Netrin-1蛋白的结构与功能生物信息学分析

论文摘要

目的:Netrin-1蛋白是一个具有潜在价值的肿瘤诊治靶点,但其结构特征及促癌机制仍未完全阐明。本文通过生物信息学方法对Netrin-1蛋白的结构和功能进行全面的预测分析,从而为癌症发病机制及治疗提供理论依据。方法:利用UniProt对Netrin-1各物种蛋白序列进行检索,通过ProtParam数据库和DNAMAN软件对人Netrin-1蛋白进行理化性质及亲水性/疏水性预测分析,通过Genecards数据库对人Netrin-1蛋白进行亚细胞定位分析,通过SOPMA和PDB数据库对人Netrin-1蛋白进行空间结构分析,通过UniProt和NCBI Conserved Domain数据库人Netrin-1蛋白进行基本结构分析,通过ClustalX2.1和DNAMAN软件对人Netrin-1蛋白与黑猩猩（H2QC90）、小鼠（O09118）、大鼠（Q924Z9）、牛（F1N0C7）、狗（F1PSP7）、小鸡（Q90922）、蜥蜴（G1KUB3）、斑马鱼（O42203）及绿河豚（H3CIU4）的Netrin-1蛋白进行同源序列对比与进化关系分析,通过GPS3.0与GPS PAIL2.0软件对人Netrin-1蛋白的磷酸化、乙酰化等修饰位点进行预测分析,通过AmiGO2、KEGG、String在线数据库对人Netrin-1蛋白进行GO分析、通路分析及互作蛋白分析,通过THE HUMAN PROTEIN ATLAS数据库对人Netrin-1蛋白进行蛋白表达谱分析。结果:人Netrin-1蛋白是由VI、V-1、V-2、V-3和NTR结构域组成,包含604个氨基酸,总分子式为C2925H4609N891O866S51,原子总数为9342,分子质量为67748.28,在进化过程中高度保守,属于NTRlike超家族和LamininN超家族,结构域中V-1、V-2和V-3最保守,是一种亲水、不稳定的分泌蛋白。该蛋白主要二级结构为无规卷曲占64.57%,其余的延伸链、α-螺旋和β-折叠分别占18.38%、12.58%、4.47%,在VI结构域及V-1、V-2、V-3结构域中存在较多潜在的磷酸化位点,而乙酰化位点主要集中在NTR结构域末端,其互作蛋白除经典的DCC、UNC5A、UNC5B、UNC5C、UNC5D、NEO1和DSCAM外,还有FYN、BCAR1、MAP1B等,在结肠癌、乳腺癌、前列腺癌等实体肿瘤中表达较高。结论:综合Netrin-1蛋白的结构、功能信息,提示其可能通过调节多种肿瘤相关信号通路促进肿瘤恶性进展。

论文目录

• 摘要
• Abstract
• 英文缩略语
• 1 前言
• 2 材料与方法
•   2.1 Netrin-1 各物种蛋白序列的检索
•   2.2 人Netrin-1 蛋白的理化性质及亲水性/疏水性预测分析
•   2.3 人Netrin-1 蛋白的亚细胞定位分析
•   2.4 人Netrin-1 蛋白空间结构分析
•   2.5 人Netrin-1 蛋白的基本结构分析
•   2.6 人Netrin-1 蛋白同源序列对比与进化关系分析
•   2.7 人Netrin-1 蛋白的修饰位点分析
•   2.8 人Netrin-1 蛋白GO分析、通路分析及Netrin-1 的互作蛋白分析
•   2.9 人Netrin-1 蛋白表达谱分析
• 3 结果与分析
•   3.1 人Netrin-1 蛋白的理化性质及亲水性/疏水性预测分析
•   3.2 人Netrin-1 蛋白的亚细胞定位分析
•   3.3 人Netrin-1 蛋白空间结构分析
•   3.4 人Netrin-1 蛋白基本结构分析
•   3.5 人Netrin-1 蛋白的同源序列对比与进化关系分析
•   3.6 人Netrin-1 蛋白修饰位点预测分析
•   3.7 人Netrin-1的GO分析、相关表达通路分析及互作蛋白预测分析
•   3.8 人Netrin-1 蛋白表达谱分析
• 4 讨论
• 本研究创新性的自我评价
• 参考文献
• 综述
•   参考文献
• 致谢
• 个人简介

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 郝文俊

导师: 朱育焱

关键词: 癌症,结构,功能,生物信息学

来源: 中国医科大学

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学,肿瘤学,生物医学工程

单位: 中国医科大学

分类号: R730.2;Q811.4

DOI: 10.27652/d.cnki.gzyku.2019.001057

总页数: 38

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