大肠杆菌免疫蛋白OmpA生物信息学分析及表位多肽疫苗设计

论文摘要

为进一步提高大肠杆菌外膜蛋白（OmpA）的免疫效果,对大肠杆菌的OmpA进行生物信息学分析并设计其表位多肽重组疫苗。运用DNAMAN 8.0和MEGA 5.0分别对OmpA进行同源性及系统发生分析,通过ExPASy-ProtParam对OmpA的理化性质进行分析,分别采用Signal P 4.1与TMHMM Serverv.2.0对OmpA进行信号肽和跨膜结构预测,应用SOPMA和SWISS-MODEL对OmpA进行二级结构和三级结构预测,通过String进行蛋白质互作网络分析,使用BepiPred 1.0和ABCpred方法预测OmpA的B细胞抗原表位,利用神经网络法与MHC-Ⅱ类分子结合肽在线预测程序预测OmpA的CTL和Th细胞抗原表位,采用DNASTAR.Lasergene.v 7.1拼接获得优势抗原表位。进化关系结果显示,OmpA在肠道菌属间遗传进化关系较近,OmpA抗体可能为不同种肠道细菌的感染提供交叉免疫保护。OmpA为亲水性蛋白质,第1—21位氨基酸为信号肽位置,具跨膜结构。OmpA的二级结构中以无规则卷曲（45.66%）、α-螺旋（31.79%）、β-片层（16.18%）和β-转角（6.36%）为主,其三级结构为桶状结构。OmpA与par、coa蛋白之间存在互作。OmpA可能有4个B细胞抗原表位,1个CTL细胞抗原表位,1个Th细胞抗原表位,且重组获得抗原性较好的OmpA表位多肽。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 材料
•   1.2 方法
•     1.2.1 进化关系预测
•     1.2.2 理化性质预测
•     1.2.3 信号肽、跨膜结构与高级结构预测
•     1.2.4 蛋白质互作网络分析
•     1.2.5 细胞表位预测
•     1.2.6 串联表位重组分析
• 2 结果与分析
•   2.1 大肠杆菌OmpA的同源性与系统发生分析
•   2.2 大肠杆菌OmpA理化性质分析
•   2.3 大肠杆菌OmpA的信号肽与跨膜结构预测
•   2.4 大肠杆菌OmpA的二级结构和三级结构分析
•   2.5 大肠杆菌OmpA的蛋白质互作网络分析
•   2.6 大肠杆菌OmpA的B细胞表位分析
•   2.7 大肠杆菌OmpA的T细胞抗原表位预测
•     2.7.1 大肠杆菌OmpA的CTL细胞抗原表位预测
•     2.7.2 大肠杆菌OmpA的Th细胞抗原表位预测
•   2.8 大肠杆菌OmpA重组串联抗原表位分子设计
• 3 结论与讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 伍娜娜,荣娜,康超,刘祥,陈琛,陈春琳,丁锐,吴三桥

关键词: 大肠杆菌,表位多肽疫苗,生物信息学分析

来源: 河南农业科学 2019年06期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 陕西理工大学生物科学与工程学院/中德天然产物研究所,陕西省天麻山茱萸工程技术研究中心

基金: 陕西理工大学人才项目(SLGQD1803),陕西省教育厅科学研究计划项目(17JK0137),国家外国专家局项目(GDT20186100426)

分类号: S852.4

DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2019.06.020

页码: 131-138

总页数: 8

文件大小: 3123K

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