羊传染性脓疱病毒OVIFNR蛋白结构分析与B细胞表位预测

论文摘要

本研究应用生物信息学方法,预测分析羊传染性脓疱病毒(ORFV)的OVIFNR蛋白结构与B细胞抗原表位。从羊传染性脓疱病羊嘴唇结痂中扩增出ORFV的OVIFNR基因序列并进行测序鉴定,上传至NCBI;应用生物信息学软件,将扩增所得的OVIFNR基因序列和GenBank公布的参考序列,在核苷酸和氨基酸水平上进行同源性分析和遗传进化树构建,并对OVIFNR蛋白分子的理化特性、跨膜区、信号肽、亲疏水性、二级结构、三级结构和B细胞抗原表位进行预测分析。结果显示:所扩增序列与Hoping和Nantou毒株的OVIFNR基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.6%和100%;通过遗传进化树发现,所扩增序列的毒株与Hoping、ShanX、Nantou毒株处于同一分支;OVIFNR蛋白的理论等电点为4.83,半衰期为30 h,脂肪族指数77.92,总平均疏水性为–0.181,无跨膜区和信号肽,不属于跨膜蛋白;二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲分别占68.64%、7.56%、15.13%、9.18%,筛选出了8个优势B细胞表位;OVIFNR蛋白为亲水性蛋白,含有较多B细胞表位,具有抗原性,可以作为ORFV检测的新靶点。本研究为OVIFNR蛋白的功能研究和ORFV检测方法的建立提供了理论依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 结痂组织DNA提取
•   1.3 引物设计、基因扩增
•   1.4 序列测定和遗传进化分析
•   1.5 OVIFNR蛋白理化特性和二、三级结构预测分析
•   1.6 OVIFNR蛋白的B细胞表位预测
• 2 结果
•   2.1 序列测定及遗传进化分析
•   2.2 OVIFNR蛋白的理化特性和二、三级结构预测分析
•   2.3 OVIFNR蛋白B细胞表位预测
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 成伟伟,陈伯祥,杨明,赵子惠,常攀峰

关键词: 羊传染性脓疱病毒,蛋白,生物信息学,结构,功能

来源: 中国动物检疫 2019年11期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 甘肃省畜牧兽医研究所

基金: 甘肃省重点研发计划项目(18YF1NA021)

分类号: S852.654

页码: 65-71

总页数: 7

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