导读:本文包含了可变剪切论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,细毛羊,生物,人工免疫,血管,细胞,小尾寒羊。
可变剪切论文文献综述
敖竹兰,郭永辉,江琛,李龙盘,刘鹏[1]（2019）在《水稻抗逆性基因OsGATA23可变剪切的生物信息学分析》一文中研究指出水稻OsGATA家族第Ⅶ亚家族基因OsGATA23有两个成员,其中一个成员OsGATA23a是多应激反应转录因子,在盐碱度ABA处理和干旱条件下高度表达.利用生物信息学技术,从核酸和蛋白层面分析OsGATA23a亚基在非生物胁迫下显着表达,OsGATA23b亚基在该胁迫下不表达或低表达的影响因素.结果表明,OsGATA23基因的两个亚基蛋白结构的稳定性不同引起表达不同.首先,运用生物信息学技术对GATA23的蛋白性质、功能、结构进行分析;其次,对启动子顺式作用元件进行统计分析.比对水稻OsGATA23基因亚基及亚基差异氨基酸序列的理化性质发现OsGATA23a-1蛋白结构比较稳定.OsGATA23a平均亲水系数为0.327,该段氨基酸序列疏水.OsGATA23a-1氨基酸序列段存在信号肽位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化活性位点,而OsGATA23b-1不存在.在OsGATA23a-1中α螺旋显著减少,延伸链显着增加.OsGATA23b-1中α螺旋减少,无规则卷曲显着增加.对OsGATA23a和OsGATA23b蛋白叁级结构模拟发现其亚基结构组成大致相似,对OsGATA23a-1、OsGATA23b-1蛋白叁级结构模拟时,发现OsGATA23b-1在计算机算法上不存在稳定的叁级结构构象,而无法模拟.OsGATA23基因启动子序列正反链上存在较多与逆境、根等相关的顺式作用元件.在非生物应激状态下,上游相关顺式作用元件选择性识别下游基因OsGATA23成员中具有比较稳定的疏水蛋白结构OsGATA23a亚基,同时在OsGATA23a-1存在信号肽位点,说明OsGATA23a-1不仅有利于OsGATA23a亚基蛋白结构的优化,而且还能被特异性识别.OsGATA23b亚基在逆境状态下不表达或低表达,说明OsGATA23b-1不利于OsGATA23b亚基蛋白结构稳定,且不能被特异性识别.(本文来源于《湖北大学学报(自然科学版)》期刊2019年06期）
冯雅岚,熊瑛,张均,原佳乐,蔡艾杉[2]（2020）在《可变剪切在植物发育和非生物胁迫响应中的作用》一文中研究指出可变剪切(AS)主要在转录后水平对植物发育和逆境胁迫响应进行调控,极大地增加了转录组和蛋白质组的复杂性,是植物调控其基因互作网络的分子机制之一。本文简要综述了目前关于AS的分子机理和作用模式,及其在植物发育和非生物胁迫响应中的作用,并结合当前研究现状,对未来AS的研究方向提出建议,为植物生长发育进程调节和优良抗逆性品种的选育提供了一定的理论参考。(本文来源于《核农学报》期刊2020年01期）
张立春,李梦姝,柳俭强,云巾宴,曹阳[3]（2019）在《绵羊胎盘生长因子基因可变剪切异构体克隆与表达分析》一文中研究指出为克隆绵羊胎盘生长因子(Placental growth factor,PGF)基因,并分析该基因在绵羊组织器官中的表达模式,本研究首先利用RT-PCR(Reverse Transcript Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)方法从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出PGF基因mRNA片段,随后利用可变剪切(alternative splicing,AS)鉴别引物和qRT-PCR(Quantity reverse transcript polymerase chain reaction,qRT-PCR)方法对不同组织器官PGF基因AS及其表达模式进行分析.以两个品种绵羊皮肤组织cDNA为模板,RT-PCR扩增显示存在2条特异性扩增片段,克隆测序结果发现片段长度依次为1339bp和1276bp,分析发现1276bp片段是由于主转录本第7外显子缺失产生,为编码羧基末端缺失21个氨基酸的PGF蛋白突变体.该突变体并未引起血小板源生长因子(Platelet derived growth factor,PDGF)结构域改变,可能通过改变PDGF结构域下游单位酶切位点来影响PGF分子的成熟.PGF基因AS检测及qRT-PCR结果发现小尾寒羊与新吉细毛羊不同组织器官PGF基因可变剪切突变体组织分布及其表达模式存在明显差异.本研究证明绵羊皮肤组织中表达PGF基因且存在AS现象,为进一步研究PGF基因在绵羊毛囊发育及毛用性状形成中的作用奠定了基础.(本文来源于《聊城大学学报(自然科学版)》期刊2019年06期）
张宏,毛锐,付颖,王艳珍,郭欢[4]（2019）在《可变剪切调节在小麦抗病机制中的作用解析》一文中研究指出条锈病和白粉菌是在小麦生产中两种重要的真菌病害,可导致严重的产量损失。组学分析表明该过程会诱导数千个基因协同参与,为了综合理解抗病机制,利用权重基因共表达网络的方法开展了条锈白粉兼抗种质N9134的转录组和蛋白质组关联分析。结果显示,包括剪接体蛋白,Pre-mRNA剪接因子,核糖体蛋白以及RNA解旋酶等转录调节因子与HSP70蛋白协同处于网络的核心节点(p值<1.37e-11)。进而对抗病种质响应条锈病和白粉病两种病害过程小麦基因转录的可变剪切(AS)特征分析结果发现,11.2%和10.4%的多外显子基因分别在白粉和条锈侵染早期产生AS转录物,且多产生剪切事件复合型转录本。小麦响应病菌胁迫过程中,不仅抗病蛋白可产生AS变体,而且剪接相关因子自身亦发生AS调节。病原体胁迫下,小麦除诱导或活化转录新的剪接变体外,亦可通过改变完全剪接与内含子保留转录物的比例,致使差异表达转录本数目成倍增加。比较白粉与条锈胁迫中相同基因产生的AS转录物发现,部分AS基因在两种病害胁迫下产生的AS转录本数目不同;且具有相同数目转录本的AS基因,产生的末端外显子剪接和滞留的内含子在两种病菌胁迫条件下是独立或不同的。比较分析条锈抗病和感病材料的AS特征表明,条锈病抗性植物中特异性诱导的AS基因功能富集于提高膜通透性和蛋白质修饰能力,而蛋白质翻译和转运中涉及的基因表达在易感植物中得到加强。(本文来源于《第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集》期刊2019-08-11）
耿炀,沈富均,罗娌,张亮,范振鑫[5]（2019）在《大熊猫接种犬瘟热疫苗后免疫相关基因可变剪切分析》一文中研究指出犬瘟热病是由犬瘟热病毒感染引起的高致死性传染病,大熊猫一经感染极难治愈,目前人工免疫是保护大熊猫免受犬瘟热病毒感染的主要手段。我们先前的研究结果显示,人工疫苗后,大熊猫清除抗原等先天性免疫反应增强,适应性免疫应答反应主要表现为促进T细胞向效应T细胞转化,而浆细胞和免疫记忆细胞等激活较弱。本研究我们分别收集了5只半岁龄、首次免疫大熊猫接种前,第一次免疫,第二次免疫,第叁次免疫后24h的外周血液,进行转录组测序,对几个时期免疫基因的可变剪切进行分析。叁次人工免疫中,我们共找到1288个差异可变剪切事件,这些可变剪切事件发生在1113个基因上。这些基因的GO富集分析主要与DNA修复相关,KEGG分析富集到多条免疫相关通路。NCR3,EIF2AK4,CD44叁个免疫相关基因在叁次人工免疫期间一直存在可变剪切事件。其中CD44的可变剪切形式不断,进一步分析发现,CD44V8,CD44V9转录本表达下调,而免疫应答相关的CD44V6,CD44V7,CD44V10表达量却没有显着差异。我们使用蛋白质网络互作分析对免疫先关的差异表达基因和差异可变剪切事件进行分析发现,CHUK,IFI44,CD40和多个免疫相关差异表达基因存在互作关系,IL15是仅存的同时存在差异表达和差异可变剪切的免疫基因。IL15的可变剪切形式显示,IL15可以形成两种不同的转录本,两种转录本编码蛋白在叁维结构上的存在显着差异,5号外显子缺失转录本的表达量变化和IL15基因的表达量变化相似,表明5号外显子缺失转录本可能是IL15在接种疫苗后的主要表达形式。(本文来源于《第八届中国西部动物学学术研讨会会议摘要汇编》期刊2019-07-18）
鲍敏,刘继婷,陈毅,汪文斌,齐颖新[6]（2019）在《VEGF可变剪切在细胞外基质硬度调控神经母细胞瘤功能中的作用》一文中研究指出目的肿瘤在发生发展过程中,细胞外基质(extracellular matrix,ECM)中大量蛋白质沉积交联从而引起ECM硬度增大,影响肿瘤组织增殖、血管新生能力。血管内皮生长因子(Vascular Endothelial Growth Factor,VEGF)对肿瘤血管新生有重要调控作用,它可变剪切会产生不同功能的亚型。本研究旨在探讨不同ECM硬度是否调控VEGF可变剪切及其机制。方法与结果通过Western Blot、qPCR检测,揭示不同硬度的聚丙烯酰胺凝胶(1 kPa、8 kPa、30 kPa、Plastic)调控神经母细胞瘤中VEGF剪切体和可变剪切分子SRSF1的表达。siRNA干扰SRSF1之后,VEGF各亚型mRNA表达水平均呈一定程度下降。免疫荧光与核质分离实验发现不同ECM硬度条件下SRSF1没有发生明显的核质转移。通过Western Blot检测发现YAP、转录因子RUNX2在不同硬度基质胶上与SRSF1呈相同表达趋势,同时YAP在不同ECM硬度条件下发生核质转移。通过siRNA干扰以及YAP过表达质粒的构建证明YAP通过RUNX2调控SRSF1的表达。不同ECM硬度条件下的肿瘤细胞增殖能力以及共培养条件下的HUVEC迁移能力发生显着性变化。通过siRNA分别干扰YAP、SRSF1之后,肿瘤细胞增殖能力明显降低。结论不同ECM硬度调控神经母细胞瘤细胞可变剪切分子SRSF1及其下游VEGF各亚型的表达,同时YAP、转录因子RUNX2在不同ECM硬度刺激下与SRSF1出现同样的变化趋势。不同ECM硬度条件刺激下的肿瘤细胞增殖能力以及共培养条件下的HUVEC迁移、血管新生能力发生改变。综上,不同ECM硬度可能通过YAP调控SRSF1的表达、VEGF的可变剪切,进而影响神经母细胞瘤的增殖能力。(本文来源于《医用生物力学》期刊2019年S1期）
张立春,李梦姝,柳俭强,曹阳,孙福亮[7]（2019）在《绵羊皮肤组织VEGF-A基因可变剪切体存在的证实与鉴定》一文中研究指出为了克隆绵羊血管内皮生长因子A(VEGF-A)基因,探寻该基因与绵羊毛囊发育及毛用性状形成的潜在关系,试验采用RT-PCR方法从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-A基因mRNA并对其进行生物信息学分析。结果表明:以皮肤组织cDNA为模板,RT-PCR扩增出3条特异性条带;克隆测序结果显示所有条带均为VEGF-A基因序列,片段长度依次为828,825,756,624 bp。828 bp和825 bp片段属于全长VEGF-A,其中825 bp片段在3′非编码区缺失3个碱基;756 bp和624 bp片段由可变剪切产生,分别为外显子6缺失和外显子6,7双缺失,编码蛋白与人类VEGF-A165和VEGF-A121类似;核苷酸序列比对发现,VEGF-A基因mRNA仅存在3个SNP位点;蛋白结构域分析发现,叁种类型VEGF-A蛋白均含有完整的血小板衍生生长因子(PDGF)结构域。说明试验成功地从绵羊皮肤组织中克隆到VEGF-A基因并证实可变剪切突变体的存在。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年11期）
曾兴权,原红军,杨春葆,于明寨,徐齐君[8]（2019）在《干旱胁迫下青稞全基因组可变剪切分析》一文中研究指出为阐明青稞在旱胁迫下基因发生可变剪切的规律,本研究以抗旱的"喜拉16号"和旱敏感的"迪庆黑元桂"为试验材料,分别对对照和21%PEG浓度下处理的样本进行多时间点的全转录组测序。结果表明,利用Leaf Cutter软件在所有的样品中共检测到了22 181个可变剪切事件;通过PCA分析发现,可变剪切具有明显的品种间特异性;另外,通过与抗旱基因数据库比对分析发现,在干旱胁迫处理下2个类型品种间有多个抗旱相关的基因发生了显着的差异可变剪切,分别是HVUL1H16429 (AtrbohF)、HVUL1H12808 (HAB1)、HVUL4H58649 (ABF4)、HVUL4H35985 (AtrbohD)、HVUL7H07799 (LOS5)、HVUL3H43774 (CLCc)、HVUL3H23631(ABCG40)、HVUL1H16840(MYB60)和HVUL6H08236(AREB1);对2个品种各自在对照与旱胁迫条件下的差异可变剪切基因进行pathway分析,发现了抗旱品种的差异可变剪切基因参与了更多的pathway,并且鉴别出Fatty acid degradation、Inositol phosphate metabolism、alpha-Linolenic acid metabolism和Fatty acid metabolism这4条通路显着富集。为解析青稞抗旱分子机理与培育青稞抗旱新品种奠定了理论基础。(本文来源于《西藏农业科技》期刊2019年01期）
杜江丽,张晓军,张小溪,袁剑波,高羿[9]（2019）在《凡纳滨对虾E75基因可变剪切形式的鉴定与分析》一文中研究指出E75是对虾蜕皮激素信号通路的关键调控因子。为了深入了解E75基因的结构和功能,本实验从转录组数据中筛选得到注释为凡纳滨对虾E75基因的转录本,经与基因组序列比对分析,鉴定发现凡纳滨对虾E75基因至少存在6种可变剪接体,分别命名为LvE75-1、LvE75-2、LvE75-3、LvE75-4、LvE75-5和LvE75-6。其中LvE75-1/2/4/5/6均包含DBD和LBD结构域,与果蝇E75A/C有相同的结构域,而LvE75-3仅包含LBD结构域,与果蝇E75D相同。在凡纳滨对虾蜕皮过程中,LvE75-1/2/3/4在D3～D4时期高表达,而LvE75-5和LvE75-6表达量很低。在成体组织中,LvE75各种剪切形式在所有检测的组织中均有表达,且在表皮、肠和鳃中表达较高,在肝胰脏、血细胞和淋巴组织中仅LvE75-3表达较高。实验通过双链RNA干扰LvE75基因的表达,在干扰样品中,检测到Halloween基因中的spo、phm和dib表达下调,shd表达上调,表明LvE75可能通过调控Halloween基因的表达来影响蜕皮激素的合成;同时E75基因的干扰也使同为蜕皮激素早期应答基因的Br-C基因和Ftz-F1基因表达下调,HR3基因表达上调,表明LvE75基因对蜕皮信号通路上下游基因均有作用。在LvE75基因持续干扰12 d后,凡纳滨对虾的蜕皮率显着低于对照组,而死亡率显着高于对照组,说明LvE75基因对凡纳滨对虾的蜕皮和生存具有重要作用。(本文来源于《水产学报》期刊2019年04期）
郭睿,李龙,熊翠玲,郑燕珍,付中民[10]（2018）在《中华蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的可变剪切基因分析》一文中研究指出基于前期已获得的中华蜜蜂(简称中蜂)幼虫肠道转录组数据,利用TopHat2软件在正常(AcCK)及球囊菌胁迫的中蜂幼虫肠道样品(AcT1、AcT2、AcT3)中共鉴定出发生于9124个基因的57327个可变剪切事件,其中以基因间(17.68%)、可变3′端剪切(15.32%)、外显子跨越(14.12%)和可变5′端剪切(12.81%)类型为主.Venn分析结果显示4个肠道样品的共有可变剪切基因数为8111个,特有可变剪切基因数分别为272、189和385个.GO分类结果显示共有可变剪切基因涉及47个条目,AcT1、AcT2、AcT3的特有可变剪切基因分别富集于24、20和34个条目.KEGG代谢通路富集分析结果显示,共有可变剪切基因富集在327个代谢通路,基因富集数最多的是RNA转运、内质网蛋白加工及核糖体;AcT1、AcT2、AcT3的特有可变剪切基因分别富集在22、46和83个代谢通路.结果揭示了可变剪切基因在宿主的胁迫响应过程中的重要作用.(本文来源于《四川大学学报(自然科学版)》期刊2018年06期）
可变剪切论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
可变剪切(AS)主要在转录后水平对植物发育和逆境胁迫响应进行调控,极大地增加了转录组和蛋白质组的复杂性,是植物调控其基因互作网络的分子机制之一。本文简要综述了目前关于AS的分子机理和作用模式,及其在植物发育和非生物胁迫响应中的作用,并结合当前研究现状,对未来AS的研究方向提出建议,为植物生长发育进程调节和优良抗逆性品种的选育提供了一定的理论参考。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
可变剪切论文参考文献
[1].敖竹兰,郭永辉,江琛,李龙盘,刘鹏.水稻抗逆性基因OsGATA23可变剪切的生物信息学分析[J].湖北大学学报(自然科学版).2019
[2].冯雅岚,熊瑛,张均,原佳乐,蔡艾杉.可变剪切在植物发育和非生物胁迫响应中的作用[J].核农学报.2020
[3].张立春,李梦姝,柳俭强,云巾宴,曹阳.绵羊胎盘生长因子基因可变剪切异构体克隆与表达分析[J].聊城大学学报(自然科学版).2019
[4].张宏,毛锐,付颖,王艳珍,郭欢.可变剪切调节在小麦抗病机制中的作用解析[C].第十届全国小麦基因组学及分子育种大会摘要集.2019
[5].耿炀,沈富均,罗娌,张亮,范振鑫.大熊猫接种犬瘟热疫苗后免疫相关基因可变剪切分析[C].第八届中国西部动物学学术研讨会会议摘要汇编.2019
[6].鲍敏,刘继婷,陈毅,汪文斌,齐颖新.VEGF可变剪切在细胞外基质硬度调控神经母细胞瘤功能中的作用[J].医用生物力学.2019
[7].张立春,李梦姝,柳俭强,曹阳,孙福亮.绵羊皮肤组织VEGF-A基因可变剪切体存在的证实与鉴定[J].黑龙江畜牧兽医.2019
[8].曾兴权,原红军,杨春葆,于明寨,徐齐君.干旱胁迫下青稞全基因组可变剪切分析[J].西藏农业科技.2019
[9].杜江丽,张晓军,张小溪,袁剑波,高羿.凡纳滨对虾E75基因可变剪切形式的鉴定与分析[J].水产学报.2019
[10].郭睿,李龙,熊翠玲,郑燕珍,付中民.中华蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的可变剪切基因分析[J].四川大学学报(自然科学版).2018
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