PPI基因对在癌症中的共表达分析

论文摘要

蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）可通过基因表达量之间的相关系数来反映.研究癌细胞或组织中全局的PPI,有利于了解基因型和表型之间的关系,更好地发掘正常与异常细胞或组织之间的癌症发生发展机制.文中利用TCGA数据库中11种癌症5 726个样本的mRNA表达数据和临床信息,结合STRING和HPRD数据库中的PPI基因对,使用皮尔逊相关系数计算癌症组织特异PPI基因对在正常样本和癌症不同时期样本的相关系数,筛选得到癌症紊乱及癌症特异的PPI基因对.通过基因差异表达与生存分析,得到可能影响癌症发生发展的关键PPI基因对.结果表明:PPI基因对在癌症样本中的相关性要显著低于正常样本.癌症紊乱PPI基因对有2 812对,其中LRSAM1、ATXN1、SMARCC2与SMARCA2等基因出现在多个癌症中并通过相互作用聚类成网络模块,可能在癌症中发挥重要作用;癌症特异PPI基因对有31对,其中BMP1与COL1A1在癌症中的相互作用很可能促进癌细胞的迁移和浸润转移,对癌症产生、发展产生重要的影响.此外,在癌症紊乱及特异中筛选了113对具有差异表达的PPI基因对,其中有16对显著差异PPI基因对在7个癌症中具有生存显著差异.

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 癌症表达谱数据
•   1.2 组织特异的可信PPI基因对集合
•   1.3 PPI基因对的相关性分析及癌症紊乱、癌症特异的PPI基因对集合筛选
•   1.4 KEGG聚类与网络模块分析
•   1.5 基因差异表达及生存分析
• 2 结果与讨论
•   2.1 组织特异的PPI基因对集合
•   2.2 PPI基因对在正常样本和癌症样本各时期的相关性
•   2.3 癌症紊乱的PPI基因对
•   2.4 癌症特异的PPI基因对
•   2.5 癌症紊乱及特异PPI基因对的差异表达及生存分析
• 3 结语

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 蒙裕欢,白云梦,崔莹,杜红丽

关键词: 癌症,蛋白质蛋白质相互作用,基因共表达

来源: 华南理工大学学报(自然科学版) 2019年11期

年度: 2019

分类: 工程科技Ⅱ辑,医药卫生科技

专业: 肿瘤学

单位: 华南理工大学生物科学与工程学院

基金: 中国博士后科学基金资助项目(2018M633045)~~

分类号: R730.2

页码: 78-88

总页数: 11

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