核基因论文_邢睿,徐明行,王久利,陈世龙

导读:本文包含了核基因论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,多样性,多态性,系统,青藏高原,线粒体,谱系。

核基因论文文献综述

邢睿,徐明行,王久利,陈世龙^[1]（2019）在《基于核基因的黄绿卷毛菇系统发育与谱系地理学分析》一文中研究指出黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)隶属于伞菌目(Agaricales)口蘑科(Tricholomataceae)是一种主要分布在青藏高原的产子实体的外生菌根真菌。本研究以青藏高原黄绿卷毛菇(F. luteovirens)的23个野生居群,404个个体为研究对象,利用rDNA叁个片段(ITS+5.8 s, IGS-1以及LSU)研究了青藏高原黄绿卷毛菇种内的系统发育关系。研究表明:联合序列共获得15种基因型,基因型多样性(h)的范围从0.374 3 (MD)到1.000 0 (DR),平均值为0.723 3。歧点分布分析走势呈现单峰曲线,表明黄绿卷毛菇居群近期经历过扩张过程。对黄绿卷毛菇基因型变异的分布模式进行验证,得到NST>GST(p<0.05),表明黄绿卷毛菇基因型之间具有显着地分子系统地理结构。分子变异分析(AMOVA)表明,黄绿卷毛菇的遗传变异主要存在于居群内部(79.17%)。基于MP树和ML树的研究发现基因型H3、H4、H5、H15首先和其他基因型分开,而在贝叶斯分析中则不存在这一分支。没有一个居群拥有特有的基因型,但是就基因型多样性地域分布格局来看,各个基因型的多样性由北向南呈明显的减少趋势。结合软件NETWORK的分析可以知道,几种主要分布在阿尼玛卿山以南的基因型都位于网路结构的边缘,说明这几种基因型是较晚形成的。本研究是对之前利用蛋白质编码基因研究的很好地补充。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2019年07期）

刘舒宇,刘霞,李金花,王兆山^[2]（2019）在《杨柳科单拷贝核基因引物的开发与利用（英文）》一文中研究指出【目的】由于现有的遗传标记比较单一且变异太少,杨柳科(Salicaceae)属间系统发育关系还存在较大的争议,需要开发在种间变异大且信息量多的标记来准确揭示杨柳科属间系统位置。相比胞质基因组,单拷贝核基因具有双亲遗传、携带大量信息位点和直系同源的特点,可以满足不同系统发育问题及不同分类阶元研究的需要。【方法】根据先前研究中发表的15个杨柳科(杨属、柳属)单拷贝核基因标记以及核糖体DNA的转录间隔区序列(ITS),选取杨柳科4个属的代表物种:箣柊(Scolopia chinensis)、大果刺篱木(Flacourtia ramontchi)、爪哇脚骨脆(Casearia velutina)、天料木(Homalium cochinchinense)进行PCR扩增测序,以测序结果为参考序列,设计合适的引物。利用杨柳科6个不同属的代表物种:山桂花(Bennettiodendron leprosipes)、柞木(Xylosma congesta)、锡兰莓(Dovyalis hebecarpa)、栀子皮(Itoa orientalis)、山桐子(Idesia polycarpa)、山拐枣(Poliothyrsis sinensis)来验证引物的通用性。利用箣柊一个自然居群中的20个个体对新引物进行多态性计算以及中性检验。将单拷贝核基因序列和ITS序列组合成联合片段,分别用最大简约法和贝叶斯法构建系统发育树。【结果】在10个属中成功筛选设计出6对合适的引物,分别为5对单拷贝核基因标记以及ITS遗传标记,各引物扩增出的序列长度为297～716 bp。多态性检测结果表明:单倍型数目(H)为3～9个,平均核苷酸差异数(κ)为0.644～2.278,核苷酸多样性(π)和Watterson核苷酸多样性参数(θ_w)分别为0.001 04～0.004 51和0.001 19～0.004 75,所有位点在箣柊中核苷酸多样性较高。中性检验结果表明所有位点均符合中性进化假设。利用位点联合方法构建的最大简约树和贝叶斯树的拓扑结构基本一致,各分支均有较高的支持率。【结论】筛选出的6对通用性高的引物,丰富了杨柳科的分子标记,可为杨柳科属间系统发育学以及杨柳科植物遗传多样性的研究提供参考。(本文来源于《南京林业大学学报(自然科学版)》期刊2019年05期）

涂飞云,欧阳晓芳,王通,韩卫杰,黄晓凤^[3]（2019）在《基于核基因和线粒体基因的哺乳动物物种鉴定》一文中研究指出2018年7月,江西野生动植物司法鉴定中心收到森林公安局查获的哺乳动物检材1份。根据被查方的供述,该检材为自行购买的驴肉。为了查明检材物种种类,森林公安委托我中心对检材进行物种鉴定。利用哺乳动物线粒体Cytb通用引物对检材样品的Cytb基因进行了扩增、测序,将Cytb测序结果与NCBI数据库中的在线Blast检索比对后,初步确认检材为马(Equus caballus)。由于线粒体基因为母系遗传,因此不排除该检材为马骡的可能。为了进一步确定检材是否为马或马骡,本研究同时测定了检材样品的肌酸激酶肌肉(creatine kinase muscle,CKM)核基因序列,同时下载了马和家驴(Equus asinus)的CKM基因序列,构建NJ系统发生树,结果显示本次测定的核基因序列与马的CKM基因聚为一支,而不是与家驴序列聚为一支。综合核基因和线粒体系统树的结果,确认送检检材为马。本案例表明综合线粒体Cytb、CKM基因序列结果可实现对马、驴、马骡或驴骡动物样品的物种鉴定。(本文来源于《南方林业科学》期刊2019年02期）

杨晨阳,于超,马玉杰,罗乐,潘会堂^[4]（2018）在《基于SSR标记和单拷贝核基因的蔷薇属植物系统发生分析》一文中研究指出【目的】通过深入分析中国产野生蔷薇属植物的遗传背景,为其品种演化、系统分类提供分子学依据,也为种间杂交亲本的选择提供一定的指导,从而为进一步开发我国丰富的野生蔷薇属植物资源提供理论基础。【方法】本研究以50份蔷薇属植物样本、42个种或品种为研究对象,运用SSR标记及单拷贝核基因GAPDH对其遗传多样性进行分析。利用MAC-PR理论预测不同倍性蔷薇属植物的SSR基因型。【结果】在29个SSR位点上共计检测出382个等位基因变异,多态性信息含量介于0. 413 9至0. 934 0之间,平均值为0. 798 9。计算Bruvo遗传距离并构建了邻接树,解决了SSR标记在不同倍性样本之间应用困难的问题。同时基于GAPDH基因序列片段构建了50个样本的贝叶斯树。基于SSR标记构建的系统发生树显示,50个样本聚成了6个分类群,月季组、桂味组样本聚类效果较好,而其他种类与现有分类系统差异较大。通过测序及克隆成功获得了所有样本的GAPDH基因序列片段,其中,比对后的序列长度为841 bp,变异位点数164个;基于GAPDH基因的聚类结果与现有的分类系统也有较大的差异。【结论】蔷薇属植物基于遗传关系的分类体系与现有的植物学分类系统有较大的差别。月季组、合柱组间遗传关系十分紧密;芹叶组、桂味组没有形成单系类群,这两组间可能存在着基因交流事件;小叶组中两个种没有很近的亲缘关系。(本文来源于《北京林业大学学报》期刊2018年12期）

张启鹏,郑荣泉,张丹丹,张加勇,颉志刚^[5]（2018）在《线粒体和核基因揭示棘胸蛙属种间存在渐渗杂交》一文中研究指出杂交及渐渗杂交对物种形成具有重要影响,但对其影响的评价存在争议。棘胸蛙属(Quasipaa)隶属叉舌蛙科(Dicroglossidae)是亚洲特有两栖类。前期基于线粒体基因与核基因分子标记对棘胸蛙属同域分布物种种间渐渗杂交研究发现,棘胸蛙属同域分布物种存在渐渗杂交现象,但同域分布区最多且形态极其相似的两个广布种(棘胸蛙Quasipaaspinosa与棘腹蛙Q.boulengeri)没有检测到渐渗杂交。为了检测棘胸蛙属物种的渐渗杂交以及种间的遗传学特征,本文采集同域分布区的棘胸蛙、棘腹蛙及棘侧蛙(Q.shini),利用线粒体COI基因与微卫星分子标记,探讨棘胸蛙、棘腹蛙及棘侧蛙种间渐渗杂交及遗传多样性水平。主要结论如下:不同地理种群的棘胸蛙与棘腹蛙发生了线粒体基因单向渐渗,棘胸蛙与棘侧蛙存在线粒体与核基因的双向渐渗。棘胸蛙属物种具有较高的遗传多样性,其中棘胸蛙可分为东部、中部和西部叁个支系。部分区域的棘胸蛙、棘腹蛙种群经历了瓶颈效应。(本文来源于《浙江省动物学会第十叁次会员代表大会暨学术研讨会论文摘要集》期刊2018-11-10）

刘志娥,王春晖,刘玮琦,汪小凡^[6]（2018）在《基于核基因和叶绿体基因序列的杏属系统发育分析——探讨洪平杏的起源和亲缘关系》一文中研究指出洪平杏(Armeniaca hongpingensis C. L. Li)是杏属的一个狭域分布种,基于形态观察被推测为杏(A.vulgaris Lam.)和梅(A. mume Sieb.)的天然杂交种,但目前尚无该种与杏、梅亲缘关系的分子系统学研究。本文以洪平杏的成株和实生苗以及包括杏、梅在内的6种(含1变种)杏属植物为研究材料,分别采用核基因(ITS和SBEI)和叶绿体基因(mat K和ycf1b)序列构建系统发育树,并采用mat K、ycf1b和SBEI基因序列构建单倍型网络图,探讨该物种与杏、梅及杏梅(A. mume Sieb. var. bungo Makino)之间的亲缘关系。基于核基因和叶绿体基因序列分别构建的系统发育树均显示,洪平杏的成株及其全部实生苗个体单独聚为一支,且具有较高的支持率(分别为99/79、71/81),独立于杏属其他种之外。而基于核基因ITS序列的系统发育分析结果表明,洪平杏除极少数成株与杏、杏梅聚为一支外,其余所有成株与实生苗聚为2大支(支持率分别为0.82和0.97),而没有克隆的与梅聚在一起。单倍型分析结果表明,该物种的成株与实生苗在SBEI和ycf1b基因序列中均未检测到杏或梅的单倍型,仅有少数(2/9)的实生苗个体在叶绿体mat K基因序列中检测到杏的单倍型。研究结果不支持将洪平杏定为杏和梅的天然杂交种的观点,推测洪平杏应为一个独立的物种,与杏之间的亲缘关系更近并且存在可检测到的基因流。(本文来源于《植物科学学报》期刊2018年05期）

陶瑞松,许畅,王运良,孙晓燕,郝家胜^[7]（2018）在《基于线粒体和核基因多重证据的中国冰清绢蝶时空分化研究（英文）》一文中研究指出The glacial Apollo butterfly,Parnassius glacialis,is a charming Parnassius species including two subspecies locally distributed in montane areas of south-central China and Japan,respectively.However,little is known about its internal spatiotemporal differentiation in China.In this study,we investigated the genetic structure and demographic history of P.glacialis by analysing the partial sequences of four mitochondrial genes(ND1,ND5,COI and Cytb gene) and nuclear single-nucleotide polymorphisms(SNPs) via genotyping-bysequencing(GBS) from samples collected from 13 geographic populations,nearly covering all the known distributional ranges in China.Molecular dating analysis of mitochondrial gene sequence datasets demonstrated that P.glacialis probably began to diversify at about 0.82 million years ago in the Pleistocene with two main clades shaped by the geological event of Kunlun-Huanghe Tectonic Movement;later,the two clades was likely to disperse independently into different areas alongside the main montane routes of central and southern China;additionally,individual-level phylogenetic analysis of nuclear SNPs data was roughly congruent with the geneticstructure from mtDNA,though minor phylogenetic incongruences were detected between nuclear SNPs and mitochondrial data at three localities,which was probably caused by disparate inheritances resulted from the male-biased dispersal.The current geographical distribution of P.glacialis in China is likely to be shaped by complicated dispersal-vicariance processes,accompanied by the uplifting of Qinghai-Tibet Plateau,periodical climate oscillations,and the orogenic movements in the Quaternary.(本文来源于《中国古生物学会第十二次全国会员代表大会暨第29届学术年会论文摘要集》期刊2018-09-17）

张天缘,王白石,宋驰,张燕君,徐小玉^[8]（2018）在《基于核基因分子多态性的葡萄属物种鉴定》一文中研究指出葡萄属(Vitis)植物主要分布于东亚、北美洲以及欧洲至中亚地区。由于葡萄主要采用无性繁殖方式,地区间品种交流较多,同名异物及同物异名现象较为普遍,给葡萄属物种的分类、鉴定造成一定困难。本研究通过序列同源性比对的方法对葡萄属4种植物基因组的保守编码区进行比对,挖掘保守序列93条,经过验证,找到了一条可用于开发多态性分子标记的KOG3174同源序列,并根据该序列设计得到3对引物,可用于4种葡萄的分类、鉴定。(本文来源于《植物科学学报》期刊2018年04期）

宫杰^[9]（2018）在《基于线粒体和核基因序列分析单环刺螠（Urechis unicinctus）种群遗传多样性》一文中研究指出单环刺螠是一种身体不分节,两侧对称,并有体腔的软体海洋蠕虫,具有丰富的营养价值和药用价值。隶属螠虫动物门(Echiurioidea)、螠纲(Echiurida)、无管螠目(Xenopneusta)、刺螠科(Urechidae)、刺螠属(Urechis),是无管螠目在我国沿海分布的唯一种类。其分布区狭窄,主要分布于中国渤海湾、韩国和日本海域。由于海洋污染导致单环刺螠栖息地减少,再加上过度捕捞致使其种群数量的大范围缩减。然而,对于单环刺螠种群的遗传多样性和结构都没有采取过系统性研究。在本研究,我们收集了中国渤海湾(烟台、大连、莱州、秦皇岛、葫芦岛)、韩国庆尚道南海郡共6个地区105个单环刺螠样品,并结合GenBank中9个COI和1个28S-rRNA日本样品的基因序列,通过线粒体COI(457 bp),16S-rRNA(451bp)与核基因28S-rRNA(680 bp)基因片段,对单环刺螠种群遗传多样性和遗传结构进行分析。基于COI序列,单环刺螠遗传多样性仍居于较高程度(单倍型多样性:0.9595,核苷酸多样性:0.0101)。在3个基因标记中,由28S-rRNA序列所定义的遗传多样性最低(单倍型多样性:0.4084,核苷酸多样性:0.0007)。除了线粒体基因与核基因之间不同的突变率和遗传模式,地理位置之间的基因流动也会导致核基因序列多样性降低。通过COI序列,群体间分化指数F_(ST)(F_(ST)值为–0.00204~0.05210)和分子方差分析AMOVA结果都表明不同群体间分化不显着,99.12%的遗传变异来自于群体内。两种系统发育树(分别基于COI、16S-rRNA和28S-rRNA序列的Bayesian树和基于COI序列的ML树)与基于COI序列构建的单倍型网络图均未形成显着的地理集群,所有不同种群的单倍型混杂分布。我们的结果表明单环刺螠不同区域群体间的遗传分化微弱,各群体间有着广泛的基因交流,没有形成显着的种群遗传结构,因此在自然资源保护过程中,可以将不同地理种群的单环刺螠作为一个整体种群。这可能由于单环刺螠幼体在浮游期间的广泛分散,以及在我国渤海湾与韩国、日本海域之间没有明显的地理阻隔所造成的。中性检验Tajima's D为显着性负值(–1.9468),并且单倍型网络图呈现出星状分布,均显示单环刺螠经历了近期的群体扩张事件。我们的研究为单环刺螠种群遗传评估提供可靠的依据,这对于该物种的资源保护具有重要的参考价值。(本文来源于《鲁东大学》期刊2018-06-01）

丁永波^[10]（2018）在《苏州青核基因雄性不育系的创制及利用》一文中研究指出为了更好地利用苏州青这一优异种质资源,在原有核基因雄性不育转育基础上,采用回交、自交和测交的方法,继续按照雄性不育定向转育方案对其进行核不育基因转育,经不断地鉴定最终育成苏州青不育系‘GMS107’,并以该不育系为母本,配制杂交组合,检验定向转育效果及配合力,获得研究结果如下:1.在前人回交3代转育基础上,按照定向转育方案对待转育苏州青‘FS01’进行了第4代回交转育,并通过筛选和测交鉴定获得了苏州青的甲型“两用系”和临时保持系,并配制出苏州青核不育系‘GMS107’。2.对核不育系‘GMS107’群体进行育性鉴定及植物学性状调查,结果显示该群体不育株率和不育度均达到100%,育性稳定,植物学性状与待转育目标品系‘FS01’极为接近。3.以苏州青不育系‘GMS107’材料为母本,分别与12个优良自交系青梗菜为父本配制杂交组合,并进行田间品种比较试验。通过对这些配制完成的杂交组合各项农艺性状数据的统计分析,最终筛选出了1个最优异的苏州青杂交组合‘A7’。(本文来源于《沈阳农业大学》期刊2018-06-01）

核基因论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

【目的】由于现有的遗传标记比较单一且变异太少,杨柳科(Salicaceae)属间系统发育关系还存在较大的争议,需要开发在种间变异大且信息量多的标记来准确揭示杨柳科属间系统位置。相比胞质基因组,单拷贝核基因具有双亲遗传、携带大量信息位点和直系同源的特点,可以满足不同系统发育问题及不同分类阶元研究的需要。【方法】根据先前研究中发表的15个杨柳科(杨属、柳属)单拷贝核基因标记以及核糖体DNA的转录间隔区序列(ITS),选取杨柳科4个属的代表物种:箣柊(Scolopia chinensis)、大果刺篱木(Flacourtia ramontchi)、爪哇脚骨脆(Casearia velutina)、天料木(Homalium cochinchinense)进行PCR扩增测序,以测序结果为参考序列,设计合适的引物。利用杨柳科6个不同属的代表物种:山桂花(Bennettiodendron leprosipes)、柞木(Xylosma congesta)、锡兰莓(Dovyalis hebecarpa)、栀子皮(Itoa orientalis)、山桐子(Idesia polycarpa)、山拐枣(Poliothyrsis sinensis)来验证引物的通用性。利用箣柊一个自然居群中的20个个体对新引物进行多态性计算以及中性检验。将单拷贝核基因序列和ITS序列组合成联合片段,分别用最大简约法和贝叶斯法构建系统发育树。【结果】在10个属中成功筛选设计出6对合适的引物,分别为5对单拷贝核基因标记以及ITS遗传标记,各引物扩增出的序列长度为297～716 bp。多态性检测结果表明:单倍型数目(H)为3～9个,平均核苷酸差异数(κ)为0.644～2.278,核苷酸多样性(π)和Watterson核苷酸多样性参数(θ_w)分别为0.001 04～0.004 51和0.001 19～0.004 75,所有位点在箣柊中核苷酸多样性较高。中性检验结果表明所有位点均符合中性进化假设。利用位点联合方法构建的最大简约树和贝叶斯树的拓扑结构基本一致,各分支均有较高的支持率。【结论】筛选出的6对通用性高的引物,丰富了杨柳科的分子标记,可为杨柳科属间系统发育学以及杨柳科植物遗传多样性的研究提供参考。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

核基因论文参考文献

[1].邢睿,徐明行,王久利,陈世龙.基于核基因的黄绿卷毛菇系统发育与谱系地理学分析[J].基因组学与应用生物学.2019

[2].刘舒宇,刘霞,李金花,王兆山.杨柳科单拷贝核基因引物的开发与利用（英文）[J].南京林业大学学报(自然科学版).2019

[3].涂飞云,欧阳晓芳,王通,韩卫杰,黄晓凤.基于核基因和线粒体基因的哺乳动物物种鉴定[J].南方林业科学.2019

[4].杨晨阳,于超,马玉杰,罗乐,潘会堂.基于SSR标记和单拷贝核基因的蔷薇属植物系统发生分析[J].北京林业大学学报.2018

[5].张启鹏,郑荣泉,张丹丹,张加勇,颉志刚.线粒体和核基因揭示棘胸蛙属种间存在渐渗杂交[C].浙江省动物学会第十叁次会员代表大会暨学术研讨会论文摘要集.2018

[6].刘志娥,王春晖,刘玮琦,汪小凡.基于核基因和叶绿体基因序列的杏属系统发育分析——探讨洪平杏的起源和亲缘关系[J].植物科学学报.2018

[7].陶瑞松,许畅,王运良,孙晓燕,郝家胜.基于线粒体和核基因多重证据的中国冰清绢蝶时空分化研究（英文）[C].中国古生物学会第十二次全国会员代表大会暨第29届学术年会论文摘要集.2018

[8].张天缘,王白石,宋驰,张燕君,徐小玉.基于核基因分子多态性的葡萄属物种鉴定[J].植物科学学报.2018

[9].宫杰.基于线粒体和核基因序列分析单环刺螠（Urechisunicinctus）种群遗传多样性[D].鲁东大学.2018

[10].丁永波.苏州青核基因雄性不育系的创制及利用[D].沈阳农业大学.2018

论文知识图

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