火龙果转录组测序、基因表达与功能分析

论文摘要

利用高通量测序技术对火龙果（Hylocereus undulatus Britt）红肉品种‘大红二号’的花芽、果实和枝条不同发育阶段的基因表达进行研究。结果显示,转录组测序共获得468.68 Gb原始数据（Raw data）,从头组装获得239 152条转录本和162 519条unigene,约53.74%的unigene得到注释。分别在43 506条和16 251条unigene中检测到600 283个SNP位点和56 147个SSR位点。基因表达分析结果表明,在火龙果不同组织Fl510、Fl513、Fl514、Fl518、F711、F715、S513、S419中分别有31、7、5、152、17、63、17、8个特异表达的unigene。通过GO和KEGG富集分析,发现了一些组织特异的GO条目和代谢通路,如在Fl510中富集的类萜骨架生物合成代谢通路等。本研究还对参与花发育的候选基因进行了鉴定和表达分析,他们包括COL基因、FT-like基因、分生组织决定基因和器官决定基因等。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 转录组测序、序列组装与拼接
•     1.2.2 转录组功能注释
•     1.2.3 表达量和差异表达分析
•     1.2.4 GO和KEGG富集分析
•     1.2.5 基因结构分析
• 2 结果与分析
•   2.1 测序和从头组装
•   2.2 转录组功能注释
•   2.3 基因结构分析
•   2.4 转录组表达分析
•   2.5 火龙果花发育相关unigene的鉴定及表达分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 魏开发,李艺宣

关键词: 火龙果,转录组测序,生长,花发育,基因表达

来源: 植物科学学报 2019年02期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,园艺

单位: 闽南师范大学生物科学与技术学院

基金: 福建省产业技术开发与应用计划对外合作项目(2015I0006)~~

分类号: S667.9;Q943.2

页码: 198-210

总页数: 13

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