插入序列IS6100介导DNA序列转移的机制研究

论文摘要

目的插入序列IS6100与耐药基因转移密切相关,本研究旨在初步探究IS6100转移DNA序列的机制。方法以Genbank库中已有序列中含两个及两个以上拷贝IS6100序列的质粒或者染色体为研究对象,通过生物信息分析的方法分析各IS6100侧翼的靶位点重复序列(TSD),推测该元件转座酶可能的工作机制。结果共检索到22条序列,含5条染色体、16条质粒以及1条定位未知的转座子序列。其中有13条序列(59%)来自鞘脂菌属细菌,余下均来自条件致病菌的染色体或质粒。在鞘脂菌属细菌TKS中,IS6100拷贝数可多达29个,且IS6100和鞘脂菌属细菌基因组的GC%均接近60%。共有35条不同的8bpTSD在这些菌株中出现的频率为2~8次。TSD的GC%含量在13%~100%,有87%(30/35)的TSD序列GC%含量均≥50%。这些TSD可同时出现在同一菌株的染色体或质粒内部、同一菌株的染色体和质粒之间、不同菌株的染色体和质粒间。结论 IS6100的产生菌可能为鞘脂菌属细菌。IS6100的作用靶位点没有高度选择性,但仍倾向作用于高GC%含量位点。两个IS6100可以形成复合转座子,转移其间的DNA序列,这些转座事件可以发生在分子间和分子内。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料序列检索及纳入研究
•   1.2 方法
•     1.2.1生物信息分析
•     1.2.2 汇总分析
• 2 结果
•   2.1 序列检索概况
•   2.2 IS6100的产生菌
•   2.3 象征转座事件发生的8 bp TSD分析
• 3 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 聂璐,吴奎海,陈文静,李炜煊

关键词: 转座子,基因转移,水平,耐药机制

来源: 中国医药生物技术 2019年04期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,基础医学

单位: 佛山市第一人民医院检验科

分类号: R378;Q811.4

页码: 341-346

总页数: 6

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