柯萨奇病毒A组10型构象表位的生物信息学预测

论文摘要

近年来,柯萨奇病毒A组10型（Coxsackievirus A10,CV-A10）逐渐成为手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）最重要的病原体之一。相比肠道病毒A组71型（Enterovirus 71,EV-A71）,CV-A10尚未有上市的疫苗,其构象表位也缺乏系统性研究。本研究利用实验室发展的人肠道病毒构象表位的生物信息学预测算法,对CV-A10的构象表位进行系统性预测。结果显示:45个氨基酸残基聚集成三簇构象表位:site 1、site 2和site 3。site 1位于病毒衣壳表面峡谷的北侧,site 2和site 3位于峡谷南侧,三者呈现"品"字形分布。site 2和site 3与已报道的两个表位2G8和VP2-P28高度重叠,说明预测结果具有较高准确性。鼻病毒B种14型（Rhinovirus B14,RV-B14）、脊髓灰质炎病毒1型（Poliovirus type 1,PV1）和CV-A10同属于人肠道病毒。已有研究表明,RVB14和PV1的抗原表位也呈三簇分布,且每一簇都与CV-A10的预测结果高度重叠。这既说明了预测结果的准确性,同时也提示三簇构象表位的分布模式可能是人肠道病毒构象表位的基本分布规律。CV-A10构象表位的预测结果,为构象表位的实验鉴定、病毒的分子流行病学研究和疫苗研发提供了重要支持。

论文目录

• 材料与方法
•   1 CV-A10结构蛋白的一级结构、二级结构和三级结构的特征分析
•   2 CV-A10构象表位的生物信息学预测算法
•     2.1选择代表株和PDB文件
•     2.2构建CV-A10结构蛋白的复合链
•     2.3计算病毒衣壳相对暴露面
•     2.4以复合链为基础，利用投票法预测CV-A10构象表位
•   3预测准确性分析
• 结果
•   1 CV-A10结构蛋白的一级结构、二级结构和三级结构的基本特征
•   2 CV-A10构象表位的预测结果
•   3构象表位的预测准确性
• 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 戎浩,王丽萍,高柳莺,董长征

关键词: 柯萨奇病毒组型,构象表位,生物信息学预测,手足口病

来源: 病毒学报 2019年05期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,基础医学

单位: 宁波大学医学院预防医学系,浙江省病理生理学技术研究重点实验室

基金: 浙江省基础公益研究计划(项目号:LGF18C060001),题目:人肠道病毒构象表位研究及在手足口病疫情监测预警中的应用,宁波市自然科学基金(项目号:2018A610240),题目:人肠道病毒构象表位的生物信息学研究,宁波大学研究生科研创新基金(项目号:G19131),题目:人肠道病毒A组构象表位的生物信息学研究,宁波大学“大学生科研创新计划”(项目号:2019SRIP1921),题目:柯萨奇病毒A组10型的生物信息学研究~~

分类号: R373;Q811.4

DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003588

页码: 762-769

总页数: 8

文件大小: 1666K

下载量: 123