大气交通污染物对儿童外周血基因表达谱的影响分析

论文摘要

目的采用生物信息学研究方法分析大气污染对儿童外周血基因表达谱的影响,为后期预防、诊断及治疗提供一定的理论参考依据。方法从基因芯片公共数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）中下载一组来自不同大气污染暴露下外周血基因芯片数据,并将数据导入分析软件QOE3.1、GenClip2.0、GATHER等,分析基因表达谱、蛋白-蛋白相互作用网络、分子生物学过程及基因功能,寻找大气污染对儿童影响的关键节点基因。结果共发现差异表达基因2 172个。根据研究目的,对Fold Change≥3的223个儿童差异表达基因进行分析,结果表明这些靶基因主要参与细胞对外部刺激物的反应、细胞信号传导、核苷磷酸结合等生物学功能。进一步分析发现,NR4A1、SGK1、TUBB1、PINK1和THOC3基因为蛋白-蛋白相互作用网络中心节点,删除这些节点蛋白后,网络结构涣散,同时研究发现基因PINK1灵敏度和特异度最高,诊断价值最大。结论不同污染状态下儿童基因表达不同,差异基因主要参与细胞对外部刺激物的反应、细胞信号传导、核苷磷酸结合等生物学功能,基因PINK1的诊断能力最强。

论文目录

• 1 资料和方法
•   1.1 资料来源
•   1.2 研究内容和方法
•     1.2.1 数据处理与差异基因分析
•     1.2.2 GO功能分析
•     1.2.3 PPI network分析
•     1.2.4 差异基因的GATHER分析
•     1.2.5 关键基因诊断能力评价
• 2 结 果
•   2.1 数据处理及差异基因分析
•   2.2 儿童差异基因的GO功能富集
•   2.3 差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用
•   2.4 差异基因的GATHER分析
•   2.5 关键基因诊断能力评价
•   2.6 关键基因联合评价
• 3 讨 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 孙娜,郭亚收,刘启玲,张荣强,段丽芳,李星慧,李向文

关键词: 大气污染,儿童外周血,差异表达基因,生物信息学

来源: 实用预防医学 2019年07期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学,工程科技Ⅰ辑

专业: 生物学,环境科学与资源利用,预防医学与卫生学,生物医学工程

单位: 陕西中医药大学公共卫生学院,咸阳市中心医院

基金: 国家自然科学基金青年项目(81603420),咸阳市科学技术研究攻关项目(2017k02-85),陕西中医药大学校内科研基金(14XJZR07),陕西省中医药管理局(JCMS035)

分类号: R12;Q811.4

页码: 771-775

总页数: 5

文件大小: 1322K

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