导读:本文包含了细菌系统鉴定论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:细菌,鉴定,系统,杆菌,水稻,白首,微生物。
细菌系统鉴定论文文献综述
吴勇,向小红,周小媛[1]（2019）在《全自动细菌鉴定药敏系统在临床微生物教学中的应用》一文中研究指出目的:探讨全自动细菌鉴定药敏系统在临床微生物教学中的应用效果。方法:选定2017年9月到2019年4月到本院实习的60例见习学生,完全随机法分为观察组(全自动细菌鉴定药敏系统+传统微生物教学)30例与对照组(传统微生物教学)30例,比较2组见习学生的理论、操作考核评分及教学满意度。结果:教学结束,观察组理论成绩评分(90.63±5.14)分、操作成绩(88.34±4.87)分、教学满意率(93.33%)均高于对照组且差别有显着意义(P<0.05)。结论:全自动细菌鉴定药敏系统可有效提高见习学生的教学质量及满意度,值得推广使用。(本文来源于《人人健康》期刊2019年19期）
Md.,Mahidul,Islam,Masum[2]（2019）在《水稻细菌性褐条病菌（Acidovorax oryzae）分泌系统相关基因的毒力鉴定及对其生物防治策略的研究》一文中研究指出水稻细菌性褐条病(BBS)是由种传细菌Acidovorax oryzae(Ao)所引起,属于革兰氏阴性菌,对世界范围内的水稻生产造成了严重的经济损失。传统的防治方法对该种传病害的防治效果较为有限。植物病原细菌分泌的效应蛋白在感染宿主植物的过程中发挥重要作用,从分泌系统的角度来阐明Ao的致病机制,不仅有利于对该病害进行有效的防控,而且对抗性育种也很有帮助。例如利用天然拮抗微生物和生物合成的纳米颗粒等基于生物防治的植物保护方法,对BBS的防治中有可能替代传统的化学防治手段。生物防治具有天然、无污染、高效率和特异性等好处,使其成为控制植物细菌病害的重要候选。有趣的是,Ao菌株RS-1的全基因组分析已经鉴定出大量分泌系统相关基因,我们课题组最近的研究表明T6SS和T4SS基因在Ao菌株RS-2的毒力方面发挥作用。然而,Ⅲ型分泌系统(T3SS)基因簇的基因在Ao菌株RS-2中的作用尚未研究。因此,对菌株RS-2的T3SS基因的研究为揭示水稻BBS病害的致病机制提供了基础;并且耐盐性根际细菌和生物银纳米粒子也为该水稻病害的防治提供了新的选择。基于这些问题,本研究项目开展了一系列研究工作,为水稻BBS的防治策略提供了理论指导和更多防治方法的选择。首先,本研究通过使用插入缺失突变方法构建了 21个T3SS基因突变体,通过比较野生型菌株RS-2和突变体之间的毒力相关表型来研究Ao菌株RS-2的致病机制。其中,9个T3SS基因突变体如 hrcS,△hrcQ,△hpaP,△hrpY,△hrcT,△hrpE,△hrpB4,△hrcJ和△hrpB2不仅显着降低了细菌毒力,而且还使生物膜产量降低了 36.9～53.3%。另一方面,它们的回补菌株则与野生型菌株RS-2有相似的毒力。另外,7个T3SS基因hrcS,hrcQ,hpaP,hrpY,hrpE,hrpB4和hrcJ参与了细菌的游动性,两个基因hrcQ和hrpE参与了EPS的产生。然而,与野生型菌株RS-2相比,T3SS基因的突变没有引起噬菌体敏感性及细胞外酶活性的变化。总体而言,本研究的数据表明T3SS基因参与了Ao菌株RS-2中的细菌致病性,生物膜形成,细菌游动性和EPS的产生。在本论文中,我们研究了多株耐盐芽孢杆菌作为潜在的生物防治剂,来拮抗水稻细菌性褐条病菌RS-1和RS-2。首先,我们从孟加拉国盐渍土壤种植的不同作物根际中分离出总共136株耐盐细菌。其中,15株对RS-1和RS-2表现出强烈的离体和活体拮抗活性,对菌株RS-1的抑菌圈直径为13.2至17.3 mm,对RS-2的抑菌圈直径为14.6至19.0 mm。根据其生理生化特征和脂肪酸谱,将这15种潜在的拮抗菌株鉴定为“operational group Bacillus amyloliqlefaciens”,并进一步通过对最有效的拮抗菌株K5-3和PPB6的gyrA和rpoB基因的序列进行了分析验证。进一步实验发现,拮抗菌株K5-3和PPB6可以在缺铁培养基中产生嗜铁素;基于MALDI-TOF的分析发现,它们产生属于叁个家族(surfactin,iturin和fengycin)的四种次级代谢物;TEM观察发现菌株K5-3和PPB6的培养滤液(v/v,50%)不仅导致水稻细菌性褐条病菌的细胞膜损伤,细胞数量减少73～80%,生物膜形成减少55～65%,游动性减少42～50%。这些研究结果表明,这些耐盐细菌特别是菌株K5-3和PPB6通过多种机制显着抑制了水稻细菌性褐条病菌。类似地,本文对利用银纳米粒子(AgNPs)作为化学药剂的新兴潜在替代品来防治Ao菌株RS-2的效果进行了研究。本研究从余甘子新鲜果实提取物中合成了 AgNPs,并通过紫外-可见光谱和能量色散分光光度计(EDX),傅里叶变换红外光谱(FTIR,X射线衍射图谱(XRD)分析和电子显微镜检测进一步证实和鉴定。紫外-可见光谱显示在约430nm处可观测到表面等离子共振峰,与银纳米颗粒相对应;FTIR光谱进一步揭示了参与合成AgNPs的生物部分;电子显微镜显示AgNPs为球形;XRD显示了AgNPs的晶体性质,预测粒度范围为19.8至92.8 nm,平均为39.1 nm。生物学测定发现合成的AgNPs离体抑制了菌株RS-2的生长,对Ao抑菌圈直径随着AgNPs的浓度增加而增加,合成的AgNPs在20 μg/mL时对Ao显示出显着的杀菌活性,与对照相比OD600值降低了 62.41%;在AgNPs存在时,细菌存活率随着接触时间的增加而降低。TEM观察到AgNPs能够引起水稻褐条病菌细胞膜的损伤,降低了细菌生物膜的形成和游动性,诱导了菌株RS-2中T6SS效应蛋白Hcp的分泌。活死菌染色结果发现用AgNPs处理后菌株RS-2中的绿色荧光活细胞的数量显着降低,而红色荧光的死细胞增多,表明由于细胞膜的损伤抑制了细菌生长。总而言之,本研究表明,生物合成的AgNPs对水稻细菌性褐条病菌有强烈的抑制效果,是一种新的环境友好型的防控水稻细菌性病害的方法。(本文来源于《浙江大学》期刊2019-06-01）
卢燕芳,李彬,林齐立,陈玮媛,张婧玲[3]（2019）在《Phoenix-100全自动微生物分析系统对碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌鉴定及预警能力的评价》一文中研究指出目的评价Phoenix-100全自动微生物分析系统检测碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌(Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae,CRE)的性能及预警中的指导价值。方法以本实验室保存的93株CRE为研究对象,Phoenix-100全自动微生物分析系统进行细菌鉴定及药敏试验;PCR法检测常见碳青霉烯类耐药基因(blaKPC、blaIMP、blaVIM、blaOXA-48和blaNDM);以PCR为金标准,评价Phoenix-100全自动微生物分析系统在鉴定及预测CRE是否产碳青霉烯酶的可靠性。结果Phoenix-100全自动微生物分析系统鉴定实验CRE的符合率为41.9%(39/93),其高级专家系统(AES)筛检碳青霉烯酶阳性的符合率为80%(44/55);PCR法检测发现55株CRE携带碳青霉烯类耐药基因;Phoenix-100全自动微生物分析系统检测试验菌株时,高级专家系统在提示产碳青霉烯酶方面灵敏度为52.7%,特异性为60.5%,阳性预测值为65.9%,阴性预测值为46.9%,准确度为55.9%。结论 Phoenix-100全自动微生物分析系统对CRE检出率较低,其高级专家系统产酶信息预警灵敏度也较低。(本文来源于《实验与检验医学》期刊2019年01期）
陈杰[4]（2019）在《水稻细菌性褐条病菌噬菌体AP1新穿孔素-裂解素双组分裂解系统的鉴定和功能研究》一文中研究指出由Acidovorax oryzae引起的水稻细菌性褐条病(Bacterial brown stripe)是一种重要的细菌病害,对水稻生产造成了较严重的经济损失。噬菌体作为细菌的天敌,其自身所编码的裂解系统在特异且高效地裂解细菌细胞壁杀死细菌的过程中发挥着重要作用。因此,深入开展水稻细菌性褐条病菌噬菌体裂解系统的研究,不仅为全面揭示其裂解机制提供了新的视野,也为利用噬菌体裂解系统防控水稻细菌性褐条病菌提供了新途径。首先,在实验室前期获得水稻褐条病菌噬菌体AP1并测定其基因组的基础上,通过生物信息学分析发现了两个相邻且与裂解相关的基因:穿孔素(HolAP)和裂解素(LysAP),并且HolAP位于LysAP上游。对HolAP进行保守功能域分析发现,HolAP属于噬菌体穿孔素蛋白Phage_holin_2_3 superfamily家族成员;蛋白跨膜预测结果显示,HolAP具有一个跨膜区,并且N-端分布于细胞膜外,C-端分布于细胞质内,具有Ⅲ型穿孔素的结构特征。对LysAP进行保守功能域分析,发现其属于噬菌体裂解素蛋白家族Lysozyme_like_superfamily;蛋白跨膜预测发现该蛋白在C-端存在一个跨膜区,说明其可能存在膜定位;而信号肽预测,发现该蛋白不含信号肽,说明其并不是靠自身直接分泌到细胞周质而达到裂解的目的。其次,本研究鉴定了水稻细菌性褐条病菌噬菌体AP1的穿孔素HolAP的功能。对HolAP蛋白的大肠杆菌过表达及细菌生长曲线的测定,发现细菌OD600没有下降,细菌生长不受影响;荧光活死菌染色,细菌表现为绿色荧光,判定为活菌;透射电镜观察,细菌细胞壁和细胞膜略微皱缩,胞内物质密度减小,菌体颜色变浅,说明HolAP蛋白表达能引起细胞内物质渗漏;测定细菌上清液中有无β-半乳糖苷酶,加入邻硝基酚-β半乳糖苷(ONPG),溶液颜色没变化,说明β-半乳糖苷酶没有透过细胞膜,分泌到胞外;蛋白质印迹检测膜蛋白和胞内蛋白,只有在膜蛋白组分中检测到了 HolAP蛋白条带,而胞内蛋白组分中没有检测到,说明了 HolAP蛋白定位在细菌的细胞膜上,因此初步确认了 HolAP具有穿孔素蛋白的特征。再次,鉴定了水稻细菌性褐条病菌噬菌体AP1裂解素LysAP的功能。对LysAP蛋白的大肠杆菌过表达及细菌生长曲线的测定,发现LysAP蛋白表达能引起细菌OD600下降,菌液逐渐变得澄清,显示细菌开始裂解;荧光活死菌染色,显示细菌为红色荧光,判定为死菌,说明LysAP蛋白的表达可以杀死细菌:检测细菌上清液中β-半乳糖苷酶的活性,加入ONPG,溶液从无色变为黄色,显示胞内的β-半乳糖苷酶能透过细胞膜渗漏到胞外上清中;透射电镜观察,发现细菌细胞膜严重皱缩,细胞壁结构变得不规则,胞内物质渗漏,进一步说明LysAP的裂菌活性;基于前期生物信息学预测LysAP蛋白没有信号肽,但C-端存在一个跨膜区域的结果,通过构建C-端跨膜区域缺失突变体,并测定其过表达对细菌生长的影响,发现缺失跨膜区域之后,细菌的OD600值不下降,细菌生长不受抑制;SDS-PAGE发现,LysAP由于缺失C-端跨膜区域而无法锚定在细胞膜上,大量聚集在细胞质内,从而可以被纯化得到。因此,确认了 LysAP能编码裂解素蛋白,且其C-端跨膜区域对于蛋白定位及功能至关重要。最后,确定了穿孔素HolAP和裂解素LysAP对裂解细菌有协同作用。细菌双杂实验菌落变蓝,验证了穿孔素HolAP和裂解素LysAP蛋白间存在互作;通过构建HolAP与LysAP共表达质粒,测定过表达这两种蛋白的细菌生长曲线,发现细菌OD600值迅速下降,菌液变得澄清粘稠;荧光活死菌染色,显示全部为红色荧光的死菌;革兰氏染色显示,细菌菌体由杆状变短变圆,细胞边界模糊;透射电镜观察,发现细菌细胞膜严重皱缩,细胞壁结构变得不规则,细胞内容物渗漏,甚至造成空腔。加入ONPG测定细菌上清液中β-半乳糖苷酶活性,溶液由无色变为深黄色,且相对于单独表达LysAP的上清液颜色更深,说明HolAP和LysAP共表达对细菌的裂解效果比单独表达LysAP更强,从而确认了穿孔素HolAP和裂解素LysAP裂解细菌的协同作用。(本文来源于《浙江大学》期刊2019-01-01）
乔宏萍,裴梓汝,贺超,李闯,许嘉[5]（2018）在《抗重金属细菌BCD1的分子鉴定及系统发育分析》一文中研究指出BCD1是一株高度耐受重金属镉的细菌,本研究对其进行形态学、生理生化特性和16SrDNA序列鉴定.结果发现,细菌BCD1革兰氏染色为阴性,细胞呈短杆菌,单个存在,好氧.通过16SrRNA测序Blast比对后发现BCD1和恶臭假单胞菌(Pseudomonas putida)相似性为100%,聚类分析后二者聚为一个分支,由此可以确定菌株BCD1为恶臭假单胞菌(P.putida).(本文来源于《太原师范学院学报(自然科学版)》期刊2018年02期）
顾晓洁,解卓学,吕嘉东,姜兴颖,赵剑飞[6]（2018）在《白首乌内生细菌分离鉴定及系统发育树分析》一文中研究指出目的:对中药白首乌根部的内生细菌进行分离、纯化、鉴定及比对,最终确定其种属并构建系统发育树。方法:运用涂布法和平板划线法从中药白首乌的块根中分离、纯化内生细菌,对分离得到的纯菌株进行形态学观察、生理生化鉴定,并结合菌株的16S r RNA基因序列鉴定其种属,再将测序结果与Gen Bank中的已知序列进行BLAST比对,查找相似性最高的菌种进行同源性分析,最终通过软件MEGA 7.0构建系统发育树确定菌株的系统分类学地位。结果:首次从中药白首乌的根部分离得到12株内生细菌,其中9株属于芽孢杆菌属(Bacillus),相似性为99%~100%;2株属于假单胞菌属(Pseudomonas),相似性为100%;1株属于沙雷氏菌属(Serratia),相似性为99%,确定优势菌属为芽孢菌属。结论:白首乌根中存在多株内生细菌,其很可能是白首乌内生菌资源的重要组成部分,本研究为白首乌内生菌的资源开发奠定了基础。(本文来源于《辽宁中医药大学学报》期刊2018年06期）
王丹丹[7]（2017）在《胶州湾萨氏海鞘（Ciona savignyi）共附生细菌的分离培养、系统发育多样性研究及两株海洋新菌的分类鉴定》一文中研究指出胶州湾地处中国暖温带,其丰富的自然资源和生物资源都与人类生产及生活密切相关。海鞘体内共附生了丰富的微生物,在其体内发现了大量结构新颖且活性显着天然产物,从海鞘中分离共附生微生物将是利用海洋微生物资源的途径之一。本论文利用经典培养技术对胶州湾来源的萨氏海鞘(Ciona savignyi)共附生微生物进行了分离培养及后对分离菌株进行系统发育多样性分析,为海洋微生物的开发利用提供了基础。同时,还利用多相分类法确定2株海洋新菌系统分类地位,丰富了对海洋细菌种质资源的研究,为新基因、新化合物的探索奠定了基础。利用传统平板培养法对胶州湾来源的萨氏海鞘中的可培养细菌共附生细菌进行了分离纯化并根据其16S rRNA基因序列构建neighbor-joining系统进化树进行系统发育多样性分析。研究分离得到17种不同的细菌,它们分别具有不同的菌落特征,主要属于变形菌门、拟杆菌门和放线菌门3个细菌发育类群,α-变形菌纲、γ-变形菌纲、黄杆菌纲和放线菌_c纲4个纲。其中分离得到的菌株中有12株菌属于变形菌门,占所分离菌株的70.6%,为优势类群,且主要属于变形菌门的α-变形菌纲和γ-变形菌纲。对萨氏海鞘中分离得到的细菌利用2216E等4种不同的培养基进行发酵,以大肠杆菌(Escherichia coli)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)等5株多重耐药菌为指示菌株,采用琼脂扩散法对发酵产物进行抑菌活性研究。研究发现,能产生抑制屎肠球菌、粪肠球菌和金黄色葡萄球菌的活性物质的菌株数量多于抑制大肠杆菌和鼠伤寒沙门氏杆菌的菌株;最有利于产生抑菌(供试菌株)物质的培养基是ISP2海洋培养基;菌株H-7、H-8和H-9为易产生活性物质的菌株。利用传统平板培养法,以2216E为分离培养基,从中国胶州湾的萨氏海鞘中分离得到一株海洋细菌H-12T,并对其进行分类鉴定。结果显示,菌株H-12T属于红杆菌科、红杆菌属的一个新种,命名为Amylibacter cionae,其典型菌株为H-12T(=KCTC 52581T=CGMCC 1.15880T)。其16S rRNA基因序列比对结果显示与Amylibacter属的唯一种Amylibacter marinus 2-3T相似性最高为95.3%。其为革兰氏阴性、无鞭毛、杆菌,细胞大小约为0.6-1.1μm×1.5-2.2μm;在2216E平板上培养4天后,形成光滑、不透明、边缘整齐、浅黄色的圆形突起菌落。最适生长条件为25-30°C,3.0-4.0%NaCl,pH 7.0-8.0;严格好养菌。过氧化氢酶、氧化酶、明胶酶、水解吐温20,60实验结果为阳性;DNA G+C含量为53.7 mol%;主要的细胞醌为Q-10;主要的脂肪酸为C18:1ω7c和C18:1ω7c11-CH3;主要的极性脂为磷脂酰甘油(PG)、磷脂酰胆碱(PC)、磷脂酰乙醇胺(PE),一个未鉴定的氨基脂(AL)、两个未鉴定的磷脂(PL1-2)和一个未鉴定的脂质(L)。用传统平板培养法,以2216E为分离培养基,从中国胶州湾的海水沉积物中分离得到一株海洋细菌T17T,并对其进行分类鉴定。结果显示,菌株T17T属于Marinobacte属的一个新种,命名为Marinobacter bohaiensis,其典型菌株为T17T(=KCTC 52710T=MCCC 1K03282T)。其16S rRNA基因序列比对结果显示与Marinobacter属的唯一种Marinobacter lacisalsi LMG 24237T相似性最高为96.0%。其为革兰氏阴性、由一个端生鞭毛运动的杆菌,细胞大小约为0.6-1.2μm×1.3-2.2μm。菌株T17T在2216E平板培养3天后,形成光滑、不透明、边缘整齐、乳白色的圆形突起菌落;在MH平板上培养3天后,形成光滑、不透明、边缘整齐、浅黄色的圆形突起菌落;最适生长条件为35°C,6.0-10.0%NaCl,pH 7.0-8.0;严格好养菌。氧化酶、过氧化氢酶、淀粉酶、水解吐温20,60,80、脲酶、H2S产生实验结果为阳性;DNA G+C含量为63.0 mol%;主要的细胞醌为Q-9;主要的脂肪酸为C12:0、C16:0、C16:0 10-CH3和Sum feature 2。(本文来源于《青岛大学》期刊2017-05-27）
陈颐,杨虹琦,杨佳玫,王玉平,卢志伟[8]（2016）在《不同产地片烟内生细菌分离鉴定和系统发育分析》一文中研究指出1.实验方法1.1试验材料烟叶样品:实验用的材料为2015年中国6个省份主产烟区的烟叶样品,样品均为中部烟叶,将样品装入密封的无菌食品保鲜袋,放置于实验室-30℃冰箱保藏。1.2微生物的分离方法已表面消毒且晾干的片烟5g放入已消毒的研钵中(70%乙醇30s,用无菌水清洗3次,然后浸入0.2%升汞3-5min,取出备用),加入一定量的石英砂进行研磨,加入装有150mL无菌水的(本文来源于《全国农业生物化学与分子生物学第十五届学术研讨会会议文集》期刊2016-09-01）
康月茜[9]（2016）在《一种新型的细菌体内CRISPR/Cas9检测系统的建立及其活性鉴定》一文中研究指出目的CRISPR/Cas9是一种新型的基因编辑技术,其操作简单、可对基因组特定位点进行切割,但存在一定的脱靶性,有待深入探讨。本论文通过建立一种不受序列限制且酶切连接反应一步进行的分子克隆方法,构建Cas9蛋白在大肠埃希菌和耻垢分枝杆菌中的表达质粒,同时构建在耻垢分枝杆菌中表达结核分枝杆菌Clp C2蛋白和m Cherry荧光蛋白的质粒;在此基础上,构建一种在细菌体内通过同源重组和具有同源臂的荧光报告基因m Cherry对Cas9蛋白及不同的guide RNA设计对靶标序列的切割效率、脱靶效应等的检测系统。为后续深入研究CRISPR/Cas9系统的脱靶效应、guide RNA的设计及其生物学应用奠定实验基础。方法1.设计含有甲基化位点的引物,PCR目的基因和载体。将扩增得到的片段进行纯化,目的片段与载体PCR产物取相同摩尔数混合;利用识别甲基化C的Fsp EⅠ内切酶,向混合均匀的PCR产物中加入T4 DNA连接酶、Fsp EⅠ内切酶、activator、Fsp EⅠ内切酶buffer,以及ATP混匀,快速构建重组质粒p Tac-Cas9、p MV261-Cas9、p MV261-Clp C2及p MV261-m Cherry。分别将重组质粒p Tac-Cas9转化至E.coli DH5α;p MV261-Cas9、p MV261-Clp C2以及p MV261-m Cherry转化至耻垢分枝杆菌,利用Western-blot检测其蛋白的表达活性。2.通过在荧光报告基因mCherry的ORF中插入了guide RNA的靶标序列,并在靶标序列的两侧预留了不同长度的上下游同源编码区,利用Cas9蛋白切割,被隔开的m Cherry基因通过同源重组的方式进行自我修复,用肉眼直接观察是否出现红色菌落判断其修复功能。在此基础上,设计了与靶标序列互补长度不同的guide RNA以及向guide RNA添加与靶标序列不配对的碱基进行切割实验,利用抗性平板筛选,最后通过红色菌落进行计数,用SPSS软件进行分析。结果1.利用Fsp EⅠ内切酶和T4连接酶一步反应的分子克隆方法,成功构建了在大肠埃希菌DH5α的表达质粒p Tac-Cas9,测序鉴定正确,Western-blot检测结果显示Cas9蛋白在DH5α中表达成功;此外,利用该技术构建了可在分枝杆菌中表达的质粒p MV261-Cas9、p MV261-Clp C2及p MV261-m Cherry,并在耻垢分枝杆菌中成功表达Clp C2和m Cherry蛋白,但p MV261-Cas9转化耻垢分枝杆菌不成功,原因有待进一步研究。2.通过在荧光报告基因mCherry的ORF中插入了guide RNA的靶标序列,并在靶标序列的两侧预留了不同长度的上下游同源编码区,通过Cas9蛋白切割实验发现,没有同源区域的质粒被切割后无红色菌落。而包含42bp、78bp、136bp同源区的质粒被Cas9切割后可以有效重组,经过红色菌落计数,发现具有相似的重组效率;与靶标序列互补长度不同的guide RNA,结果显示配对区域为19bp具有最高的切割效率,20bp次之,其他长度效率依次降低;向guide RNA添加与靶标序列不配对的碱基进行切割实验,发现guide RNA相比靶标序列突变的碱基位置位于倒数第二位或第六位(5′-3′)仍能被Cas9切割,出现脱靶效应。结论1.成功建立了一种不受序列限制、酶切连接反应一步进行的分子克隆方法,构建了在大肠埃希菌DH5α中的表达质粒p Tac-Cas9、分枝杆菌中的表达质粒p MV261-Cas9、p MV261-Clp C2及p MV261-m Cherry质粒,并在大肠埃希菌DH5α中表达了Cas9蛋白,同时在耻垢分枝杆菌中表达了Clp C2蛋白。2.成功建立了一种在细菌体内利用同源重组和具有同源臂的荧光报告基因m Cherry对Cas9蛋白及不同的guide RNA设计对靶标序列的切割效率、脱靶效应的检测系统。(本文来源于《重庆医科大学》期刊2016-04-01）
叶青华[10]（2016）在《食源性致病菌肠杆菌科细菌数值鉴定系统和耐药性研究》一文中研究指出致病微生物尤其是肠杆菌科某些菌如沙门氏菌、小肠结肠炎耶尔森菌等引起的食源性感染是食源性疾病发生的突出因素,为有效遏制这些感染性疾病的发生,对这些致病菌的快速鉴定成为迫切需要解决的问题。并且随着抗生素在临床与农业生产的广泛使用,肠杆菌科细菌耐药株迅速出现,多重耐药严重,己成为21世纪最大的公共卫生安全问题之一。本论文针对目前我国在商品化的数值鉴定系统空白及食源性致病菌耐药性监测方面缺乏系统性研究的问题,以肠杆菌科细菌为研究对象研制出具有自主知识产权的肠杆菌科数值鉴定系统;在此基础上,以本系统鉴定的肠杆菌科细菌种为受试菌株,从细菌学分析、抗生素敏感性实验以及超广谱β-内酰胺酶(extended spectrumβ-lactamase,ESBL)、质粒介导头孢素酶(plasmid-mediated cephalosporinase,AmpC)的分子生物学分类等方面进行研究,探讨我国食品与广州珠江水样中肠杆菌科细菌的耐药现状、ESBL与AmpC的流行情况及基因型分布。具体研究内容和结果如下:1、建立了肠杆菌科数值鉴定系统理论模型,与现行商品化的数值鉴定系统相比增加了各菌属与小肠结肠炎耶尔森菌6种生物型的数学模块,通过优化后筛选出不同于目前市面上进口的任何相似产品的24种生化反应组合,研制出生化鉴定条;结合我国肠杆菌科细菌主要生化型特征制定了适合我国肠杆菌科数值鉴定系统结果评价标准;利用C++6编写了数值鉴定分析软件Numide v1.0,实现在线分析功能。2、对建立的数值鉴定系统进行置信度的验证与应用,API 20E(梅里埃,法国)和MID-GNA+MID-GNB(Microgen,英国)对某些16S rRNA基因测序结果为肠杆菌科细菌株鉴定为非肠杆菌科细菌,而本系统与测序结果一致,表明本系统针对性较强;本系统对小肠结肠炎耶尔森菌、沙门氏菌、阪崎肠杆菌、无丙二酸盐柠檬酸菌、克氏柠檬酸菌等的鉴定效果比进口API 20E、MID-GNA或/和MID-GNB产品更优,具有广泛应用价值。3、我国食品中小肠结肠炎耶尔森菌的生物型/血清型以1A/O:8为主;没有出现典型的致病菌株,但携带有除inv、ail、ystA、yadA、virF 5种典型毒力基因外的其他9种毒力基因,并分离到了1株1A型ail阳性菌株,具有潜在的致病性;全部菌株均为多重耐药株,耐3种抗生素以上分离株为92.2%;ERIC聚类结果比较分散,无明显优势ERIC型别,ERIC型别与生物型、血清型、毒力基因型、药敏型、菌株来源、采样地点均不具有相关性,具有遗传多样性特征。4、广州食品与珠江水样中分离的282株肠杆菌科细菌,55.3%的分离株为多重耐药株,耐3种抗生素以上分离株为42.2%;经双纸片确认和叁维试验初筛分别有25、27株分离株产ESBL与AmpC酶,其中1株同时产ESBL和AmpC酶,产酶菌株的耐药性高于非产酶菌株;经PCR扩增及序列分析,产质粒编码ESBL和Amp C酶基因型分别以CTX-M型和DHA-1亚型为主;Ⅰ类整合子基因检出率为100%,Ⅱ类整合子基因无检出;接合实验中产酶分离株的接合率为25.5%,供体菌相应的β-内酰胺酶基因与β-内酰胺类抗生素的耐药性传递给了受体菌,且部分接合子出现了对非β-内酰胺类抗生素的耐药,表明质粒编码ESBL编码和AmpC酶基因可通过接合转移方式使ESBL和AmpC酶基因水平传播、β-内酰胺类抗生素耐药性横向传递,以及部分非β-内酰胺类抗生素的耐药性可以与β-内酰胺类抗生素的耐药性随质粒发生共转移,从而导致多重耐药性的蔓延。5、全国食品中分离的1024株肠杆菌科细菌,产ESBL酶菌株的检出率为9.4%,ESBL阳性样本率为16.8%;产ESBL酶分离株除对碳青霉稀类(5.2%)与头孢西丁(6.3%)的耐药率相对较低外,对其他抗生素的耐药率均在47.9%以上,94.8%的分离株耐7种及7种以上的抗生素;产ESBL酶菌株β-内酰胺酶以CTX-M和TEM基因型为主,87.1%的菌株携带2种及2种以上β-内酰胺酶基因;Ⅰ类整合子基因检出率为97.2%,Ⅱ类整合子基因无检出;接合率为30.6%,供体菌相应的β-内酰胺酶基因与β-内酰胺类抗生素的耐药性传递给了受体菌,且部分接合子出现了对非β-内酰胺类抗生素的耐药,进一步表明细菌的耐药性与耐药基因可通过质粒接合转移方式而蔓延。本论文研制的肠杆菌科数值鉴定系统不仅打破了西方发达国家的技术壁垒,而且为促进其它种类细菌检验的类似鉴定系统的开发和应用,建立系列的简便快速的细菌数值鉴定方法方面提供技术支持。同时本论文研究的质粒型产ESBL与AmpC酶的流行规律、耐药基因型分布及耐药的分子机制,为正确掌握我国食源性细菌耐药的发展趋势、合理使用抗生素及控制耐药基因的蔓延提供理论依据。(本文来源于《华南理工大学》期刊2016-01-14）
细菌系统鉴定论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
水稻细菌性褐条病(BBS)是由种传细菌Acidovorax oryzae(Ao)所引起,属于革兰氏阴性菌,对世界范围内的水稻生产造成了严重的经济损失。传统的防治方法对该种传病害的防治效果较为有限。植物病原细菌分泌的效应蛋白在感染宿主植物的过程中发挥重要作用,从分泌系统的角度来阐明Ao的致病机制,不仅有利于对该病害进行有效的防控,而且对抗性育种也很有帮助。例如利用天然拮抗微生物和生物合成的纳米颗粒等基于生物防治的植物保护方法,对BBS的防治中有可能替代传统的化学防治手段。生物防治具有天然、无污染、高效率和特异性等好处,使其成为控制植物细菌病害的重要候选。有趣的是,Ao菌株RS-1的全基因组分析已经鉴定出大量分泌系统相关基因,我们课题组最近的研究表明T6SS和T4SS基因在Ao菌株RS-2的毒力方面发挥作用。然而,Ⅲ型分泌系统(T3SS)基因簇的基因在Ao菌株RS-2中的作用尚未研究。因此,对菌株RS-2的T3SS基因的研究为揭示水稻BBS病害的致病机制提供了基础;并且耐盐性根际细菌和生物银纳米粒子也为该水稻病害的防治提供了新的选择。基于这些问题,本研究项目开展了一系列研究工作,为水稻BBS的防治策略提供了理论指导和更多防治方法的选择。首先,本研究通过使用插入缺失突变方法构建了 21个T3SS基因突变体,通过比较野生型菌株RS-2和突变体之间的毒力相关表型来研究Ao菌株RS-2的致病机制。其中,9个T3SS基因突变体如 hrcS,△hrcQ,△hpaP,△hrpY,△hrcT,△hrpE,△hrpB4,△hrcJ和△hrpB2不仅显着降低了细菌毒力,而且还使生物膜产量降低了 36.9～53.3%。另一方面,它们的回补菌株则与野生型菌株RS-2有相似的毒力。另外,7个T3SS基因hrcS,hrcQ,hpaP,hrpY,hrpE,hrpB4和hrcJ参与了细菌的游动性,两个基因hrcQ和hrpE参与了EPS的产生。然而,与野生型菌株RS-2相比,T3SS基因的突变没有引起噬菌体敏感性及细胞外酶活性的变化。总体而言,本研究的数据表明T3SS基因参与了Ao菌株RS-2中的细菌致病性,生物膜形成,细菌游动性和EPS的产生。在本论文中,我们研究了多株耐盐芽孢杆菌作为潜在的生物防治剂,来拮抗水稻细菌性褐条病菌RS-1和RS-2。首先,我们从孟加拉国盐渍土壤种植的不同作物根际中分离出总共136株耐盐细菌。其中,15株对RS-1和RS-2表现出强烈的离体和活体拮抗活性,对菌株RS-1的抑菌圈直径为13.2至17.3 mm,对RS-2的抑菌圈直径为14.6至19.0 mm。根据其生理生化特征和脂肪酸谱,将这15种潜在的拮抗菌株鉴定为“operational group Bacillus amyloliqlefaciens”,并进一步通过对最有效的拮抗菌株K5-3和PPB6的gyrA和rpoB基因的序列进行了分析验证。进一步实验发现,拮抗菌株K5-3和PPB6可以在缺铁培养基中产生嗜铁素;基于MALDI-TOF的分析发现,它们产生属于叁个家族(surfactin,iturin和fengycin)的四种次级代谢物;TEM观察发现菌株K5-3和PPB6的培养滤液(v/v,50%)不仅导致水稻细菌性褐条病菌的细胞膜损伤,细胞数量减少73～80%,生物膜形成减少55～65%,游动性减少42～50%。这些研究结果表明,这些耐盐细菌特别是菌株K5-3和PPB6通过多种机制显着抑制了水稻细菌性褐条病菌。类似地,本文对利用银纳米粒子(AgNPs)作为化学药剂的新兴潜在替代品来防治Ao菌株RS-2的效果进行了研究。本研究从余甘子新鲜果实提取物中合成了 AgNPs,并通过紫外-可见光谱和能量色散分光光度计(EDX),傅里叶变换红外光谱(FTIR,X射线衍射图谱(XRD)分析和电子显微镜检测进一步证实和鉴定。紫外-可见光谱显示在约430nm处可观测到表面等离子共振峰,与银纳米颗粒相对应;FTIR光谱进一步揭示了参与合成AgNPs的生物部分;电子显微镜显示AgNPs为球形;XRD显示了AgNPs的晶体性质,预测粒度范围为19.8至92.8 nm,平均为39.1 nm。生物学测定发现合成的AgNPs离体抑制了菌株RS-2的生长,对Ao抑菌圈直径随着AgNPs的浓度增加而增加,合成的AgNPs在20 μg/mL时对Ao显示出显着的杀菌活性,与对照相比OD600值降低了 62.41%;在AgNPs存在时,细菌存活率随着接触时间的增加而降低。TEM观察到AgNPs能够引起水稻褐条病菌细胞膜的损伤,降低了细菌生物膜的形成和游动性,诱导了菌株RS-2中T6SS效应蛋白Hcp的分泌。活死菌染色结果发现用AgNPs处理后菌株RS-2中的绿色荧光活细胞的数量显着降低,而红色荧光的死细胞增多,表明由于细胞膜的损伤抑制了细菌生长。总而言之,本研究表明,生物合成的AgNPs对水稻细菌性褐条病菌有强烈的抑制效果,是一种新的环境友好型的防控水稻细菌性病害的方法。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
细菌系统鉴定论文参考文献
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论文知识图
