鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB双基因缺失株相关耐药基因的RNA-seq分析

论文摘要

应用转录组测序技术（RNA-seq）筛选鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB相关的靶基因,为鼠伤寒沙门菌耐药机制的深入研究奠定基础。采用RNA-seq技术分析baeSR和acrB基因缺失后表达量变化的相关耐药基因,通过GO富集和KEGG通路探索其主要功能,qRT-PCR验证部分差异基因。以|log2（Fold Change）|> 1且q value <0.005为条件,其中以CR△acrB和CR为比较组,共筛选到1 320个差异表达基因,894个下调,426个上调;以CR△baeSR△acrB和CR为比较组,共筛选到1 377个差异表达基因,972个下调,405个上调。GO富集分类结果显示差异基因主要集中在跨膜运输、细胞黏附、纤毛或鞭毛运动等功能;KEGG数据库显示,差异基因主要富集在代谢途径、ABC转运系统、双组份信号转导系统、鞭毛组装、β-内酰胺抗性等通路。其中,ompR、csgD、fliA、fliG可通过调节细菌生物膜形成能力调控其对多种抗生素的耐药性;emrA、mdtC、yejE属于外排泵相关基因,可介导细菌对黏菌素、新生霉素等的耐药性;STM3031可赋予沙门菌头孢曲松抗性;pmrF可参与调节细菌对多粘菌素的抗性。鼠伤寒沙门菌acrB和baeSR基因缺失可影响相关耐药基因的表达。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 样品采集
•     1.2.2 RNA的提取与检测
•     1.2.3 文库构建与测序
•     1.2.4 差异基因表达分析
•     1.2.5 差异基因GO和KEGG富集分析
•     1.2.6 差异表达基因的验证
• 2 结果
•   2.1 测序数据质量评估及基因组比对结果
•   2.2 基因差异表达分析
•   2.3 差异表达基因的GO富集分析
•   2.4 差异表达基因的KEGG Pathway富集分析
•   2.5 差异表达基因的qRT-PCR验证
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 徐军,王瑞,李锐,高海侠,张瑞良,王文静,赵霞,李琳

关键词: 鼠伤寒沙门菌,相关耐药基因

来源: 生物技术通报 2019年12期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技,医药卫生科技

专业: 基础医学

单位: 安徽农业大学动物科技学院

基金: 国家自然科学基金项目(31772802),安徽高校自然科学重点研究项目(KJ2017A132)

分类号: R378

DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0464

页码: 76-84

总页数: 9

文件大小: 3699K

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