基于高通量测序的土壤中ermF基因宿主细菌多样性分析

论文摘要

为探究土壤环境中抗生素抗性基因宿主微生物的多样性,本研究以天津地区的农田土壤为研究对象,利用高通量测序技术对土样中大环内酯类抗性基因ermF的宿主细菌在不同分类水平的多样性进行了评估。土样中宿主细菌种类覆盖9个门,39个科,42个属。4个土样之间所共有的OTUs只占总OTUs数目的 0.5%,说明样品间宿主细菌群落的差异性显著,可能主要与采样地点不同有关。在所有土样中,ermF基因的优势宿主细菌在门的水平上均为拟杆菌门(Bacteroidetes,相对丰度50.3%～87.7%);同时检测到少量的变形菌门(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),占比均小于4.2%。土样中ermF优势宿主细菌在科水平上都为拟杆菌科(Bacteroidaceae,相对丰度50.3%～87.5%),在属水平上都为拟杆菌属(Bacteroides,相对丰度50.3%～87.5%),其中相对丰度大于0.1%的ermF的宿主菌属有14种。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 土样采集
•   1.2 高通量测序
•   1.3 生物信息学和统计分析
• 2 结果与分析
•   2.1 宿主细菌群落多样性分析
•   2.2 OTUs分布维恩图
•   2.3 在门水平上的群落丰度分析
•   2.4 在科水平上的群落丰度分析
•   2.5 在属水平上的群落丰度分析
• 3 结论与讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 田佳,吴楠,解诗雨,黄志伟,原尚奇

关键词: 抗生素抗性基因,土壤,高通量,多样性

来源: 天津农业科学 2019年11期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农业基础科学,农艺学

单位: 天津农学院工程技术学院

基金: 国家自然科学基金项目(21607114),大学生创新创业训练计划项目(201910061090)

分类号: S154.3

页码: 53-56

总页数: 4

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