保留非全长读段的ISO-seq数据转录组表达分析

论文摘要

近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在保留非全长读段的基础上提出了两个能同时预测异构体结构和计算其表达比例的模型基于狄利克雷采样的异构体探测与预测（Dirichlet sampling for isoform detection and prediction,DSIDP）和基于马尔科夫链的异构体探测与预测（Markov chain for isoform detection and predition,MCIDP）。两个模型均从全长读段中建立异构体预测集,并采用全长读段和非全长读段计算异构体表达比例。DSIDP将所有读段比对至异构体预测集,并使用Dirichlet采样解决多源映射问题,MCIDP使用马尔科夫链模拟基因外显子之间的选择性剪切,该模型还能预测出数据中没有全长读段的异构体。本文采用模拟数据和真实数据验证了两个模型的有效性。

论文目录

• 引言
• 1 实验方法
•   1.1 数据特性
•   1.2 原始数据处理
•   1.3 真实数据有效性验证
•   1.4 DSIDP模型
•   1.5 MCIDP模型
• 2 实验结果与分析
•   2.1 实验数据
•   2.2 非全长读段有效性验证
•   2.3 MCIDP预测异构体验证
•   2.4 真实数据集实验结果
• 3 结束语

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 刘学军,瞿锡垚,张礼

关键词: 转录组表达,第三代测序技术,新型异构体检测,多源映射

来源: 数据采集与处理 2019年04期

年度: 2019

分类: 信息科技,基础科学

专业: 生物学

单位: 南京航空航天大学计算机科学与技术学院,南京林业大学信息科学技术学院

基金: 国家自然科学基金（61802193）资助项目,江苏省自然科学基金（BK20170934）资助项目

分类号: Q811.4

DOI: 10.16337/j.1004-9037.2019.04.003

页码: 594-604

总页数: 11

文件大小: 1589K

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