应用ABEEMσπ/GB-SA方法估算4个带电二肽的溶剂化自由能

论文摘要

采用B3LYP/6-311++G（d,p）理论水平优化获得体系的稳定几何结构.在相同的理论水平下,使用SMD溶剂模型,计算这些分子在水溶剂中的溶剂化自由能,并以其作为标准值.将各分子的稳定结构作为初始结构,在298 K、NVT系综下,应用ABEEMσπ可极化分子力场,对氨基酸侧链分子的水溶液进行分子动力学模拟,模拟的时间为1ns.平衡后的结构作为训练集,以调节和确定ABEEMσπ的相关参数,最终得到与从头计算相一致的溶剂化自由能.使用相同的参数,计算带电氨基酸二肽的溶剂化自由能,ABEEMσπ的计算结果与从头计算结果具有良好的一致性,表明该参数具有可转移性,这为研究多肽和蛋白质分子的溶剂化自由能奠定了基础.

论文目录

• 1 计算方法
•   1.1 ABEEMσπ可极化分子力场
•   1.2 ABEEMσπ/GB-SA模型
•   1.3 计算细节
• 2 结果讨论
•   2.1 侧链带电的氨基酸二肽的电荷分布
•   2.2 二肽分子的溶剂化自由能
• 3 结论与展望

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 赵东霞,张超,孟祥娜

关键词: 氨基酸侧链,带电二肽分子,原子电荷,可极化分子力场,溶剂化自由能

来源: 辽宁师范大学学报(自然科学版) 2019年04期

年度: 2019

分类: 基础科学,工程科技Ⅰ辑

专业: 化学

单位: 辽宁师范大学化学化工学院

基金: 国家自然科学基金资助项目（21133005,21473083）

分类号: O629.7

页码: 471-476

总页数: 6

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