虹鳟Hsp40家族基因鉴定及其热应激下的表达分析

论文摘要

虹鳟（Oncorhynchus mykiss）作为典型的冷水性鱼类,对较高水温的耐受能力差,随着全球气候变暖,夏季高温对其养殖的威胁越来越严重。为了进一步探寻热休克蛋白（heat shock proteins, Hsps）在虹鳟热应激过程中的作用及其机理,本研究通过对虹鳟基因组数据库和RNA-seq数据进行生物信息学分析,共鉴定出36个Hsp40家族基因,并在全基因组水平对虹鳟Hsp40家族基因进行了理化性质、系统发育、基因结构及基因水平表达谱的系统分析。结果显示,根据结构的相似性这些基因可分为3种不同的亚型:Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ,编码氨基酸190～760个,理论等电点5.01～9.09;基因结构分析显示,虹鳟Hsp40家族基因都只有1个外显子;亚细胞定位分析表明,虹鳟Hsp40家族基因主要在细胞质、细胞核和线粒体中表达;二级结构主要以α-螺旋和不规则卷曲为主。通过RNA-seq数据对虹鳟Hsp40表达谱分析显示,虹鳟热应激后有8个Hsp40基因在肝脏中表达上调,10个基因在头肾中表达上调,在两个组织中均表达且上调的基因有7个。热应激后Hsp40家族基因的显著表达调控表明Hsp40家族基因参与了虹鳟热应激,该结果为研究Hsp40家族基因成员抗热应激的调控机制提供基础数据。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 虹鳟Hsp40家族基因成员的鉴定
•   1.2 虹鳟Hsp40家族成员编码蛋白理化性质分析
•   1.3 虹鳟HSP40家族基因系统发育树的构建
•   1.4 基因结构、motif序列及亚细胞定位分析
•   1.5 虹鳟Hsp40家族基因热应激下基因表达分析
• 2 结果与分析
•   2.1 虹鳟Hsp40家族基因的鉴定与分析
•   2.2 虹鳟Hsp40家族基因多序列比对及其进化分析
•   2.3 虹鳟Hsp40家族基因结构和motif序列分析
•   2.4 虹鳟Hsp40家族基因亚细胞定位预测和蛋白质二级结构分析
•   2.5 虹鳟Hsp40家族基因表达谱分析
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 马芳,刘哲,康玉军,权金强

关键词: 虹鳟,家族基因,热应激,基因表达谱

来源: 农业生物技术学报 2019年10期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,水产和渔业

单位: 甘肃农业大学动物科学技术学院

基金: 国家自然科学基金(No.31660735)

分类号: S917.4

页码: 1782-1792

总页数: 11

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