论文摘要
关键蛋白质是生物体内一切生命活动中不可缺少的物质基础,关键蛋白质的识别不仅可以从理论上理解生命活动机理,同时在实际应用中为药物研制、疾病治疗提供重要基础。目前,现有的关键蛋白质识别算法大多应用在静态PPI网络上,忽略了蛋白质的动态性和保守性,只考虑网络拓扑结构,忽略了蛋白质的生物特性,并且未能完全解决PPI网络中假阳性和假阴性问题。针对以上问题,构建一种混合动态保守蛋白质的时序加权PPI网络,并提出一种名为JTBC(Joint Topological properties,Biological properties and Complexes information)的关键蛋白质识别算法。利用基因表达数据提取动态蛋白质和保守蛋白质的活性信息,以动态调整静态PPI网络进而构建时序PPI网络,有效降低了PPI网络中的假阴性;设计一种融合双重拓扑特性的点边凝聚度DEcc(node and edge cohesion coefficient),以衡量蛋白质在PPI网络中的拓扑特性,再结合带有生物特性的蛋白质结构域信息和皮尔逊相关系数为时序PPI网络加权,以准确描述蛋白质之间的相互作用,减少了假阳性的影响;根据关键蛋白质的聚集特性和共表达特性,设计一种共表达复合物中心性方法局部评估蛋白质的重要程度。综上考虑,整合权重信息和蛋白质复合物信息来综合衡量蛋白质的关键性。实验结果表明该算法能够从全局和局部特性较准确地识别关键蛋白质。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 胡健,朱海湾,毛伊敏
关键词: 关键蛋白质,保守蛋白质,蛋白质结构域,共表达复合物中心性
来源: 计算机工程与应用 2019年23期
年度: 2019
分类: 信息科技,基础科学
专业: 生物学,计算机软件及计算机应用
单位: 江西理工大学应用科学学院,江西理工大学信息工程学院
基金: 国家自然科学基金（No.41562019,No.41530640）,江西省自然科学基金（No.20161BAB203093,No.GJJ161566）,江西省教育厅科技项目（No.GJJ151528,No.GJJ151531）,省社科规划项目（No.13YD020）
分类号: Q51;TP301.6
页码: 150-162
总页数: 13
文件大小: 2436K
下载量: 130
相关论文文献
- [1].不得不知的蛋白质三大功能[J]. 现代养生 2020(17)
- [2].酷算龙(四)[J]. 小学科技 2011(02)
- [3].当基因爱上蛋白质[J]. 生命的化学 2019(05)
- [4].生命离不开蛋白质[J]. 科学大观园 2009(05)
- [5].科学家为你设计手工蛋白质[J]. 世界科学 2018(02)
- [6].基于氨基酸序列和模拟结构预测蛋白质稳定性的研究进展[J]. 生物技术通报 2017(04)
- [7].如何补充蛋白质食物才科学[J]. 烹调知识 2016(09)
- [8].《生命活动的主要承担者——蛋白质》一节的教学设计[J]. 新课程(中学) 2014(12)
- [9].分龄解读蛋白质补充[J]. 父母必读 2015(07)
- [10].蛋白质——生命的基础材料[J]. 现代养生 2012(06)
- [11].蛋白质是人体的原材料[J]. 现代养生 2012(14)
- [12].初学者做好蛋白质SDS-PAGE需要注意的一些问题[J]. 生物学通报 2011(06)
- [13].我曾只想做一枚安静的蛋白质[J]. 生命的化学 2019(06)
- [14].基于网络资本评估和节点失效的关键蛋白质识别算法研究[J]. 智能计算机与应用 2016(06)
- [15].近红外成像用于双向电泳前的蛋白质快速定量[J]. 分析科学学报 2017(04)
- [16].家兔对蛋白质营养需要的分析[J]. 现代畜牧科技 2017(11)
- [17].研究发现蛋白质可通过“展开”来预防机能失调及疾病[J]. 广东药科大学学报 2017(05)
- [18].浅析蛋白质的相关问题[J]. 中学生物教学 2016(Z1)
- [19].健康人的尿液中为什么会有蛋白质?[J]. 中国科学:生命科学 2020(03)
- [20].蛋白质互作技术研究进展[J]. 湖北农业科学 2019(12)
- [21].动态蛋白质网络的构建、分析及应用研究进展[J]. 计算机研究与发展 2017(06)
- [22].有关蛋白质问题的解题策略[J]. 中学生数理化(学习研究) 2016(07)
- [23].第十讲 人体必需的营养素——蛋白质[J]. 现代养生 2014(01)
- [24].浅谈运动员如何补充蛋白质[J]. 田径 2011(03)
- [25].巧搭蛋白质[J]. 养生大世界(B版) 2009(05)
- [26].如何评价蛋白质的优劣[J]. 科学健身(健美先生) 2009(04)
- [27].漫话蛋白质[J]. 云南科技管理 2011(05)
- [28].热处理对蛋白质的影响[J]. 食品安全导刊 2015(36)
- [29].常见蛋白质易错题的归类分析[J]. 中学生物学 2011(01)
- [30].生命活动的主要承担者——蛋白质[J]. 课程教育研究 2015(23)
标签：关键蛋白质论文; 保守蛋白质论文; 蛋白质结构域论文; 共表达复合物中心性论文;