敲除小RNA gcvB后沙门菌的转录组分析

论文摘要

为筛选与沙门菌小RNA gcvB相关的靶基因,采用高通量的转录组测序（RNA-seq）技术对野生型沙门菌和敲除小RNA gcvB沙门菌的mRNA进行对比分析,全面地预测GcvB的靶基因的数量与种类,通过GO和KEGG数据库对筛选基因进行比对注释,进一步分析筛选基因的主要功能及涉及的生物过程。并利用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证。结果显示:差异表达基因共1 244个,其中基因表达上调678个,基因表达下调566个。GO富集分析显示,差异表达基因主要涉及氧化还原活性、铁离子结合、运动活性等分子功能,细菌鞭毛的细胞成分,细胞呼吸、钴胺素代谢过程和钴胺素生物合成过程等生物过程。KEGG数据库分析显示,差异表达基因主要参与细菌趋化性、卟啉和叶绿素代谢、不同环境中的微生物代谢、双组分系统、甲烷代谢等14个信号通路。对筛选出的10个差异表达基因进行荧光定量PCR验证,结果显示:差异表达基因相对表达量与RNA-seq测序结果基本一致。本研究为进一步探明小RNA gcvB与靶基因相互作用、小RNA的调控机制,以及沙门菌致病机制奠定了基础。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 主要试验材料
•   1.2 沙门菌gcvB缺失株的鉴定
•   1.3 分光光度法测定细菌生长曲线
•   1.4 样本采集
•   1.5 RNA提取与检测
•   1.6 文库构建与测序
•   1.7 差异表达基因筛选与分析
•   1.8 差异表达基因荧光定量PCR验证
• 2 结 果
•   2.1 沙门菌GcvB缺失株的鉴定
•   2.2 细菌生长曲线
•   2.3 RNA提取与检测
•   2.4 测序结果信息分析
•   2.5 差异表达基因的筛选与分析
•   2.6 显著差异表达基因GO与KEGG富集分析
•   2.7 差异表达基因荧光定量PCR验证
• 3 讨 论
• 4 结 论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 刘丽娟,董然然,王开功,程振涛,文明,温贵兰,李晨,杨琦,周碧君

关键词: 沙门菌,转录组测序,靶基因

来源: 畜牧兽医学报 2019年04期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,畜牧与动物医学

单位: 贵州大学动物科学学院,贵州大学动物疫病研究所

基金: 国家自然科学基金(31602065),贵州省科学技术基金计划项目(黔科合基础[2016]1047),贵州省科技创新人才团队建设项目(黔科合人才团队[2015] 4016)

分类号: S852.61

页码: 840-850

总页数: 11

文件大小: 521K

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