蛋白质二级结构在线服务器预测评估

论文摘要

蛋白质二级结构的预测,对于研究蛋白质的功能和人类生命科学意义非凡。1951年开始提出预测蛋白质二级结构,1983年对于二级结构的预测只有50%的准确率。经过多年的发展,预测方式不断的改进和完善,到如今准确率已经超过80%。但目前预测在线服务器繁多,连续自动模型评估(CAMEO)也只给出服务器三级结构的预测评估,二级结构评估还未实现。针对上述问题,选取了以下6个服务器:PSRSM、MUFOLD、SPIDER、RAPTORX、JPRED和PSIPRED,对其预测的二级结构进行评估。并且为保证测试集不在训练集内,实验数据选取蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)最新发布的蛋白质。在基于蛋白质同源性30%、50%和70%的实验中,PSRSM取得Q3的准确率分别为91.44%、88.12%和90.17%,比其他预测服务器中最高的MUFOLD分别高出3.19%、1.33%和2.19%,证明在同一类同源性数据中PSRSM比其他服务器有更好的预测效果。除此之外实验也得到其预测的Sov准确度也比其他服务器要高。比较各类服务器的方法与结果,得出今后蛋白质二级结构预测应当重点从大数据、模板和深度学习的角度进行研究。

论文目录

• 1 在线服务器原理
•   1.1 PSRSM
•   1.2 MUFOLD
•   1.3 SPIDER
•   1.4 RAPTORX
•   1.5 JPRED
•   1.6 PSIPRED
• 2 数据选取和评估标准
•   2.1 数据选取
•   2.2 评估标准
•     2.2.1 Q3
•     2.2.2 Sov
• 3 实验及结果
• 4 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 朱树平,刘毅慧

关键词: 蛋白质二级结构,预测,在线服务器,准确率,评估

来源: 生物信息学 2019年01期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 齐鲁工业大学(山东省科学院)计算机科学与技术学院

基金: 国家自然科学基金(No.61375013),山东省自然科学基金(No.ZR2013FM020)

分类号: Q518.1

页码: 53-60

总页数: 8

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