鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB基因缺失株相关耐药基因的RNA-seq分析

论文摘要

[目的]应用转录组测序技术（RNA-seq）筛选鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB相关的靶基因,揭示baeSR和acrB的转录调控机制,为深入研究鼠伤寒沙门菌耐药机制奠定基础。[方法]本研究采用RNA-seq技术对鼠伤寒沙门菌体外诱导环丙耐药株CR、acrB基因缺失株CRΔacrB及baeSR和acrB双基因缺失株CRΔbaeSRΔacrB的mRNA进行比对,分析baeSR和acrB基因缺失后表达量变化的相关耐药基因,并对其进行GO富集和KEGG分析,深入探索筛选基因的主要功能。随机抽取若干个差异表达基因,利用实时荧光定量PCR对其验证。[结果]以|log2（FoldChange）|>1且qvalue<0.005为条件,其中CRΔacrB/CR共筛选到1320个差异表达基因,894个下调,426个上调;CRΔbaeSRΔacrB/CR共筛选到1377个差异表达基因,972个下调,405个上调。富集分析结果显示,差异基因主要集中在代谢途径、ABC转运系统、双组份信号转导系统、鞭毛组装、β-内酰胺抗性等通路。其中,ompR、csgD、fliA、fliG可通过调节细菌生物膜形成能力调控其对多种药物的耐药性;emrA、mdtC、yejE属于外排泵相关基因,可介导细菌对黏菌素、新生霉素等的耐药性;STM3031可介导沙门菌的头孢曲松抗性;pmrF可参与调节细菌对多粘菌素的抗性。荧光定量PCR验证结果与RNA-Seq结果趋势基本一致。[结论]鼠伤寒沙门菌acrB和baeSR基因缺失可影响相关耐药基因的表达,为深入研究acrB和baeSR的耐药机制提供依据。

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文章来源

类型: 国内会议

作者: 李锐,徐军,高海侠,王瑞,李琳

关键词: 鼠伤寒沙门菌,相关耐药基因

来源: 中国畜牧兽医学会兽医药理毒理学分会第十五次学术讨论会 2019-10-13

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 安徽农业大学动物科技学院

分类号: S852.61

DOI: 10.26914/c.cnkihy.2019.034696

页码: 258-259

总页数: 2

文件大小: 150k

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