导读:本文包含了小蛋白论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:蛋白,蛋白质,疏水,微生物,斯坦福,宏基,稻瘟病。
小蛋白论文文献综述
[1]（2019）在《人体内隐秘小蛋白大规模发掘研究开辟宏微生物基因组新领域》一文中研究指出人体及其内部的微生物群系(microbiome)共同构成一个共生"微生态"体系。这些微生物们定居在人体内的黏膜和与外界环境接触的皮肤环境中,其个体数量和人体的体细胞数量相当,并且编码的基因比人类基因组多得多[1]。研究表明,人体内时刻都存在着500～1000种细菌,并且独特的基因型(亚种)的数量可能比(本文来源于《海南医学》期刊2019年17期）
冯卫东[2]（2019）在《人类微生物组中新发现数千种小蛋白家族》一文中研究指出科技日报纽约8月10日电（记者冯卫东）据《细胞》杂志近日报道，研究人员在人类微生物组中发现了4000多个新的小蛋白家族。这项研究是通过识别和编目将小微生物蛋白与人类疾病联系起来的第一个“关键步骤”。人类微生物组被认为有助于维持健康，也与肥胖相关(本文来源于《科技日报》期刊2019-08-12）
黄沈鑫,张子辉,陈孝仁[3]（2019）在《恶疫霉质外体小蛋白SCR96的抗体制备及检测应用》一文中研究指出PcF/SCR型效应蛋白是卵菌泌出到植物质外体空间的一类疏水小蛋白,但目前对其功能知之甚少。研究的困难之一就是这些蛋白分子量小,融合的蛋白检测标签不仅会影响蛋白的活性,而且也容易在质外体空间被加工降解掉,影响蛋白检测。为解决这两个难题,便于分析该类效应蛋白在植物病原卵菌侵染致病中的作用,本研究以恶疫霉(Phtophthora cactorum)中的SCR96为研究对象,把化学合成的SCR96成熟短肽(73 aa,MW 8058.94)作为抗原,通过免疫新西兰白兔获得了高效价的免疫多抗血清,抗体经亲和纯化后ELISA效价达到1:128 000;该抗体可特异性地检测出酵母、本氏烟表达出的SCR96及其缺失突变体蛋白。本研究制备出的多克隆抗体在SCR96蛋白结构、功能及其与寄主的互作研究中具有重要意义。(本文来源于《中国植物病理学会2019年学术年会论文集》期刊2019-07-20）
张子辉,黄沈鑫,陶航,张烨,赵耀[4]（2019）在《辣椒疫霉质外体疏水小蛋白SCR82编码基因的转录特征、异源表达和功能》一文中研究指出【目的】分析PcF/SCR质外体疏水小蛋白SCR82编码基因在辣椒疫霉生长发育和侵染寄主阶段的转录特征,克隆其cDNA和基因组全长序列,分析蛋白性状及其序列保守性,利用大肠杆菌表达并获得纯化蛋白,分析其生物学功能。【方法】提取辣椒疫霉菌丝、游动孢子囊、游动孢子、萌发休止孢和7个侵染时间点(1.5、3、6、12、24、36、72 h)的本氏烟根部总RNA,利用半定量RT-PCR分析scr82的转录表达水平;通过高保真PCR从萌发休止孢cDNA和基因组DNA中克隆出该基因全长序列;利用软件对SCR82进行生物信息学分析,挖掘其他物种中的同源序列,预测蛋白性状;将c DNA全长序列克隆到含6×His-SUMO序列的p ET28a(+)中,在不同温度(22、37°C)和IPTG浓度(0.1、0.2、0.5、1.0 mmol/L)组合条件下利用大肠杆菌Rossette 2菌株表达该蛋白,利用Ni~(2+)亲和层析柱纯化蛋白;将蛋白浸润本氏烟和拟南芥叶片,分析它是否引起植物细胞死亡,蛋白浸润12、24h后利用RT-qPCR分析本氏烟中3个抗性相关基因(NbMC1、NbSOD、NbPOX)的表达量变化。【结果】scr82基因在辣椒疫霉萌发休止孢和侵染寄主阶段上调表达;该基因为辣椒疫霉中单拷贝基因,不含内含子,开放阅读框为249 bp;预测其编码82个氨基酸,包含长度为21个氨基酸的信号肽序列和7个半胱氨酸但不含有任何已知功能域,蛋白疏水性强,二级结构主要为α-螺旋和不规则卷曲,在疫霉菌中保守;含重组质粒的菌株在22°C经0.2 mmol/L的IPTG诱导过夜(～16 h)产生大小约24 kDa的融合蛋白,纯化获得30 mg/mL的可溶性蛋白;融合蛋白不引起本氏烟和拟南芥叶片的细胞死亡,但导致本氏烟抗性相关基因均上调表达。【结论】本研究获得了辣椒疫霉胞外疏水小蛋白SCR82的原核表达蛋白,该蛋白不引起植物细胞死亡,但触发植物的防卫反应。(本文来源于《微生物学报》期刊2019年08期）
何崔同[5]（2018）在《酵母小蛋白的蛋白质基因组学研究》一文中研究指出小蛋白质(small proteins,SPs)通常指由小开放阅读框(short open reading frames,sORFs)编码长度小于100个氨基酸(AA)的多肽。研究发现小蛋白质参与了基因表达调控、细胞信号转导和代谢等重要生物学过程。然而,小蛋白质研究面临着很多技术难题,进展缓慢。小蛋白质编码基因在注释过程中也存在很多技术难题、易被忽略。几乎所有生命体中的大多数已注释小蛋白质尚缺少蛋白水平存在的实验证据及相关功能研究,被称为漏检蛋白(missing proteins,MPs)。小蛋白质丰度比较低,在蛋白质鉴定中面临很大的挑战。小蛋白质鉴定覆盖度的提高有助于研究者验证更多MPs、发现更多漏注释sORF。我们以酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae S288C)作为研究对象,优化了小蛋白质富集策略。通过四种富集策略,我们共鉴定到117个酵母小蛋白质,占酵母PE1(蛋白水平存在实验证据)中小蛋白质的57%;成功验证了31个MPs;发现并验证了3个酵母漏注释sORFs(YKL104W-A、YHR052C-B和YHR054C-B)。酵母小蛋白富集实验发现低分子量、高疏水性、膜相关性、弱密码子偏性及不稳定性是蛋白漏检的主要原因,对小蛋白质的进一步发掘具有技术指导意义。我们建立了适合于sORFs的蛋白质基因组学流程。在第一部分工作中,我们合并已注释肽段和新肽段,以1%全局假阳性率(FDR)筛选新肽段,并进一步利用3种FDR(S-FDR、T-FDR I和T-FDR II)对新肽段分别进行质控,验证了3条新肽段。进一步研究发现,全局性1%FDR基础上,3种FDR进一步筛选策略过于严格,被3种FDR过滤掉的肽段中仍存在不少肽谱匹配较好的新肽段,经肽段合成,我们验证了其中3条。当前蛋白质基因组学基于FDR的新肽段筛选策略不易同时兼顾到灵敏度和准确度。针对此问题,我们探索了适合于sORFs筛选的蛋白质基因组学流程。研究发现,当前肽谱匹配打分机制难于区分高、低质量的肽谱匹配,这是造成新肽段鉴定过程中高假阳性率的根本原因。更高效的低质量肽谱匹配过滤方案,有望解决新肽段鉴定中高假阳性率问题。我们提出在以表征真阳性新肽段最低标准的Raw score阈值,对未经质控的所有新肽段进行初筛,在保证新肽段鉴定灵敏度的基础上,进一步采用PSM score和基峰强度阈值过滤策略来筛选新肽段,发现并验证了另外4条新肽段。基于酵母sORFs蛋白质基因组学策略,我们共鉴定到7条新肽段,基因坐标中分别对应了酵母7个漏注释sORF(YBL071WB、YDL191C-A、YHL029W-A、YMR106W-A、YBL063C-A、YKL038W-A和YPL049C-A)。蛋白质和基因层面同源性比较分析表明,这7个新基因与其近源物种同源性比较低,可能具有特殊功能,有待进一步展开研究。(本文来源于《安徽医科大学》期刊2018-03-01）
王云锋,李春琴,王长秘,刘林,李晓疆[6]（2019）在《稻瘟病菌分泌小蛋白对氮素营养的响应》一文中研究指出病原菌在侵染寄主过程中会经历氮饥饿的过程,而在这一过程中有大量的寄主植物和病原菌基因表达。为了明确稻瘟菌分泌蛋白基因的表达是否受外界不同氮源的影响,本研究开展了稻瘟病菌预测小分泌蛋白在不同氮源及稻瘟病菌与水稻互作中的表达。首先利用生物信息学软件分析稻瘟病菌基因组,选择了12个预测的小分泌蛋白编码基因。利用Real-time RT-PCR分析这12个基因在完全培养基、1/10-氮和氮饥饿培养基培养的菌株中及受侵染水稻中的表达。表明除MGS1242外,其余11个小分泌蛋白基因的表达不受外界氮源的影响。MGS1242在经1/10-氮和氮饥饿培养24 h和48 h时的两个菌株中的表达量明显上调、在稻瘟病菌株侵染水稻24 h和48 h时有大幅度上调,72 h时表达量开始逐渐下降。因此MGS1242可作为一个氮调控相关的基因进行深入研究。由此可以看出,稻瘟病菌大部分分泌小蛋白基因的表达不受外界氮营养的影响,但它们能被稻瘟病菌侵染水稻过程中被诱导表达,分析这些蛋白的编码基因在完全培养、1/10-氮处理、氮饥饿处理下和稻瘟病菌侵染水稻不同时期的相对表达量变化,以明确稻瘟病菌小蛋白基因对氮营养的敏感性,通过本研究的开展可为今后对病原菌适应缺氮环境下的生存和发育研究提供重要参考。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2019年10期）
郭寰宇,董文博,曲晓波,孟超,郭焱[7]（2016）在《哺乳类动物富脯氨酸小蛋白的研究进展》一文中研究指出近年来,学者对富脯氨酸小蛋白(SPRRs)的研究逐渐深入,他们在植物、动物及昆虫体内都发现了这种蛋白,但对哺乳类动物SPRRs的研究还较少。本文着重总结了哺乳类动物SPRRs分类、结构特点及分布,不同因素对SPRRs表达的影响,SPRRs在屏障系统损伤修复过程中的作用,以及对有富脯氨酸结构蛋白的抑菌作用等方面近年的研究进展,得出SPRRs在某些疾病反应中可能同样起到关键作用,这或许将为此种蛋白开发为新的生物制剂提供参考。(本文来源于《临床医学研究与实践》期刊2016年14期）
[8]（2015）在《PNAS:人工合成小蛋白提示癌症发生新线索》一文中研究指出近日,来自耶鲁大学的科学家们在国际学术期刊PNAS上发表了一项最新研究进展,他们通过化学合成的方法合成了一些简易蛋白分子,这些蛋白分子几乎不存在化学多样性,但仍然能够在调节细胞功能方面发挥特定作用。所有的生命都需要依赖蛋白质的功能,蛋白质的作用范围也非常广泛,目前已经知道这种功能多样性主要是由于成百上千的氨基酸形成特定序列,再经过蛋白质的加工和修饰过程形成特定的蛋白质结构实现的。这些氨基酸的侧链使得蛋白质呈现出巨大的化学多样性,更是形成众多(本文来源于《现代生物医学进展》期刊2015年32期）
吴明辉[9]（2015）在《小鼠睾丸非编码基因来源小蛋白的蛋白质组学研究》一文中研究指出睾丸精子发生是一个非常复杂的过程,包括精原干细胞的自我更新和分化、精母细胞的减数分裂以及精子细胞的变形过程,最终由圆形细胞成熟为蝌蚪状的精子。由于精子发生过程需要复杂的分子调控,使得研究精子发生从生命活动的最终执行者蛋白质水平进行显得尤其重要。本实验室前期利用蛋白质组学方法分别从成人的睾丸组织和成熟精子中鉴定了7346和4675种蛋白质,这些蛋白质的鉴定说明精子发生中的蛋白质调控非常复杂。然而,蛋白质组学的研究要基于蛋白质序列数据库中已有注释蛋白序列,现有的方法对蛋白质编码基因的注释却存在着不足。研究还发现非编码基因区域暗藏着未被发现的短的读码框架,可能具有编码功能性的小蛋白的潜能。此外,受限于技术方法,在基因组范围内大规模预测蛋白质编码基因时,一般只考虑长度不小于100个氨基酸组成的蛋白质。而且,单纯利用生物信息学方法寻找小蛋白的存在难度,随着质谱和蛋白质组学技术的不断发展,低丰度蛋白质的鉴定能力也不断提高,有一些研究开始结合了蛋白质组学、基因组学和生物信息学多种方法高通量地筛选、鉴定和验证小蛋白。另外,传统观点认为长链非编码RNA(LncRNA)不编码蛋白质,但其可以通过多种方式参与细胞表观遗传调控。在睾丸组织中lncRNA的功能研究较少,多组织RNA测序研究表明约有叁分之一的长链非编码基因在睾丸组织中特异表达,所以lncRNA可能是精子发生的一种重要调控机制。而最新研究表明部分lncRNA能够编码小蛋白,因此在睾丸组织表达的lncRNA中寻找可能编码的短读码框架并研究表达的小蛋白的功能,将为阐明lncRNA的调控机制和精子发生调控提供新的研究思路。本实验室利用小鼠睾丸组织蛋白经过30kD分子量的截流过滤膜筛选,并结合了蛋白质组学和生物信息学的策略已经初步从小鼠睾丸组织中鉴定到共57个新的由睾丸组织中非编码基因编码的小蛋白(Testicular LncRNA short ORFs encoded proteins,简称TlncSEP)。在这些新鉴定的睾丸小蛋白中有3个小蛋白来自于经典型的lncRNA,40个小蛋白来自于mRNA-like lncRNA,如我们鉴定的小蛋白TlncSEP N343248和TlncSEP N277827为两个这样的lncRNA所包含的Short ORFs编码的小蛋白,还有14个小蛋白来自于传统认为的假基因。另外,还有我们还鉴定到已知蛋白编码基因中Short ORFs编码的689个小蛋白。通过生物信息学预测分析,这些小蛋白亚细胞定位可能分布于细胞质、细胞核与胞质囊泡,还有一些亚细胞结构例如核糖体、线粒体。在分子生物学功能方面则可能参与到核DNA结合、机动蛋白集合、金属离子结合以及能量代谢等。还有一些小蛋白可能参与到分子生物学进程,例如:细胞内蛋白质的转运、蛋白折迭、染色质形成、肌动蛋白丝装配、氧化还原反应等。这也充分说明了小鼠睾丸蛋白质组成的复杂性和功能的多样性。此外,我们在mRNA水平检测并分析了部分小蛋白TlncSEPs小蛋白编码基因在睾丸发育过程中的表达模式。一方面,RT-PCR实验结果显示这些TlncSEPs小蛋白编码基因在小鼠睾丸组织中均有表达。另一方面,Real-Time PCR实验结果显示在小鼠第一波精子发生不同发育阶段的睾丸组织中非编码基因包含的Short ORFs如:TlncSEP N269302、TlncSEP N343248和TlncSEP N277827在1W、2W、3W、4W、5W的小鼠睾丸组织中表达量逐步增加,呈现发育阶段依赖性表达,这提示睾丸组织中TlncSEPs小蛋白编码基因可能与精子发生过程密切相关。综上所述,传统的非编码基因区域暗藏着未被发现的短的读码框架,可能具有编码功能性小蛋白的潜能。作为具有大量高丰度表达lncRNA,并有着复杂翻译调控的睾丸组织,由非编码基因编码的小蛋白可能是一种重要的调控机制。因此,构建小鼠睾丸lncRNA来源的小蛋白表达谱系并鉴定精子发生相关的小蛋白,这对于我们深入研究阐明小蛋白在精子发生中的作用和调控机制意义重大。(本文来源于《南京医科大学》期刊2015-05-01）
贾鑫淼[10]（2014）在《植物小蛋白的系统生物信息学研究》一文中研究指出小蛋白(通常定义为长度小于等于100个氨基酸)在原核生物和真核生物中普遍存在,发挥着重要的生物学功能,如参与蛋白质合成、能量代谢、脂质转运和代谢、转录调节、应激反应、氧化还原等。尽管在原核生物和动物中对于小蛋白的系统研究已经开展,但对于植物小蛋白的系统分析仍然是个空白,这主要受限于完成全基因组测序的植物物种的数量较少。随着高通量测序技术的不断发展,越来越多的植物全基因组测序完成,为我们进行植物小蛋白系统研究奠定了基础。本课题共选取了13个基因组注释较好的植物物种,包括3个绿藻、1个苔藓植物、3个单子叶植物和6个双子叶植物,共获得37,003条小蛋白序列,以这13个植物物种中的小蛋白为数据源,对小蛋白的基本特性(长度分布、所占比例、氨基酸使用频率和外显子数量)、保守性、功能和演化特征进行了系统分析。对小蛋白的长度分布和所占比例情况分析发现,在长度为50个氨基酸处小蛋白数量明显增多,从50-100个氨基酸小蛋白数量缓慢上升；植物中小蛋白占总蛋白的平均比例为8.73%,低于原核生物中小蛋白所占比例(10.99%),但高于无脊椎动物(5%)和脊椎动物(2%)。对小蛋白氨基酸使用频率的分析结果显示,极性带正电荷的氨基酸在小蛋白中出现频率高于在总体蛋白质中的出现频率,极性带负电荷的氨基酸在小蛋白中的出现频率低于在总体蛋白质中的出现频率,甲硫氨酸、半胱氨酸、天冬氨酸和谷氨酸在小蛋白和总体蛋白中的使用频率差异显着,这些氨基酸使用频率上的不同揭示了小蛋白与较大蛋白在分子结构和功能上存在的差异性。对小蛋白外显子数量的统计分析发现,在所有13个物种中,90%以上的小蛋白不超过3个外显子,通过将拟南芥和水稻的全长cDNA分别比对到其各自的基因组上,我们分析了拟南芥和水稻中基因的可变剪切情况,发现拟南芥中约31.55%的基因具有不同的可变剪切形式,而编码小蛋白的基因中只有17.76%存在可变剪切,水稻中约22.01%的基因存在可变剪切,编码小蛋白的基因中仅有12.53%具有不同的可变剪切形式,我们推测小蛋白中的可变剪切事件远少于较大蛋白质。通过同源聚类,我们对13个物种中的小蛋白进行了保守性分析,结果显示物种特异的小蛋白约占64.20%,远远超过相对保守的小蛋白,且89.31%的物种特异的小蛋白没有发现任何的GO功能注释,而且这些小蛋白几乎都是假定蛋白,由于在蛋白质合成过程中有机体倾向于使成本最小化,所以我们推测生物体倾向于富集小蛋白来发挥物种特异的功能。另外我们对在13个物种中都保守的小蛋白和只在9个被子植物、6个双子叶植物、3个单子叶植物中保守的小蛋白进行了功能富集,并总结了每类保守小蛋白中前6个包含小蛋白数最多的功能集,发现这4组中的小蛋白都呈现出种属特异的功能,并且随着物种的不断演化,小蛋白也不断演化并出现了相应的物种特异性特征。接着我们分析了小蛋白的演化特征。首先对小蛋白的结构域模式进行了分析,发现80.93%的小蛋白只含有一个结构域,所以我们推测结构域在小蛋白中独立演化,但随着蛋白质长度的增加,结构域也不断演化为其他模式。另外对在所有物种中都保守的小核内核糖核蛋白和核糖体蛋白的系统发生树的分析发现,这两个小蛋白在几乎所有植物物种中都至少含有2个拷贝,而且同一物种的不同拷贝并不总是聚在一起,说明不同的拷贝在选择压力的作用下发生了不同程度的变异,所以我们推测不同拷贝之间的变异可能是植物小蛋白演化的主要动力。另外,小蛋白还可能在绿藻和真菌或原生生物中经历了基因的水平转移,植物中的小蛋白来源于绿藻,并在绿藻和真菌或原生生物中经历了基因的水平转移后,被植物保留了下来。本文通过对植物小蛋白的系统分析,进一步证实小蛋白功能重要性,并揭示了小蛋白的演化特征,为今后深入进行植物小蛋白的功能研究和植物基因组功能注释提供了线索。(本文来源于《中国科学院北京基因组研究所》期刊2014-04-01）
小蛋白论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
科技日报纽约8月10日电（记者冯卫东）据《细胞》杂志近日报道，研究人员在人类微生物组中发现了4000多个新的小蛋白家族。这项研究是通过识别和编目将小微生物蛋白与人类疾病联系起来的第一个“关键步骤”。人类微生物组被认为有助于维持健康，也与肥胖相关
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
小蛋白论文参考文献
[1]..人体内隐秘小蛋白大规模发掘研究开辟宏微生物基因组新领域[J].海南医学.2019
[2].冯卫东.人类微生物组中新发现数千种小蛋白家族[N].科技日报.2019
[3].黄沈鑫,张子辉,陈孝仁.恶疫霉质外体小蛋白SCR96的抗体制备及检测应用[C].中国植物病理学会2019年学术年会论文集.2019
[4].张子辉,黄沈鑫,陶航,张烨,赵耀.辣椒疫霉质外体疏水小蛋白SCR82编码基因的转录特征、异源表达和功能[J].微生物学报.2019
[5].何崔同.酵母小蛋白的蛋白质基因组学研究[D].安徽医科大学.2018
[6].王云锋,李春琴,王长秘,刘林,李晓疆.稻瘟病菌分泌小蛋白对氮素营养的响应[J].基因组学与应用生物学.2019
[7].郭寰宇,董文博,曲晓波,孟超,郭焱.哺乳类动物富脯氨酸小蛋白的研究进展[J].临床医学研究与实践.2016
[8]..PNAS:人工合成小蛋白提示癌症发生新线索[J].现代生物医学进展.2015
[9].吴明辉.小鼠睾丸非编码基因来源小蛋白的蛋白质组学研究[D].南京医科大学.2015
[10].贾鑫淼.植物小蛋白的系统生物信息学研究[D].中国科学院北京基因组研究所.2014
论文知识图
