碱基对AT/GC与组氨酸/天冬酰胺侧链间氢键作用的优势位点

论文摘要

采用B3LYP/6-31+G（d,p）方法优化得到18个由组氨酸（His）/天冬酰胺（Asp）侧链分别与2种Watson-Crick碱基对（AT/GC）形成稳定构型.对18个稳定构型使用M06-2X-D3/aug-cc-pVDZ方法计算得到氢键复合物的结合能.在此基础上,采用同样的量子化学计算方法加上极化连续介质（PCM）模型计算得到氢键复合物在水相中的结合能.结果表明,碱基对AT与组氨酸侧链/天冬酰胺侧链氢键作用的较稳定作用位点是site 1与site 3;碱基对GC的较稳定作用位点是site 1与site 4.分子中原子（AIM）与自然键轨道（NBO）分析计算所得的结果与结合能强弱顺序一致.

论文目录

• 1 研究对象与计算方法
• 2 结果与讨论
•   2.1 碱基对AT与天冬酰胺侧链、组氨酸侧链的氢键作用
•   2.2 碱基对GC与天冬酰胺侧链、组氨酸侧链的氢键作用
•   2.3 水环境与蛋白环境对复合物结合能的影响
• 3 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 李书实,李赫,王萌,黄翠英

关键词: 碱基对,氨基酸侧链,氢键复合物,结合能,作用位点

来源: 辽宁师范大学学报(自然科学版) 2019年03期

年度: 2019

分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑

专业: 化学

单位: 辽宁师范大学化学化工学院

基金: 国家自然科学基金资助项目(21773102)

分类号: O641.3

页码: 354-362

总页数: 9

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