论文摘要
目的乳腺导管原位癌（breast ductal carcinoma in situ,DCIS）是浸润性导管癌(invasive ductal carcinoma,IDC的前驱病变,DCIS进展为IDC的机制尚不明确,本研究通过研究DCIS和IDC的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,从分子层面初步探讨介导二者发展的相关因素。方法在美国国立生物技术信息中心（national center for biotechnology information,NCBI）的基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）中获取DCIS与IDC的相关基因芯片数据,采用R语言根据设定的条件（∣log2FC∣>1,P<0.05）筛选出二者的DEGs,用DAVID、String等在线数据库对上述所得基因数据进行功能富集分析、信号通路分析及预测蛋白质相互作用关系。结果筛选出261个差异表达基因,其中上调差异基因16个,下调差异基因245个。GO富集分析显示,下调DEGs主要涉及内肽酶活性的负向调节（P=0.042）、蛋白质细胞外基质（P=0.003）、细胞外基质（P=0.006）、顶端质膜（P=0.006）、受体复合物（P=0.008）、黏附斑（P=0.007）和细胞表面（P=0.008）等细胞成分,肝素结合（P=0.013）、丝氨酸型内肽酶抑制剂活性（P=0.014）和受体结合（P=0.016）等分子功能;上调DEGs主要涉及胶原分解过程（P=0.002）和蛋白质细胞外基质（P=0.050）;KEGG分析显示,下调DEGs主要参与酪氨酸代谢（P=0.010）和补体系统（P=0.036）等信号通路;通过String分析得到的蛋白互作网络（protein-protein interaction,PPI）发现这些基因编码蛋白间的相互作用主要集中在SEPP1、SERPINA1、SERPINA3、CLU、PROS1、MAGED2、VWF、CXCL12、CXCL11、CXCL1、CXCL2、GNG11、SAA1、ANXA1及CCL19等15个蛋白。结论采用生物信息学方法对IDC与DCIS进行DEGs的分析,可有效发掘二者之间的相关信息,为乳腺癌的下一步研究提供新的思路。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 梁斌,冷红,吴斌
关键词: 乳腺导管原位癌,浸润性导管癌,生物信息学,差异表达基因
来源: 中华肿瘤防治杂志 2019年24期
年度: 2019
分类: 医药卫生科技
专业: 肿瘤学
单位: 西南医科大学附属医院乳腺外科
分类号: R737.9
DOI: 10.16073/j.cnki.cjcpt.2019.24.09
页码: 1866-1871
总页数: 6
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