Gliomastix和Phialophora多样性及分类研究

论文摘要

粘鞭霉属（Gliomastix）,属子囊菌门（Ascomycota）,粪壳菌纲（Sordariomycetes）;瓶霉属（Phialophora）,属子囊菌门（Ascomycota）,散囊菌纲（Eurotiomycetes）。两属真菌常见而广布,多营腐生或弱寄生生活,二者普遍生存于土壤。Gliomastix属真菌在医药、农业及工业上具有开发应用前景,Phialophora属真菌是多种植物和人的致病菌,对两属、种的准确鉴定是研究、利用两属真菌的基础。本研究自2016年至2018年,自贵阳、遵义、凯里、毕节、福州等地采集土壤标本500余份,通过平板稀释法分离得到300余个菌株,经鉴定,其中11株为粘鞭霉属,7株为瓶霉属phialophora-like,在上述城市均分离到粘鞭霉属,证明该属广泛存在于土壤中。另外,山东农业大学赠送了21株粘鞭霉属菌株,22株瓶霉属菌株,采集地为贵州、湖北、海南、广西、四川和青海等省。对粘鞭霉属菌株,在形态学研究的基础上,利用ITS、LSU、SSU、tub2和rpb2五个基因片段,分别通过最大似然法（Maximum Likelihood）、最大简约法（Maximum Parsimony）和邻接法（Neighbor-joining tree）构建单基因和多基因进化树进行系统学分析,并通过分析各个基因标签对该属真菌种的区分度和可信度（自举支持率）,对5个基因标签做出评价,结果:ITS、LSU、tub2和rpb2对种的区分度较高,分支处的自举支持率由小到大为:tub2<ITS<LSU<rpb2,SSU对种的区分度不高,部分近似种不能被区分开,因此,推荐使用ITS、LSU、tub2和rpb2鉴定粘鞭霉属。本文鉴定出4个粘鞭霉属的种:Gliomastix felina、G.rosegrise、G.murorum和G.polychroma。对于phialophora-like菌株,根据构建的ITS,LSU和tub2基因加合树及ITS序列单基因进化树,并参考文献,把phialophora-like的种划分到另外15个属,并组建了3个新组合种:Gaeumannomyces zeicola com.nov.（Deacon,D.B.Scott&W.Gams）K.Y.Wang&Y.L.Jiang,G.graminicola com.nov.（Deacon,D.B.Scott&W.Gams）K.Y.Wang&Y.L.Jiang Ramophialophora geniculate com.nov.（Emden J.H.Van.）K.Y.Wang&Y.L.Jiang,另外,发现2个中国新纪录种Capronia leucadendri、Fonsecaea multimorphosa。为比较粘鞭霉属4个种和瓶霉属6个种的物种间结构差异,对这些种的ITS2的核苷酸序列进行了比对分析并预测其二级结构模型,结果表明:核苷酸比对构建的系统树与ITS2二级结构特征的比较结果基本一致,这段高度保守的序列对系统树的构建以及亲缘关系起判定作用,说明ITS2二级结构对两属的鉴定和亲缘关系研究有效。本试验所有标本和菌株保存于贵州大学农学院植物病理学实验室标本室（HGUP）。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 第一章 综述
•   1 研究背景
•     1.1 粘鞭霉属（Gliomastix）概述
•     1.2 瓶霉属（Phialophora）概述
•   2 两属种的分类现状
•     2.1 粘鞭霉属（Gliomastix）
•     2.2 瓶霉属（Phialophora）
•   3 传统分类学和分子系统学
•   4 本课题的研究内容及意义
•     4.1 研究内容
•     4.2 研究意义
• 第二章 研究内容
•   1 实验材料
•     1.1 土壤标本的采集与菌株来源
•     1.2 仪器与试剂
•   2 形态学研究方法
•     2.1 培养基的制作
•     2.2 两属真菌的分离及纯化
•     2.3 菌种保存
•     2.4 两属种的形态学鉴定
•   3 分子系统学研究方法
•     3.1 DNA提取
•     3.2 PCR引物和反应体系
•     3.3 PCR产物检测及测序
•     3.4 DNA序列处理
•       3.4.1 序列检查方法
•       3.4.2 测双向序列拼接方法
•       3.4.3 序列对比方法
•       3.4.4 序列饱和度检测
•     3.5 系统发育树的构建
•       3.5.1 最大简约法Maximum Parsimony （MP）
•       3.5.2 最大似然法Maximum Likelihood （ML）
•       3.5.3 邻接树（Neighbour-Joining tree）
•     3.6 ITS2二级结构分析方法
• 第三章 实验结果与分析
•   Ⅰ Gliomastix-like
•     1 分子系统学分析
•       1.1 多基因结合分析
•       1.2 邻接树（NJ）分析
•     2 Gliomastix种的分类分析
•       2.1 Gliomastix atrogriseum
•       2.2 Gliomastix fusigera
•       2.3 Gliomastix felina
•       2.4 Gliomastix murorum
•       2.5 Gliomastix polychroma
•       2.6 Gliomastix roseogrisea
•       2.7 Gliomastix tumulicola
•     3 ITS2的二级结构与系统树对比分析
•       3.1 A臂、B臂与系统树对比分析
•       3.2 C臂、D臂与系统树对比分析
•   Ⅱ Phialophora-like
•     1 分子系统学分析
•       1.1 多基因结合分析
•       1.2 ITS基因片段分析
•     2 Phialophora-like种的分类分析
•       2.1 Phialophora finlandica
•       2.2 Phialophora malorum
•       2.3 Phialophora gregata
•       2.4 Cadophora fastigiata
•       2.5 Phialophora luteo-olivacea
•       2.6 Phialophora lagerbergii
•       2.7 Phialophora botulispora
•       2.8 Phialophora phaeophora
•       2.9 Phialophora rhodogena
•       2.10 Phialophora hyalina
•       2.11 Phialophora radicicola
•       2.12 Phialophora zeicola
•       2.13 Phialophora graminicola
•       2.14 Phialophora aurantiaca
•       2.15 Phialophora lignicola
•       2.16 Phialophora decumbens
•       2.17 Phialophora mutabilis
•       2.18 Phialophora lasiosphaeriae
•       2.19 Phialophora parasitica
•       2.20 Phialophora repens
•       2.21 Phialophora cyanescens
•       2.22 Phialophora geniculata
•       2.23 Ramophialophora petraea
•       2.24 Phialophora verrucosa
•       2.25 Phialophora americana
•       2.26 Fonsecaea multimorphosa
•       2.27 Exophiala pisciphila
•       2.28 Phialophora europaea
•       2.29 Phialophora ambigua
•       2.30 Phialophora oxyspora
•       2.31 Phialophora reptans
•       2.32 Phialophora olivacea
•       2.33 Phialophora sessilis
•       2.34 Phialophora livistonae
•       2.35 Capronia leucadendri
•       2.36 Phialophora chrysanthemi
•       2.37 Phialophora clavispora
•     3 ITS2二级结构与系统树对比分析
•       3.1 A臂、B臂与系统树对比分析
•       3.2 C臂、D臂与系统树对比分析
• 第四章 总结与讨论
•   1 总结
•     1.1 Gliomastix-like & phialophora-like的多样性
•       1.1.1 来源多样性
•       1.1.2 种类多样性
•     1.2 所用到的形态分类特征
•     1.3 鉴定两属的基因片段评价
•     1.4 ITS2的二级结构
•   2 讨论
•     2.1 本研究分离两属菌株存在的问题
•     2.2 系统学对鉴定两属、种的优点
•     2.3 ITS2的二级结构对两属、种分类鉴定的应用
• 参考文献
• 致谢
• 附表
• 在校期间发表论文情况

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 王坤英

导师: 姜于兰

关键词: 多样性,分类学,分子系统学,形态学,粘鞭霉属,瓶霉属,新组合种,新纪录种,二级结构

来源: 贵州大学

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学,生物学

单位: 贵州大学

分类号: Q949.32

总页数: 92

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