多物种混合转录组测序（msRNA-seq）及其在海洋生态学研究中的应用

论文摘要

转录组测序是细胞生理学过程和机制的解析手段之一。目前,主要应用在对特定物种或细胞类型在不同生长、发育阶段(时间序列)或不同组织、器官、生长环境(空间序列)中基因转录本丰度的定量和比较上。但是,这并不适用于多物种共存的自然生态系统和多细胞协同作用的生物体中。应运而生的混合多物种转录组分析技术则是可以同时针对两个或两个以上物种或细胞类型的转录组进行分析,以此来解析物种或细胞间的相互作用。其最大特点是靠后期拆分数据而不是通过前期的物理方法来拆分物种或细胞类型。目前,该技术在动物医学领域中使用较多,但在生态系统尤其是海洋生态系统的研究中应用较少。本文介绍了多物种混合转录组测序的概念、方法、研究历程和在海洋生态学研究中的应用及前景,以期为该领域研究者打开新思路,提供新方法。

论文目录

• 1 RNA-seq定量基因转录本丰度
• 2 共用培养环境的不同物种或细胞的分隔培养
• 3 两物种或细胞类型混合转录组分析（交互转录组分析, dual RNA-seq）
• 4 混合物种转录组分析（Mixed-species RNA-seq, msRNA-seq）
• 5 msRNA-seq在海洋生态学中的应用前景
•   5.1 有害藻类过度繁盛及群落演替机制研究
•   5.2 微藻规模化养殖效益和敌害生物控制研究
•   5.3 与珊瑚礁白化现象有关的藻-珊瑚虫共生机制研究
•   5.4 海洋生态系统中重要的寄生关系研究
• 6 结语

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 杨官品,孙诗阳,潘克厚,郭栗

关键词: 互作转录组测序,混合物种转录组测序,海洋生态学,互作生理机制,合成生态学

来源: 中国海洋大学学报(自然科学版) 2019年10期

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学

单位: 中国海洋大学海洋生命学院,中国海洋大学海洋生物遗传育种教育部重点实验室,中国海洋大学进化与海洋生物多样性研究所,中国海洋大学水产学院

基金: 国家重点研发计划项目（2018YFD0900305,2018YFD0901506）,山东省支持青岛海洋科学与技术试点国家实验室专项海洋科技资金重大科技创新工程项目（2018SDKJ0406-3）,中央高校基本科研业务费专项（201762017）资助~~

分类号: Q178

DOI: 10.16441/j.cnki.hdxb.20190162

页码: 54-63

总页数: 10

文件大小: 208K

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