白鹭基因组微卫星分布规律研究

论文摘要

【目的】研究白鹭(Egretta garzetta)的全基因组微卫星分布规律。【方法】利用生物信息学方法对已报道的白鹭全基因组进行查询和分析。【结果】白鹭全基因组中1～6个碱基重复的微卫星有255 630个,序列总长度为4 282 844bp,占全基因序列长度的0.37%。不同重复类型的微卫星中,单碱基的数量最多,有207 108个,占全部类型的81.0%;然后依次是二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基,分别占全部类型的6.4%,5.3%,4.9%,2.0%和0.4%。A,C,AC,AT和AG是白鹭基因组微卫星序列中重复数量较多的拷贝类型,占全部重复类型的87.4%。在白鹭基因组中,按降序排列,重复类型出现次数超过1 000次的有17个,分别是T,A,AT,G,C,AC,GT,ATT,AAT,ATTT,AGG,AAAC,CCT,AAAT,CT,GTTT和AG,占全部微卫星数量的92.7%。【结论】研究结果对白鹭微卫星的筛选及深入研究提供了数据支持。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 白鹭基因组序列
•   1.2 微卫星相关术语的定义
•   1.3 统计软件
• 2 结果
•   2.1 基因组中不同重复类型微卫星的基本情况
•   2.2 不同重复类型微卫星重复序列的数量
•   2.3 各重复拷贝类别的数量
• 3 讨论
•   3.1 全基因组上微卫星序列的分布特性
•   3.2 二碱基重复类型的分布特征

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 黄杰,杨波,贾银平,杨承忠

关键词: 白鹭,微卫星,基因组,分布规律

来源: 重庆师范大学学报(自然科学版) 2019年05期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 商丘师范学院生物与食品学院,中国大熊猫保护研究中心,大熊猫国家公园珍稀动物保护生物学国家林业和草原局重点实验室,重庆师范大学生命科学学院重庆市动物生物学重点实验室

基金: 国家自然科学基金(No.31501845),重庆市自然科学基金(No.cstc2017jcyjAX0165,No.cstc2018jcyjAX0738),重庆市留学人员回国创业创新支持计划(No.cx2018108),商丘师范学院高层次人才科研启动项目(No.50013901)

分类号: Q953

页码: 66-71

总页数: 6

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