导读:本文包含了体细胞突变论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:先天性失氯性腹泻,SLC26A3基因,单核苷酸多态性,肠上皮细胞
体细胞突变论文文献综述
张妮妮,郭宏伟,林燕,张薇,张伟[1]（2019）在《先天性失氯性腹泻相关SLC26A3 c.392C>G(p.P131R)突变体细胞模型的建立及其作用机制的初步研究》一文中研究指出目的建立先天性失氯性腹泻(CCD)相关SLC26A3 c.392C>G(p.P131R)突变体细胞模型并初步研究其生物学功能。方法根据GenBank中SLC26A3基因序列,设计特异性识别SLC26A3基因392位点的上下游单导RNA(sgRNA),与酶切后的pSpCas9-puro载体混合构建真核重组表达质粒(pSpCas9-SLC26A3)。将重组质粒和供体DNA模板单链DNA寡核苷酸(ssODN)共转染至Caco-2细胞,采用Taqman基因型分析和Sanger测序鉴定SLC26A3 c.392C>G(p.P131R)在Caco-2细胞中的表达。以野生型Caco-2细胞为正常对照组,以成功表达SLC26A3 c.392C>G(p.P131R)的Caco-2细胞为P131R组,两组细胞分别经100 ng/mL TNF-α诱导并命名为TNF-α组和TNF-α+P131R组,通过电-细胞-基质阻抗传感(ECIS)分析检测上述4组肠上皮细胞单层屏障功能的变化;通过Western blot检测正常对照组和P131R组细胞SLC26A3蛋白的表达变化。结果成功构建了真核重组表达质粒(pSpCas9-SLC26A3)。Taqman基因型分析和Sanger测序均验证SLC26A3 c.392C>G(p.P131R)表达的Caco-2细胞模型构建成功。ECIS分析显示:与正常对照组相比,P131R组肠上皮细胞单层通透性明显增加(P<0.05);同时P131R组细胞经TNF-α诱导后的细胞膜通透性增加更为显著(P<0.05)。Western blot结果显示:与正常对照组相比,P131R组细胞SLC26A3蛋白的相对表达水平显着降低(P=0.001)。结论 SLC26A3 c.392C>G(p.P131R)可引起SLC26A3蛋白表达下降,从而增加肠上皮细胞单层通透性,引起相关腹泻的发生。[中国当代儿科杂志,2019,21(11):1131-1137](本文来源于《中国当代儿科杂志》期刊2019年11期）
朱聪慧,任丽[2]（2019）在《乳腺转移性癌的体细胞突变基因相关研究》一文中研究指出目的利用公共数据库大数据,筛选乳腺癌原发性癌灶和转移癌灶2类癌组织之间具有明显差异突变的基因群,并探索其显着富集的功能及通路。方法从公共数据库下载乳腺癌全基因组测序数据,行统计学分析,对突变基因群进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后将转移癌灶部位分3个亚组进行分析,分析不同转移部位的共性和个性差异突变基因和显着富集GO功能、KEGG通路。结果共发现211个具有显着差异的体细胞突变基因,包括ESR1,UBE3A,KIT等,对其进行GO和KEGG富集分析显示,这些显着性差异体细胞突变基因可能与如对类固醇激素的反应、细胞生长调节、MAPK信号通路、乳腺癌信号通路、cAMP信号通路等功能及通路相关。乳腺癌不同部位转移癌灶之间个性的差异突变基因和显着富集GO功能、KEGG通路较多,共性的较少。结论乳腺癌转移癌灶相比于原发灶具有独特的差异突变基因群、显着富集GO功能和KEGG通路,不同部位转移灶之间差异突变基因群、显着富集GO功能和KEGG通路差异较大。(本文来源于《海军医学杂志》期刊2019年05期）
康争春,鄂继福,朱良亮,闫飞虎,于恩达[3]（2019）在《基于COSMIC数据库的结直肠转移性癌的体细胞突变基因变化的研究》一文中研究指出目的利用癌症体细胞突变目录(COSMIC)数据库,筛选结直肠原发性癌和结直肠转移性癌两类癌组织之间的具有显着差异的体细胞基因突变,并分析其可能的功能及通路。方法从COSMIC数据库下载结直肠癌全外显子测序数据,在R 3.5.0环境下,利用卡方检验或Fisher确切概率法对结直肠原发性癌和结直肠转移性癌两类癌组织之间的差异体细胞突变基因进行挖掘,记录具有显着差异的体细胞突变基因并进行功能及通路富集分析,探索其可能生物学功能及通路。结果共发现120个具有显着差异的体细胞突变基因,包括RHEB、RP11-368J21.2、AGAP10等,对其进行GO和KEGG富集分析显示,这些显着性差异体细胞突变基因可能与如脱氢酶活性、还原酶活性、细胞周期停滞、代谢途径、PI3K-Akt信号通路、细胞周期、细胞粘附分子、癌症中的转录失调、铂类耐药性等功能及通路相关。结论挖掘结直肠原发性癌和结直肠转移性癌之间的显着差异体细胞突变基因可为研究结直肠癌的转移调控机制提供借鉴,显着差异体细胞突变基因可能作为结直肠癌转移诊断标志物或转移治疗靶点应用于临床。(本文来源于《中华结直肠疾病电子杂志》期刊2019年04期）
Chen,Y,B,Mrsadraei,L,Jayakumaran,G[4]（2019）在《伴有胞质嗜酸性和空泡变特征的散发性肾癌细胞癌亚型具有TSC2或MTOR的体细胞突变》一文中研究指出呈实性或巢状结构、胞质嗜酸性的肾细胞肿瘤的鉴别诊断非常复杂,尽管这类组织形态学肿瘤的分类有了新进展,但仍有一部分肿瘤无法(未)分类。作者对先前未分类的肾细胞肿瘤进行回顾性分析,找出一组形态主要为巢状结构,胞质嗜酸性且有显着空泡特征的散发性肾细胞癌病例,对这些病例的临床病理及免疫组化特征进行研究,并采用二代测序分析其体细胞突变和拷贝数改变。该组患者7例,平均年龄54岁(范围40～68岁),男女(本文来源于《临床与实验病理学杂志》期刊2019年05期）
Xing,D,Zheng,G,Schoolmeester,J,K[5]（2019）在《新一代测序揭示了子宫颈小细胞神经内分泌癌的复发性体细胞突变》一文中研究指出宫颈小细胞神经内分泌癌(SCNEC)是一种罕见但极具侵袭性的肿瘤。虽然高危人乳头瘤病毒(HPV)涉及许多肿瘤发生的早期阶段,但已假定其他驱动事件促进SCNEC的进展,识别致瘤因子可以指导该肿瘤的靶向治疗。作者报道了10例子宫颈SCNEC的临床病理特征,分析p16、p53、Syn、嗜铬粒蛋白的免疫组化表达,高危型HPV和(或) HPV 18的原位杂交和聚合酶链反应,以及基于637基因面板的新一代(本文来源于《临床与实验病理学杂志》期刊2019年05期）
胡华英[6]（2019）在《森林草莓体细胞突变模式的初步研究》一文中研究指出在动物的发育过程中,生殖细胞与体细胞在发育的早期就发生了分离。因此,体细胞中产生的突变一般不会传递到后代中去。鉴于动物体细胞突变的非传递性,使得其在演化过程中受到的选择压力可能低于生殖细胞,因而,研究者们推测体细胞分裂过程可能具有更高的突变率,但该假设在动物中很难进行直接的检验。由于植物开花一般都在植物生长的比较后期才出现,因此一般认为植物生殖细胞与体细胞分化较晚。但随着研究的深入,越来越多的实验推测,植物也许和动物一样,也存在着生殖细胞的早期分离与静置,但由于缺乏明确的证据而存在争议。因此,本研究拟以森林草莓为研究对象,通过对不同组织突变率及突变继承关系的系统追踪,对植物是否存在组织细胞的分化及生殖细胞的分离进行探讨。首先,森林草莓具基因组小(240 Mb)的特点,对突变的检测与追踪相对比较经济;其次,并且与常见的栽培草莓(八倍体)不同,森林草莓是二倍体,易于进行遗传分析;第叁,草莓可以通过匍匐茎产生匍匐茎苗来大量无性繁殖,这一方面有利于体细胞、生殖细胞的长期追踪,另一方面,有明确的组织分化,易于突变检测与谱系的追踪,为生殖细胞的分离与组织突变异质性的检验提供基础。通过对49个(45个叶片,4个匍匐茎段)样本的全基因组测序表明,匐萄茎的突变率要高于分枝幼苗的叶片(匐匐茎= 4.75/样本,叶=1.93/样本),表明不同组织的突变率可能存在较高的异质性。通过对突变的谱系及其组织位置的分析表明,匍匐茎的突变可跨过其之间的分枝幼苗进行传播,而在之间的分枝幼苗中却没有能够被检出,说明匍匐茎伸长的细胞与腋分生组织干细胞存在分化与隔离,即草莓匍匐茎中可能存在分离的干细胞层。其中只有某些干细胞层中产生的突变可以传递到扩繁植株甚至继承到后代,从而扮演“生殖细胞”的角色,其余干细胞层中产生的体细胞突变则不会被传递和继承。因此,匐訇茎中检测到的突变主要代表了非遗传性突变,而扩繁植株叶片当中的突变才更有可能代表遗传性的突变,从而符合之前提出的突变率适应性演化的假说。这样一种体细胞突变的组织特异性可能广泛存在于各类植物中,因此本研究将为其他类似的研究提供更多的线索。同时能为植物是否存在真正意义上的“生殖细胞系”以及其干细胞分离情况提供一个实用的研究模型。(本文来源于《南京大学》期刊2019-05-22）
李子阳[7]（2019）在《体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析参考物质的研究》一文中研究指出目前,癌症已成为我国居民死亡的主要原因之一,是严重危害我国居民健康的重大公共卫生问题。近年来,随着个体化医疗的不断发展,根据肿瘤患者的基因突变信息为患者制定个性化治疗方案的“精准医学”模式在临床肿瘤患者的治疗当中发挥着日益重要的作用。大量的肿瘤基因突变在癌症患者的诊断、治疗及预后判断中的临床应用价值已被证实。由于越来越多的肿瘤基因突变位点不断被发现,传统的单个位点的基因检测方法已不能满足临床需求。高通量测序技术的出现,使得多个基因的多个位点同时检测成为可能。高通量测序较传统的分子检测方法要复杂得多,既包括核酸提取、序列靶向富集、文库制备和测序等含多个实验步骤的“湿实验”过程,还有包含测序后的数据质量分析、参考序列比对、变异识别、注释和结果报告解读等步骤的生物信息学分析流程(即“干实验”过程),生物信息学分析流程对于高通量测序检测结果的准确性与“湿实验”一样具有决定性意义。对于临床高通量测序检测的生物信息学分析,要想获得准确可靠的生物信息学分析结果,就需要选择合适的参考物质(Reference material,RM),也称为参考数据(Reference dataset)对生物信息学分析流程进行优化、性能确认、室内质量控制(Internal Quality Control,IQC)以及定期开展室间质量评价(External Quality Assessment,EQA)。通过使用临床样本或肿瘤细胞系DNA等制备的参考数据虽然可以用于生物信息学分析流程的优化、性能确认、室内质量控制及室间质量评价,但其制备较为繁琐,成本较高,且无法包含所有的突变类型。基于测序数据编辑的计算机模拟方法制备的生物信息分析参考数据,具有制备简单、快速、成本低且不受突变类型的限制等优点。但目前已有的基于测序数据编辑的生物信息学分析参考数据模拟软件BAMSurgeon仅能对单核苷酸变异及短片段插入/缺失变异有较好的模拟效果,而不能模拟拷贝数变异、多核苷酸变异等复杂变异,并且不能对靶向测序数据的大片段结构变异进行模拟。此外,BAMSurgeon也不能对Ion Torrent测序平台的数据进行模拟。因此,缺少合适的生物信息学分析参考数据对不同临床实验室的生物信息学分析流程进行全面的性能评估。本研究中,我们开发了一款基于测序数据编辑的生物信息学分析参考数据模拟软件——VarBen。为验证VarBen软件制备的体细胞突变生物信息学分析参考数据是否可以模拟真实肿瘤样本中的体细胞突变,我们将含有真实体细胞突变的肿瘤样本测序数据与VarBen和BAMSurgeon软件制备的体细胞突变生物信息学分析参考数据进行了比较。结果表明,相比于BAMSurgeon,VarBen模拟体细胞突变的检出效果与肿瘤样本测序数据中真实体细胞突变(MB gold set)的检出效果更加相近,这一结果证明VarBen制备的生物信息学分析参考数据可模拟出接近真实肿瘤样本测序数据的体细胞突变。同时为验证VarBen软件的可靠性和稳定性,我们评估了原始测序数据基因组背景、比对软件的使用以及测序reads分割是否会对VarBen产生影响。结果证明原始测序数据的基因组背景、使用的比对软件以及原始测序reads分割不会对VarBen软件体细胞突变的模拟产生影响。综上,我们的验证实验证明了 VarBen软件的可靠性和稳定性,且其制备的模拟测序数据可用作临床体细胞突变检测生物信息学分析参考数据。为全面评估临床实验室肿瘤体细胞突变生物信息分析能力,我们使用VarBen制备的生物信息学分析参考数据开展了肿瘤体细胞基因突变高通量测序检测生物信息学分析室间质量评价调研活动。我们共收到实验室提交的113个有效分析结果,实验室提交结果统计分析显示,相对于单核苷酸变异,目前临床实验室对短片段插入/缺失变异的生物信息学分析能力还有待提高,尤其是复杂插入-缺失变异和FLT基因内部串联重复(internal tandem duplication,ITD)。实验室在建立高通量测序基因突变检测生物信息学分析流程的过程中,需充分重视对生物信息学分析流程的性能确认,以保证分析结果的准确性。此外,本次室间质评也证明了 VarBen制备生物信息学分析参考数据的实用性。综上所述,本研究开发了一款基于测序数据编辑的生物信息学分析参考数据模拟软件—VarBen。与目前已有模拟软件相比,VarBen解决了目前无法对拷贝数变异、多核苷酸变异、复杂插入-缺失变异等复杂变异以及靶向测序数据的大片段结构变异进行模拟的难题,且同时适用于Illumina测序平台、华大BGI测序平台和Ion torrent测序平台。基于测序数据编辑的方法可保留高通量测序“湿实验”部分文库制备及上机测序过程中产生的背景错误分布模式,从而保证模拟数据更加的接近临床真实测序数据,同时可对任意类型的突变位点进行模拟,具有制备成本低、快速、可靠等优点。通过使用VarBen制备个性化的生物信息学分析参考数据可帮助临床实验室发现其生物信息学分析流程中存在的问题,从而帮助临床实验室提高基因突变检测的准确性。(本文来源于《北京协和医学院》期刊2019-04-01）
王绍靖,陈晓瑞,菅喜岐[8]（2019）在《食管鳞状细胞癌淋巴结转移与体细胞突变GC%水平的相关性研究》一文中研究指出目的:探索与食管鳞状细胞癌淋巴结转移相关的分子标记。方法:根据是否发生淋巴结转移将符合纳入标准的患者分成两组,采用单因素分析和多因素Logistic回归分析筛选影响食管癌淋巴结转移的因素,采用约登指数法探讨诊断阈值以及敏感度和特异性,通过ROC曲线下面积(areas under the ROC curve,AUC)评价影响因素的价值。结果:单因素分析和多因素Logistic回归分析结果显示氨基酸密码子第一位突变点的野生型碱基GC%水平是影响食管癌淋巴结转移的因素[OR(95%CI):0.931(0.874～0.991),P<0.05]。该因素的ROC曲线下面积为0.639(P<0.05,95%CI:0.522～0.756),约登指数为0.277,敏感度和特异性分别为56.6%和71.1%。结论:氨基酸密码子第一位突变点的野生型碱基GC%水平与食管鳞状细胞癌淋巴结转移显着相关,该分子标记为淋巴结转移的保护因素并具有潜在的临床应用价值。(本文来源于《中国肿瘤临床》期刊2019年04期）
董周寰,石怀银,吕亚莉,钟梅,朱凤伟[9]（2018）在《KRAS突变阳性的结直肠癌患者体细胞突变分析》一文中研究指出目的分析KRAS突变阳性的结直肠癌患者的肿瘤相关基因突变特征,为其治疗和预后判断提供依据。方法入组2015年1月-2016年6月本院50例KRAS exon 2 G12/13突变阳性的结直肠癌肿瘤患者,用二代测序(NGS)技术检测其石蜡样本中59个常见肿瘤相关基因的热点突变。结果检测到除KRAS外的12个基因65种不同突变,其中突变样本超过10%的有TP53(62%)、APC(46%)、PIK3CA(22%)和SMAD4(14%)。这些基因的突变频率或者突变热点分布与肿瘤组织的生长存在相关性。结论 TP53、APC、PIK3CA、SMAD4与KRAS基因及其通路存在一定的相关性。(本文来源于《解放军医学院学报》期刊2018年12期）
胡月[10]（2018）在《癌症体细胞突变致病性多维评估系统的开发与应用》一文中研究指出随着第二代测序技术的不断进步,人们对各种类型的肿瘤基因组的了解也越来越深入,患者肿瘤的前瞻性临床测序逐步被认为是常规癌症诊疗的一个重要组成部分,癌症基因组测序作为一种重要的辅助诊疗工具已被广泛应用于临床中。然而,如何在越来越多的癌症基因组测序数据中,找出可能对疾病诊疗有影响的体细胞变异等问题,使得准确解释肿瘤关联基因序列变异成为一项严峻的挑战,所以迫切需要一种有效的工具能够帮助研究人员和临床工作者系统地对癌症体细胞变异进行高效而准确的解读。我们根据广泛的文献调研、癌症研究领域专家小组发布的指导意见等,对癌症序列变异解读涉及的各类参考因素进行提炼,构建了基于多等级证据的系统化评估系统,并收集整理可用资源形成本地资料库,将变异位点与基本注释信息、数据库信息、资料库信息等建立联系,并用Java编程语言开发了系统化解读工具Variant Interpretation for Cancer(VIC)。为了用户更方便地使用此工具,还构建了 Web应用平台。本论文的主要工作如下:1)根据科学文献及权威机构发布的癌症序列变异解读指南,提炼出影响体细胞变异对个体健康及临床诊疗应用的各种因素,建立一套基于证据等级的评估系统;2)从公共数据库、各研究小组的独立知识库等大量信息中收集整理可用于解读系统的基因突变与癌症诊疗相关的数据资源,形成本地资料库;3)基于评估系统,制定对证据等级的打分细则,开发了一种能够对肿瘤关联基因序列变异系统性解读的工具VIC;4)基于Spring MVC架构,设计和开发了 Web应用平台;5)将VIC应用到五个不同来源的数据集中进行验证,包括Catalog of Somatic Mutations in Cancer(COSMIC)数据库数据、cBioPortal平台中下载的29例小细胞肺癌患者的变异数据集,the Database of Curated Mutations(DoCM)资料库收录的已知致病性变异数据集、The Cancer Genome Interpreter(CGI)提供的实例应用数据集,以及BRCA1/2全外显子测序数据集。COSMIC数据集中被VIC评估为“致病性/可能致病性”的变异数量远低于COSMIC数据库中标记的致病性变异数量,这一结果说明了临床应用不能只依赖于单一工具单一标准的评估结果,本研究中综合多个工具的预测结果使得评估结果更可靠。通过比较不同工具对29例小细胞肺癌患者样本测序数据集和来自CGI平台四个应用实例数据集的评估结果,表明了本研究建立的多等级评估系统涉及到多方面参考因素,因此对变异位点的致病性及临床应用意义的解读结果比其他工具的评估结果更加保守。根据对DoCM资料库中1364个已知致病性变异位点的分析结果,我们进一步比较不同的注释工具导致的差异及不同评估系统的偏向性差异,说明了多维度评估系统在解读变异位点对疾病治疗、诊断等方面具有临床应用前景。在35例BRCA1/2全外显子测序数据中找到两个解读结果为可能致病性的变异位点,在临床应用中可以作为参考意见。本研究中建立的多等级评估系统涉及了生物标志物应用、生物学信号通路、突变类型、靶向药物等多维信息,通过数据集测试,表明该系统在评估变异位点的致病性以及是否具有临床应用意义上,均能够对癌症序列变异进行更可靠评估与解读,开发的工具能够为更多研究人员对肿瘤测序数据中的体细胞变异解读提供新的方法,本研究对促进DNA测序技术在肿瘤诊断和治疗等临床领域的应用具有重要价值。(本文来源于《东南大学》期刊2018-06-07）
体细胞突变论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的利用公共数据库大数据,筛选乳腺癌原发性癌灶和转移癌灶2类癌组织之间具有明显差异突变的基因群,并探索其显着富集的功能及通路。方法从公共数据库下载乳腺癌全基因组测序数据,行统计学分析,对突变基因群进行GO功能和KEGG通路富集分析。最后将转移癌灶部位分3个亚组进行分析,分析不同转移部位的共性和个性差异突变基因和显着富集GO功能、KEGG通路。结果共发现211个具有显着差异的体细胞突变基因,包括ESR1,UBE3A,KIT等,对其进行GO和KEGG富集分析显示,这些显着性差异体细胞突变基因可能与如对类固醇激素的反应、细胞生长调节、MAPK信号通路、乳腺癌信号通路、cAMP信号通路等功能及通路相关。乳腺癌不同部位转移癌灶之间个性的差异突变基因和显着富集GO功能、KEGG通路较多,共性的较少。结论乳腺癌转移癌灶相比于原发灶具有独特的差异突变基因群、显着富集GO功能和KEGG通路,不同部位转移灶之间差异突变基因群、显着富集GO功能和KEGG通路差异较大。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
体细胞突变论文参考文献
[1].张妮妮,郭宏伟,林燕,张薇,张伟.先天性失氯性腹泻相关SLC26A3c.392C>G(p.P131R)突变体细胞模型的建立及其作用机制的初步研究[J].中国当代儿科杂志.2019
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[10].胡月.癌症体细胞突变致病性多维评估系统的开发与应用[D].东南大学.2018