马丙酮酸脱氢酶激酶4基因序列生物信息学分析

论文摘要

通过采用生物信息学软件对马丙酮酸脱氢酶激酶4 (pyruvate dehydrogenase kinase 4,PDK4)基因序列进行生物信息学的初步研究分析,从而发现该酶基因序列编码特征及其二级结构规律。结果表明:马PDK4的CDS区AUU、AUG和GAU密码子出现的次数最多(14次),分别占总413个密码子的34‰。未参与编码的密码子UGC的RSCU值最小(为0),ACA密码子的RSCU为最大值2.22,CAU、CAC、CGA、AAA、AAG 5个密码子的RSCU值为1(即未发现密码子使用偏好)。马PDK4的CDS区共翻译出412个氨基酸,这些氨基酸以亮氨酸的比例最高,色氨酸的比例最低。PDK4的蛋白质二级结构以无规则卷曲为主,β折叠和α螺旋为辅,构成其复杂的空间结构。马PDK4多肽链中亲水性氨基酸分布多于疏水性氨基酸,PDK4蛋白质整体疏水性较差。预测马PDK4多肽链的等电点为6.64。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 采用的马PDK4序列
•   1.2 分析方法
• 2 结果
•   2.1 马PDK4 CDS区的密码子编码情况
•   2.2 PDK4的CDS密码子3个位置出现4种核苷酸的统计分析
•   2.3 对PDK4的CDS区氨基酸使用情况的统计
•   2.4 马PDK4氨基酸序列的二级结构分析
•   2.5 马PDK4氨基酸序列的疏水性分析
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 陈建兴,马芷妍,刘永斌,刘娟,董彦飞,孙玉江

关键词: 肌酸激酶,生物信息学分析,二级结构

来源: 畜牧与饲料科学 2019年11期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 畜牧与动物医学

单位: 赤峰学院化学与生命科学学院,内蒙古自治区农牧业科学院,青岛农业大学动物科技学院,东营职业学院

基金: 内蒙古自治区科学技术厅博士基金项目（2015BS0310）,山东省农业良种工程项目重大课题（2013lz016,2017LZGC020,2017LZN022）,山东省现代农业产业技术体系驴创新团队建设专项基金（SDAIT-27）,国家外国专家局教科文卫重点引智项目（20173702055,20183500044）

分类号: S852.2

页码: 1-6

总页数: 6

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