生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究

生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌群落结构及其功能研究

论文摘要

荒漠化是人类面临的重大环境问题,严重影响着人类的生活和生产。生物土壤结皮(Biological soil crusts,BSCs)广泛存在于荒漠地区,在荒漠化生态系统遏制荒漠化、植被恢复的初始过程中作用关键。因蓝藻具有固碳、固氮、产胞外多糖等促进BSCs形成和发育的功能,一直以来被认为是BSCs形成的先锋物种。而好氧不产氧光营养细菌(Aerobic anoxygenicphototrophic bacteria,AAnPB)具有与蓝藻类似或相同的功能特征,可能对BSCs的形成和发育有重要贡献。但是,目前还鲜有BSCs中有关AAnPB的研究报道。本论文以内蒙古东、西部主要荒漠为研究对象,利用传统分离培养和高通量测序等技术手段、结合生物信息学分析和微宇宙模拟实验,首先对荒漠地区BSCs中的细菌和AAnPB的丰度、群落结构和组成及影响其群落结构的影响因子进行了研究,之后预测并验证了 AAnPB对BSCs形成和发育的影响;最后对AAnPB菌株B3的进行了多组学分析。主要结果如下:1.BSCs中细菌和AAnPB的丰度、群落结构和多样性及环境影响因子BSCs层细菌16S rDNA拷贝数每克上壤中含108个以上,AAnPB可占到总细菌数量的0.2-0.3%;而分离培养获得的AAnPB可占培养细菌总数的最高比例高达近 12%。分离培养和高通量测序结果均表明,BSCs中细菌属于Proteobacteria等6个门类,优势纲为 Alphaproteobacteria 和 Actinobacteria,优势科 Methylobacteriaceae 和Sphingomonadaceae的相对丰度基本稳定在3 1.5%左右,Sphingomnnas为可培养细菌中的优势属;AAnPB的优势门为Proteobacteria,优势纲为Alpha-和Beta-proteobacteria,优势科Rhodospirillaceae、Acetobacteraceae、Roseiflexaceae,Sphingomonadanceae 和 Methylobacteriaceae,其中 Methvlobacterium(24.14%》,Blastomo%),s(10.34%)和Sphingomona(10.34%)是可培养 AAnPB 中的优势属。BSCs中细菌与AAnPB群落结构和多样性因时(季节,5月和9月)空(结皮层和下层七壤;不同地理位置)和结皮类型不同而有所差异,尤其是群落结构在东、西部区域差异较大,主要体现在群落的相对丰度上。2.AAnPB对BSCs形成和发育的影响与作用预测所得荒漠地区 BSCs中 AAnPB核心微生物组包括5 个科Methylobacteriaceae、Acetobacteraceae、Burkholderiaceae、Rhodospirillaceae 和Sphingomonadaceae;反接验证实验结果表明,这些微生物在人工环境中对BSCs的形成和发育具有不同程度的促进作用。基于AAnPB可以、而蓝藻等藻类不可以利用近红外光的特点设计的微宇宙模拟实验研究结果表明,添加近红光实验组形成的BSCs较对照组在形成BSCs的厚度、BSCs中有机质含量和微藻的数量分别提高了 24.0%、103.7%和1447.6%。而AAnPB 核心微生物组(Methylobacteriaceae 中的 methylotrophs 类和Sphingomonadaceae中的Sphingomonas)与其它微生物类群数量的增长、有机物等营养物质的积累显著相关(P<0.05)。3.菌株B3全基因组和RubisCo酶活分析AAnPB菌株B3的光合基因簇与其它已知自养或异养光营养细菌具有明显差异,具有完整的卡尔文固碳途径;在寡营养培养条件下,RubisCo酶活力最高可达到18.8μmol/min·g菌体,说明AAnPB可直接参与到荒漠生态系统的“碳汇”过程中。综上,BSCs中的细菌与AAnPB的丰度高,种类丰富,不同类型BSCs间群落结构差异大,原因与地理因素、气候因素和土壤理化性质有关,其中降水量和pH影响最大。核心 AAnPB 物种隶属于 Methylobacteriaceae、Sphingomonadaceae、Burkholderiaceae、Acetobacteraceae 和 Rhodospirillaceae,这些 AAnPB 类群可通过提高BSCs中有机质、速效磷和速效氮的水平,增加藻类和真菌的丰度和多样性,提高BSCs覆盖度和厚度而加速其形成和发育。核心AAnPB菌株B3具有完整光合固碳系统,且具有RubisCo酶的活性。本研究为认识BSCs中AAnPB多样性和功能提供了依据,具有重要的理论意义和实践价值。

论文目录

  • 摘要
  • Abstract
  • 缩略语表
  • 第一章 绪论
  •   1 生物土壤结皮
  •     1.1 生物土壤结皮的含义及演替
  •     1.2 生物土壤结皮的生态功能
  •   2 好氧不产氧光营养细菌
  •     2.1 好氧不产氧光营养细菌的发现、分布及影响因素
  •     2.2 好氧不产氧光营养细菌的细胞形态多样性
  •     2.3 好氧不产氧光营养细菌的物种多样性
  •     2.4 好氧不产氧光营养细菌的生态功能
  •   3 研究的目的及意义
  •   4 技术路线
  • 第二章 生物上壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的分离培养与鉴定
  •   1 引言
  •   2 材料和方法
  •     2.1 材料
  •       2.1.1 样品采集
  •       2.1.2 试验试剂
  •       2.1.3 仪器设备
  •       2.1.4 培养基
  •     2.2 实验方法
  •       2.2.1 样品采集方法
  •       2.2.2 菌株分离、纯化、鉴定及保藏方法
  •       2.3.3 菌株鉴定及功能基因检测
  •       2.2.4 系统发育分析
  •   3 结果与分析
  •     3.1 可培养细菌群落结构
  •     3.2 可培养好氧不产氧光营养细菌群落结构
  •   4 讨论
  •     4.1 生物土壤结皮中的可培养细菌群落结构
  •     4.2 生物上壤结皮中的可培养好氧不产氧光营养细菌群落结构
  •   5 小结
  • 第三章 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌群落结构和多样性
  •   1 引言
  •   2 材料和方法
  •     2.1 材料
  •       2.1.1 样品来源
  •       2.1.2 试验试剂及采用的试剂盒
  •       2.1.3 仪器设备
  •     2.2 实验方法
  •       2.2.1 生物土壤结皮样品理化指标检测方法
  •       2.2.2 生物土壤结皮采集地点气象数据
  •       2.2.3 高通量测序及生物信息学分析
  •     2.2.3.1 测序实验流程
  •     2.2.3.2 生物信息分析流程
  •       2.2.4 q-PCR测定生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的丰度
  •       2.2.5 核心好氧不产氧光营养细菌促进生物土壤结皮形成和发育的接种验证试验
  •   3 结果与分析
  •     3.1 土壤理化性质
  •     3.2 细菌及好氧不产氧光营养细菌的丰度
  •     3.3 群落结构和多样性
  •       3.3.1 测序数据深度及测序量
  •       3.3.2 群落多样性
  •       3.3.3 群落结构差异分析
  •       3.3.4 群落结构
  •     3.3.4.1 细菌群落结构
  •     3.3.4.2 好氧不产氧光营养细菌群落结构
  •       3.3.5 影响细菌和好氧不产氧光营养细菌群落的环境因子分析
  •     3.4 基于16S rRNA基因的功能预测
  •       3.4.1 COG功能分类统计
  •       3.4.2 KEGG代谢通路分析
  •     3.5 核心微生物组预测及分析
  •       3.5.1 核心微生物组CoNet预测
  •       3.5.2 核心微生物组群落与土壤理化因子的关系
  •     3.6 核心好氧不产氧光营养细菌接种验证
  •       3.6.1 核心好氧不产氧光营养细菌菌株选择
  •       3.6.2 核心好氧不产氧光营养细菌菌株接种验证
  •   4 讨论
  •     4.1 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌的数量多、种类丰富
  •     4.2 生物土壤结皮中细菌和好氧不产氧光营养细菌群落结构受降水量和pH影响
  •     4.3 核心好氧不产氧光营养细菌显著促进生物土壤结皮的的形成和发育
  •   5 小结
  • 第四章 基于微宇宙模拟实验分析好氧不产氧光营养细菌对生物土壤结皮形成和发育的影响
  •   1 引言
  •   2 材料和方法
  •   3 结果与分析
  •     3.1 表层土壤表观和理化性质变化
  •     3.2 三种波段光照对Microcoleus vaginatus生长的影响
  •     3.3 主要微生物类群的丰度变化
  •     3.4 表层土壤中好氧不产氧光营养细菌的多样性及群落结构变化
  •     3.5 CoNet网络分析
  •   4 讨论
  •     4.1 近红外光波段促进生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌的生长
  •     4.2 生物土壤结皮中好氧不产氧光营养细菌的生态意义
  •   5 小结
  • 2固定代谢相关分析'>第五章 好氧不产氧光营养细菌菌株B3分类鉴定和CO2固定代谢相关分析
  •   1 引言
  •   2 材料方法
  •     2.1 菌株B3
  •     2.2 试验试剂、试剂条(盒)及设备
  •     2.3 试验方法
  •       2.3.1 B3的分类鉴定
  •       2.3.2 细菌基因组绘制和分析
  •       2.3.3 细菌叶绿素a检测
  •       2.3.4 转录组测定及分析
  •       2.3.5 RubisCo酶活检测
  •   3 结果与分析
  •     3.1 分类鉴定
  •       3.1.1 形态观察
  •       3.1.2 基于16S rRNA基因的系统发育进化分析
  •       3.1.3 最适生长条件
  •       3.1.4 生长曲线
  •       3.1.5 酶活力分析
  •       3.1.6 碳源利用能力检测
  •       3.1.7 药敏实验
  •       3.1.8 脂肪酸组成
  •       3.1.9 细菌叶绿素分析
  •     3.2 光照和营养水平对B3生长的影响
  •     3.3 基因组测序和分析
  •       3.3.1 测序和组装
  •       3.3.2 基因组图谱
  •       3.3.3 基因预测及功能注释
  •       3.3.4 基因组COG和KEGG分析
  •       3.3.5 碳水化合物活性酶注释
  •     3.4 B3转录组分析
  •       3.4.1 RNA提取及质量检测
  •       3.4.2 RNA测序、质控及相关基因表达分析
  •     3.5 RubisCo酶活力检测
  •   4 讨论
  •   5 小结
  • 第六章 讨论与结论
  •   6.1 讨论
  •   6.2 结论
  •   6.3 不足与展望
  • 致谢
  • 参考文献
  • 附录
  • 作者简介
  • 文章来源

    类型: 博士论文

    作者: 唐凯

    导师: 冯福应,刘惠荣

    关键词: 好氧不产氧光营养细菌,生物土壤结皮,微生物群落结构,核心微生物组,碳汇

    来源: 内蒙古农业大学

    年度: 2019

    分类: 基础科学

    专业: 生物学

    单位: 内蒙古农业大学

    基金: 国家自然科学基金(31560030),中央引导地方科技发展专项基金(2017),内蒙古自治区科技创新引导项目(2017),内蒙古自治区高等学校“青年科技英才支持计划”(NJYT-14-A05)

    分类号: Q938.1

    总页数: 172

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