杜仲脂氧合酶基因家族全基因组鉴定及其表达特性研究

论文摘要

LOX（脂氧合酶）是动、植物中普遍存在的一种氧合酶,在植物的生长发育和逆境胁迫中发挥重要作用。本研究在杜仲基因组范围内,利用生物信息学方法对LOX基因家族进行全面鉴定,并分析了其基因结构、定位及其所编码蛋白质的理化性质、结构特征、分类和功能等。结果显示:杜仲LOX基因家族有23条LOX基因序列,分别定位于细胞质或叶绿体中,分为9-LOX和13-LOX两个亚家族,其中9-LOX类型仅包含一个,13-LOX类型包含22个; 23个LOX基因非平均分布于12条scaffolds上,一些基因发生串联分布; RNA-Seq表达结果显示6个13-LOX类型基因在杜仲叶、果、树皮和种仁中几乎没有表达,而其他17个LOX基因表达具有组织和时空表达特异性。研究结果为揭示杜仲LOX基因家族成员的功能提供重要线索,为进一步研究LOX基因家族提供理论基础。

论文目录

• 1 材料和方法
•   1.1 数据来源及LOX基因家族鉴定和结构分析
•   1.2 杜仲LOX氨基酸序列系统发育树构建
•   1.3 杜仲LOX蛋白质结构预测
•   1.4 杜仲LOX基因家族的表达分析
• 2 结果与分析
•   2.1 杜仲LOX基因家族的鉴定
•   2.2 杜仲LOX氨基酸序列的聚类分析
•   2.3 杜仲LOX基因家族蛋白质理化性质分析
•   2.4 杜仲LOX基因家族的表达分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 朱利利,庆军,杜庆鑫,何凤,杜红岩

关键词: 杜仲,基因家族,生物信息学,基因功能

来源: 植物研究 2019年06期

年度: 2019

分类: 基础科学,农业科技

专业: 生物学,农作物

单位: 中国林业科学研究院经济林研究开发中心,国家林业局杜仲工程技术研究中心

基金: 中国林业科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(CAFYBB2017ZX001-9)~~

分类号: Q943.2;S567.19

页码: 927-934

总页数: 8

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