基于高通量测定普通棉耳狨猴粪便微生物多样性

论文摘要

目的应用高通量测序技术分析普通棉耳狨猴粪便菌群的结构与组成,为进一步开发利用这种新型实验动物奠定基础。方法采集4只成年雄性普通棉耳狨猴粪便,用细菌16SrDNA通用引物扩增V3～V4区,采用Illumina MiSeq测序平台对普通棉耳狨猴粪便微生物进行研究。结果共测序获得315 511条有效序列与596个OTU。普通棉耳狨猴粪便中的细菌共鉴定出鉴定出有9个门、14个纲、26个目、50个科、82个属和64个种和226个OTU。其中,1)优势门是拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),平均含量分别为54.52%和25.39%2)丰度最高的纲为拟杆菌纲(Bacteroidia)和厌氧菌纲(Negativicutes),平均含量为54.5%和17%。3)乳杆菌目(Lactobacillales)和拟杆菌目(Bacteroidales)的丰度最高,为50.01%和20.52%。4)普雷沃菌科(Prevotellaceae)和双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)所占丰度最高,平均含量分别为43.14%和11.33%。5)双歧杆菌属(Bifidobacterium)和拟杆菌属(Bacteroides)的丰度较高,平均含量分别为11.33%11.12%。6)有益菌群双歧杆菌属丰度较高,但在所检测样本中都含有。7)丰度最高的前10个种,归类为7个科、5个纲。这10个种占到33.16%,其他53种总和仅占到0.74%,其他未鉴定出菌种,且相对丰度还较高,需要进一步研究。8) PICRUSt功能预测分析:氨基酸转运等代谢功能和蛋白质翻译、折叠遗传信息处理功能丰度较高。结论应用高通量测序技术,较全面的检测了普通棉耳狨猴粪便菌群,普通棉耳狨猴粪便细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 实验动物
•     1.1.2 样本采集
•     1.1.3 主要试剂和仪器
•   1.2 方法
•     1.2.1 细菌总DNA提取及PCR扩增
•     1.2.2 文库构建和上机测序
•   1.3 统计学分析
• 2 结果分析
•   2.1 测序水平
•   2.2 样品的复杂度分析
•   2.3 Beta Diversity指数
• 3. 物种注释
•   3.1 在门水平上的菌群组成
•   3.2 在纲水平上的菌群组成
•   3.3 在目水平上的菌群组成
•   3.4 在科水平上的菌群组成
•   3.5 在属水平的菌群组成
•   3.6 在种水平的菌群组成
•   3.7 PICRUS功能预测
• 4. 讨论

文章来源

类型: 国内会议

作者: 张飞燕,金洁,刘超,王芸,谢丽分,张晓迪,邬继文,吕龙宝

关键词: 普通棉耳狨猴,粪便,高通量测序,物种组成优势菌群

来源: 第十五届中国实验动物科学年会 2019-09-21

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 中国科学院昆明动物研究所,中国科学院昆明灵长类研究中心

分类号: S852.6

DOI: 10.26914/c.cnkihy.2019.068213

页码: 578-594

总页数: 17

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