川明参转录组分析及SSR分子标记开发

论文摘要

目的:获得川明参转录组信息,探索川明参多糖和黄酮类化合物生物合成途径相关的基因,开发高效的SSR分子标记。方法:利用Illumina HiSeq 2500高通量测序对川明参全株进行转录组测序,经CAP3软件拼接组装后获得Unigenes,然后进行生物信息学分析。结果:获得了46 576 691条Clean Reads。从头组装产生了64 984条Unigenes。通过Blastx比对分析显示,比对到Uniprot数据库的Unigenes有35 604条(54.80%),Nr数据库有35 591(54.80%)条,GO数据库有18 291条(28.20%),COG数据库有19 950条(30.70%)。8 141条Unigenes(12.50%)映射到242条代谢通路,其中,58条Unigenes参与黄酮类化合物的生物合成,128条Unigenes参与川明参多糖的生物合成,共编码了28种不同的酶。此外,检测到18 271个SSR位点,设计SSR引物842对,选择30对引物用于36份川明参样品的遗传多样性分析,其中13对引物能在36份样品中成功扩增出条带。结论:川明参转录组数据可为探索川明参次生代谢产物的生物合成机制提供重要的参考,也可为川明参的遗传多样性研究和分子标记辅助育种提供依据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料与仪器
•   1.2 方法
•     1.2.1 基因组DNA的提取:
•     1.2.2 RNA的提取及文库构建:
•     1.2.3 从头组装:
•     1.2.4 Unigenes功能注释:
•     1.2.5 川明参SSR分子标记的开发和检测:
•     1.2.6 数据处理:
• 2 结果与分析
•   2.1 RNA测序
•   2.2 从头组装
•   2.3 基因功能注释
•   2.4 黄酮类化合物生物合成途径分析
•   2.5 川明参多糖生物合成途径
•   2.6 SSR标记的开发及应用
•     2.6.1 SSR位点的分析:
•     2.6.2 SSR标记的应用:
• 3 结论与讨论
•   3.1 川明参转录组测序
•   3.2 与黄酮类化合物合成途径相关的基因
•   3.3 SSR分子标记

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 沙秀芬,袁灿,陈媛媛,彭芳,陶珊,李群,张超

关键词: 川明参,转录组,代谢途径,生物合成,分子标记

来源: 中药材 2019年11期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,农业科技

专业: 农作物

单位: 四川省农业科学院经济作物育种栽培研究所,四川师范大学生命科学学院,四川农业大学水稻研究所

基金: 四川省财政创新提升工程(2016TSCY-001),国家中药材产业技术体系(CARS-21-21),四川省科技创新苗子工程(2017079)

分类号: S567.53

DOI: 10.13863/j.issn1001-4454.2019.11.009

页码: 2519-2527

总页数: 9

文件大小: 3253K

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