与山羊、绵羊和野牛聚为一类,人和黑猩猩聚为一类,揭示聚为一类的物种间在密码子使用上的偏好性较相似。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2018年03期）
范新阳,伍姗,张永云,滕晓红,赵学成[4]（2017）在《河流型与沼泽型水牛LEP基因同义密码子使用特征分析》一文中研究指出为了了解影响泌乳性状的重要编码基因LEP基因的密码子使用特征,试验以27头河流型水牛和41头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照,对两类水牛LEP基因的同义密码子使用偏好性及水牛与其他物种间LEP基因密码子使用的差异和进化关系进行深入分析。结果表明:两种类型水牛LEP基因密码子使用特征相似,河流型和沼泽型水牛LEP基因均有25个偏好使用的密码子;其中两类水牛LEP基因偏好性较强的密码子均为UUC、CUG、AUC、GUC、UCC、ACC、GCC、CAC、CGG、AGG和GGG(RSCU≥2.00)。河流型水牛CCA和CCG密码子的RSCU值分别为0.09和0.35,而沼泽型水牛分别为0.34和0.10。此外,所有物种LEP基因均偏好使用以G/C结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、山羊、小鼠和人等物种相聚。在密码子使用频率上,LEP基因与小鼠密码子偏好性差异小于与大肠杆菌和酵母密码子偏好性的差异,说明小鼠更适合作为水牛LEP基因的外源表达系统。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2017年11期）
范新阳,邱立华,罗国祥,张永云,滕晓红[5]（2017）在《河流型与沼泽型水牛CSN3基因密码子使用特征分析》一文中研究指出本研究以54头河流型水牛和70头沼泽型水牛为研究对象,并以从NCBI数据库中下载的普通牛、野牦牛、野牛、绵羊、小鼠和人的序列作对照,对乳成分中重要的κ-酪蛋白(kappa casein)编码基因CSN3的密码子使用偏好性及水牛与其他物种间CSN3基因密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果表明:两种类型水牛CSN3基因密码子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26个偏好使用的密码子,而沼泽型水牛共有27个;其中,两类水牛偏好性较强的密码子均为GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛对Asp的两种密码子GAU、GAC没有使用偏好性,而沼泽型水牛偏好使用GAC;河流型水牛编码Asp和Cys的同义密码子RSCU值为1,而沼泽型水牛只有编码Cys的同义密码子RSCU值为1。研究发现,所有物种CSN3基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但不同物种之间偏好使用密码子种类和数目均有差异。在密码子使用频率上,水牛CSN3基因与其他牛科物种的差异小于与小鼠、人的差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型与沼泽型水牛亲缘关系最近,聚为一类,然后依次与其他牛、绵羊、小鼠和人等物种相聚。(本文来源于《云南农业大学学报(自然科学)》期刊2017年02期）
邓廷贤,庞春英,朱鹏,陆杏蓉,段安琴[6]（2016）在《沼泽型水牛微卫星DNA的遗传多样性分析》一文中研究指出为探究中国沼泽型水牛品种或类群的遗传多样性,本研究采用了沼泽型水牛30个微卫星标记结合LabChip芯片检测法对德昌水牛、德宏水牛、温州水牛、贵州水牛、西林水牛、富钟水牛及两个引进品种摩拉水牛、尼里-拉菲水牛等40个样本进行了检测和遗传多样性分析。结果表明,在30个微卫星DNA标记上共发现332个等位基因,平均基因多样性和PIC值分别为0.7808和0.7554。聚类分析结果显示,德宏水牛和德昌水牛先聚为一类,随后与富钟水牛、贵州水牛、温州水牛、西林水牛聚为一类;摩拉水牛与尼里-拉菲水牛聚为一类。本研究证实了所选的30个沼泽型水牛微卫星DNA标记可作为有效的遗传标记用于水牛品种间的遗传多样性分析,同时也丰富了当前的水牛微卫星标记资源。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2016年11期）
段安琴,庞春英,朱鹏,邓廷贤,陆杏蓉[7]（2016）在《沼泽型水牛VASA基因启动子的克隆及转录活性检测》一文中研究指出【目的】克隆沼泽型水牛VASA基因5′侧翼序列,对启动子进行生物信息学分析及转录活性检测,为后续水牛繁殖性能的分子机理研究奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的河流型水牛(Bubalus bubalis)的VASA5′侧翼序列,经过同源比对,设计PCR引物。以沼泽型水牛血液基因组为模板扩增VASA基因5′侧翼序列并进行测序和生物信息学分析。将扩增的VASA基因5′侧翼片段插入pEGFP-1多克隆位点处,构建pVASA-EGFP-1载体。载体经脂质体转染HEK-293T和CHO细胞系,分析其转录活性。【结果】成功克隆沼泽型水牛VASA 5′侧翼序列及部分CDS区序列,共3 081bp,同源性分析表明,沼泽型水牛VASA基因5′侧翼序列与河流型水牛、黄牛、绵羊、山羊、小鼠和人的相似性分别为99%,96%,93%,95%,90%和79%。对其5′侧翼序列2 000bp进行启动子预测及转录因子结合位点预测,发现在其翻译起始位点上游-635--586处存在TATA box,启动子区存在Nobox、Stat1、Stat3、Stat4、Stat5a、Stat5b、Stat6、Gata3、Smad2、Smad3和Smad4等反式作用因子结合位点,其中Stat家族基因在VASA启动子区存在多个结合位点,且同一位点又存在多个Stats基因结合的情况。水牛VASA启动子能启动EGFP在HEK-293T细胞中的表达,但非常微弱;能启动EGFP在CHO细胞中表达,且启动活性与CMV启动子相似。【结论】成功克隆了沼泽型水牛VASA基因启动子,分析了其启动子序列特征并成功验证其组织特异性和转录活性。(本文来源于《西北农林科技大学学报(自然科学版)》期刊2016年11期）
谭旭[8]（2015）在《沼泽型水牛的杂交改良研究与示范项目成果显着》一文中研究指出目前,由中国农业科学院水牛研究所杨炳壮研究员主持的国家科技部国际科技合作重点项目"地中海型水牛种源引进及其对沼泽型水牛的杂交改良研究与示范"(2008DFA30320)顺利通过广西科学技术厅组织的专家组的验收。该项目成果进一步解决了我国在水牛杂交改良方面出现的种源短缺问题,为加快扩大我国奶水牛种群规模,完善奶水牛产业体系的构件奠定了科研理论基础。2008~2013年,即项目的执行期内,研究团队通过(本文来源于《基层农技推广》期刊2015年06期）
朱鹏,粟小平,苏节,刘金凤,刘庆友[9]（2015）在《沼泽型水牛ALK3基因克隆分析与表达模式研究》一文中研究指出试验旨在对沼泽型水牛ALK3基因进行克隆、生物信息学分析,并对其在水牛组织中的表达规律进行系统研究。根据GenBank中已公布的牛ALK3基因序列设计特异性引物,应用RT-PCR方法扩增、克隆获得目的基因片段;应用生物信息学方法分析和预测了水牛ALK3的遗传进化及蛋白质的理化性质、二级和叁级结构;并应用QRT-PCR技术对ALK3基因在水牛组织中的表达进行了差异分析。结果表明,水牛ALK3基因编码区全长1 599bp,共编码532个氨基酸。多重序列比较分析显示,水牛ALK3核苷酸序列与牛、绵羊、猪、马、人和小鼠相应序列的同源性分别为98%、96%、95%、93%、94%和91%。系统进化树分析显示,ALK3基因在不同物种以及进化的过程中具有高度保守性。对ALK3蛋白质的分析表明该蛋白呈弱碱性,有信号肽,细胞亚定位于胞膜上,存在丝氨酸/苏氨酸激酶和GS等结构。定量分析结果显示,ALK3在水牛生殖脊、心脏、肝脏、颗粒细胞、肺脏、卵丘细胞、肾脏、下丘脑、垂体、大脑等15种组织或细胞中有不同程度的表达,其中卵巢中表达量最高,垂体、肺脏和睾丸次之,卵丘细胞表达量最低。本研究成功克隆了沼泽型水牛ALK3基因,并研究了其在不同水牛组织细胞中的表达规律,为阐明其在水牛繁殖过程中的功能及转基因载体构建中的应用研究奠定了理论基础。(本文来源于《中国畜牧兽医》期刊2015年03期）
卢武洲,钱林东,欧阳依娜,毕润,张慧芳[10]（2015）在《河流型与沼泽型水牛STAT5A基因序列多态性分析》一文中研究指出信号转导与转录激活因子家族(STATs)是一组介导靶细胞内多种肽类激素和细胞因子活性的转录因子。因此,STAT5A基因近年被确定为一个与普通奶牛泌乳性状相关的候选基因,但目前在水牛中该基因的研究报道还比较少。本研究采用PCR产物直接测序技术对60头河流型水牛和300头沼泽型水牛样品的STAT5A基因外显子7,8,9,13和16序列及内含子8序列、内含子16部分序列进行了群体变异检测,并对检测结果进行了群体遗传和比较基因组学分析。在水牛STAT5A基因中共检测到12个SNP位点,其中在外显子中检测到4个SNP位点,内含子中检测到8个SNP位点。在外显子8和外显子13中各检测到2个SNP位点,在外显子8中为c.924C>T和c.975C>T替换,在外显子13中为c.1485A>G和c.1551C>T替换。它们均为同义替换,只存在于河流型水牛中。在内含子8中检测到7个SNP位点,在内含子16中检测到1个SNP位点。在内含子中检测到的SNP位点全部存在于河流型水牛中,在沼泽型水牛中只存在其中的2个SNP位点(c.989+144G>T,c.989+177A>G)。本文结果揭示河流型与沼泽型水牛STAT5A基因SNP位点群体遗传组成不同,在河流型水牛中检测到的SNP位点大多在沼泽型水牛中已纯合。比较基因组学分析显示,水牛与普通牛、牦牛和绵羊的STAT5A基因序列差异较大,水牛具有不同的SNP位点分布模式,但水牛与普通牛和牦牛在氨基酸序列水平上差异较小。(本文来源于《云南农业大学学报(自然科学)》期刊2015年02期）
沼泽型水牛论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
牛肉肉质和肌肉力量是数量性状,单独研究一个基因对肉质和肌肉力量的影响收益甚微,因此本研究选取相同饲养管理的沼泽型水牛和黄牛的背最长肌为研究对象,分析沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌生理生化指标和表达基因存在的差异。采用组织化学和分析化学的方法,初步比较pH、含水量、剪切力、肌内脂肪含量、灰分含量和肌纤维结构存在的差异;同时使用转录组测序技术对沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌的转录组进行了研究,从转录组学角度揭示沼泽型水牛和黄牛背最长肌生理生化指标差异的分子机制。该研究为沼泽型水牛肉用和役用价值的开发、良种牛的育种提供了理论依据。本研究主要包含两部分:1.利用直接测量和色谱的方法测定了背最长肌的生理生化指标和氨基酸成分,并对比了沼泽型水牛和黄牛之间存在的差异。结果显示在相同生长环境下的沼泽型水牛和普通黄牛背最长肌生理生化指标类似,仅剪切力存在显着性差异(P≤0.05),氨基酸成分相似,无显着性差异(P>0.05),肌肉组织HE染色结果显示沼泽型水牛肌纤维的面积、直径、周长和密度均小于黄牛,差异极显着。使用qRT-PCR检测胶原蛋白Ⅰ型α1链(COL1A1),氯电压门控通道蛋白(CLCN4),硬脂酰-CoA去饱和酶5(SCD5)分泌磷蛋白2(SPP2)四个基因在广西本地黄牛背最长肌中的表达量分别为沼泽型水牛的0.15,17.92,0.99,0.15倍;2采用第二代测序的方法检测沼泽型水牛和黄牛背最长肌的基因表达谱,经转录组测序分析得到12,819个在两组中差异表达的基因(FC≥0.5,P≤0.05),其中在沼泽型水牛背最长肌中高表达的基因共有5,508个,低表达的基因有7,311个。对12,819个差异基因进行GO富集分析,共注释了 11,449个基因,富集于6,522个Category,根据Category功能的相关性进行聚类分析,共得到59个Clusters,其中2个Clusters与脂肪和脂肪酸代谢、吸收和转化生物过程相关;4个与肌肉组成、生长、分化和调控相关。对12,819个基因进行KEGG富集分析,有291条信号通路被富集。本研究利用高通量测序对沼泽型水牛和广西本地黄牛背最长肌转录组进行测序,筛选出与肌肉肉质和肌肉力量相关的基因和新基因,为进一步研究水牛和黄牛肉肉质提供了基础,同时也为现代生物技术培育生产优质牛肉的新牛种提供了宝贵的数据依据,此外也对牛养殖场选育提供了实验依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
沼泽型水牛论文参考文献
[1].王绍强.沼泽型水牛mtDNA和Y-STR遗传多样性与起源进化研究[D].西北农林科技大学.2019
[2].王鹏程.沼泽型水牛与广西本地黄牛背最长肌生理生化指标及差异表达基因研究[D].广西大学.2018
[3].周芳廷,张永云,钱林东,李卫真,袁峰.河流型与沼泽型水牛FSHR基因密码子偏好性分析[J].黑龙江畜牧兽医.2018
[4].范新阳,伍姗,张永云,滕晓红,赵学成.河流型与沼泽型水牛LEP基因同义密码子使用特征分析[J].黑龙江畜牧兽医.2017
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[6].邓廷贤,庞春英,朱鹏,陆杏蓉,段安琴.沼泽型水牛微卫星DNA的遗传多样性分析[J].中国畜牧兽医.2016
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[8].谭旭.沼泽型水牛的杂交改良研究与示范项目成果显着[J].基层农技推广.2015
[9].朱鹏,粟小平,苏节,刘金凤,刘庆友.沼泽型水牛ALK3基因克隆分析与表达模式研究[J].中国畜牧兽医.2015
[10].卢武洲,钱林东,欧阳依娜,毕润,张慧芳.河流型与沼泽型水牛STAT5A基因序列多态性分析[J].云南农业大学学报(自然科学).2015