导读:本文包含了微卫星引物论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:引物,多样性,基因组,南疆,西昌,青藏高原,叶绿体。
微卫星引物论文文献综述
张智,俞丹,刘飞,刘焕章[1]（2019）在《西昌华吸鳅的微卫星引物筛选及赤水河四个地理种群的遗传多样性分析》一文中研究指出采用高通量测序法对西昌华吸鳅(Sinogastromyzon sichangensis)基因组进行随机测序并筛选出符合条件的微卫星位点,设计可用于PCR扩增的引物,筛选出29对具有多态性的引物,平均等位基因数为14.5,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别为0.620和0.882,多态信息含量(PIC)为0.859。选取其中多态性较高的20对引物在赤水河及其支流的4个地理种群中进行扩增,分析不同地理种群的遗传多样性和种群分化情况。结果表明,赤水镇种群观测杂合度最高(0.669),茅台镇种群观测杂合度最低(0.520);习水河多态信息含量最高(0.868),茅台镇种群多态信息含量最低(0.841)。赤水河干流的几个种群未出现显着分化,而习水河种群与其他3个种群的遗传分化程度较高。AMOVA分析显示遗传变异主要发生在群体内,群体间遗传变异仅占3.33%,群体内遗传变异占96.67%。种群遗传结构分析表明,赤水河干流整体遗传背景趋于一致,而习水河种群则单独聚为一个亚类群。研究为西昌华吸鳅的资源保护和种群遗传学研究提供了基础资料。(本文来源于《水生生物学报》期刊2019年06期）
宋琪,郭宪光,陈达丽[2]（2019）在《基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计》一文中研究指出南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地。利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列。利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1～6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个。不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是叁碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%。单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,叁碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT。AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别。挑选部分叁、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物。本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础。(本文来源于《四川动物》期刊2019年05期）
邢睿,王久利,闫慧颖,陈世龙[3]（2019）在《基于RAD测序技术的黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)微卫星引物的开发》一文中研究指出黄绿卷毛菇(Floccularia luteovirens)是广泛分布于青藏高原高寒草甸的一种重要的可食用的菌根真菌。先前的研究利用EST-SSR引物已经对该物种的遗传多样性及群落结构进行了研究,但研究表明EST-SSR位点多态性较低,因此想要进一步探讨形成现有遗传分布格局的机制(该物种小尺度空间范围内基株的密度及大小)需要重新开发具有更高多态性的基于核基因的微卫星位点。本研究利用RAD测序技术使用直接测序分析的方法重新开发了12对具有多态性的引物。测序结果去接头拼装后共获得46 036条重迭群。在这些序列当中共扫描到342条含有重复单元的序列,在这当中70.47%为叁碱基重复(241),8.19%为二碱基重复(28)。随机选取48对检测,12对具有多态性且测序结果良好,基于3个居群63个个体的遗传多样性研究显示,所有样品中共获得60个单倍型,每个位点的单倍型数量介于2 (GSSR26L)至9 (GSSR7L,GSSR11L)之间。Gst值介于-0.03(GSSR46L)至0.28(GSSR6L)之间、Fst值介于-0.03(GSSR33L)至0.42(GSSR6L)之间。在引物GSSR47L扩增测序中发现,其扩增出的片段不仅具有重复单元数量的变化,重复单元本身也存在突变的现象,这是之前使用聚丙烯凝胶电泳所检测不到的。本研究获得的微卫星引物将为接下来小尺度空间下研究黄绿卷毛菇基株的密度、大小及动态变化提供有力的支持。(本文来源于《基因组学与应用生物学》期刊2019年03期）
刘欣雨,魏宇昆,李桂彬[4]（2019）在《丹参转录组的微卫星位点(SSR)特征及属内通用引物的开发》一文中研究指出唇形科(Lamiaceae)鼠尾草属(Salvia)是一个具有丰富物种和高度多样性的类群,具有很高的科学研究与经济价值。该属可利用的通用SSR引物有限,因而从其代表物种丹参(Salvia miltiorrhiza)中开发新的通用性好的SSR引物十分必要。本研究利用丹参的15.99 Mb转录组数据,分析了含有Unigene的33 438条序列,共获得2 095个SSR候选位点,其包括了570个等位基因,每个位点的等位基因数范围在2～18个,平均每个位点7.92个。多态信息含量(PIC)范围在0.049至0.936之间,平均为0.707。根据设定条件选取了150个产物大小介于100～200 bp的引物,对属内20个物种进行通用性与多态性的检测,成功开发出通用性好,多态性丰富的72对引物。这些验证物种代表了鼠尾草属的3个不同亚属,可用于属内物种的遗传关系及其生态遗传学研究,具有较广泛的利用前景。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年22期）
龚记熠,刘欢,张习敏,孙威,李菲[5]（2018）在《杜鹃花属序列中微卫星位点特征分析和引物开发》一文中研究指出杜鹃是杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃花属(Rhododendron spp.)的灌木植物。野生种质资源主要分部于我国四川、云南、贵州及长江流域各省,中国北方的大兴安岭、小兴安岭地区等也有分布。中国的杜鹃种类约占全世界种类的70%。杜鹃花是重要的花卉植物,也兼有保健食品、化妆品、药物开发及生物研究等价值。SSR标记是植物品种鉴定中最广泛使用的理想分子标记。在杜鹃花种质资源的系统分类、品种资源搜集、整理等方面,相关的研究还比较欠缺。杜鹃花属内种类繁多,至今在系统划分和某些种类的归属上仍然众说纷纭。我们鉴定了NCBI数据库公开杜鹃花属基因组序列的SSR序列位点;分析了杜鹃花属基因组序列中SSR位点的基序、重复数、碱基组成的特征;并设计了1 643对杜鹃花属SSR扩增引物。本研究是第一个杜鹃花属基因组序列SSR位点特征系统分析的尝试。本研究设计的SSR引物可满足所有常见杜鹃花品系的遗传关系分析,对促进杜鹃花野生种质资源保护、新品种培育,具有重要的意义。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年22期）
毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青[6]（2018）在《姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计》一文中研究指出为利用微卫星分子标记技术研究姜荷花品种的遗传多样性和分子调控机制,本研究以前期高通量测序结果为基础,用MISA软件发掘和分析了所获得的转录组数据的SSR位点,为后续研究提供重要的基础。获得的19 902个SSR位点存在于15 891条序列中。获得的unigene数为64 471条,共132 833 884 bp,平均每2.06 kb出现一个SSR,出现多个SSR的序列有3 155个。姜荷花‘清迈粉’转录组微卫星中存在97种重复基元,其中(A/T)n占比例最高,约占43.6%;其中单核苷酸和叁核苷酸重复相对出现较多。大部分为长度在20 bp以下的短重复片段,20 bp以上(包括20 bp)的仅占总数的23.19%,微卫星出现频率与片段长度呈负相关。设计了50对相对更有可能出现多态性的微卫星引物以供进一步研究使用。本研究为探索姜荷花各品种的遗传多样性和重要形状基因关联及定位提供了重要的基础数据,也为该属其他观赏物种的微卫星分子标记相关研究提供了理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2018年22期）
阮惠婷,戴嘉格,林科涛,邹柯姝[7]（2018）在《银飘鱼微卫星引物筛选及其群体遗传多样性分析》一文中研究指出微卫星标记技术在动物遗传多样性分析等方面发展迅速,在水产动物上的运用也比较广泛。本研究共设计了108对微卫星引物,筛选出17个多态性高且能稳定扩增的微卫星位点。利用12个多态性微卫星DNA位点对珠江水系5个银飘鱼群体(桂江GJ、融江RJ、郁江YuJ、右江YJ、左江ZJ)进行遗传多样性分析,结果显示(期望杂合度=0.7749-0.8178,PIC值=0.7137-0.7793)各群体表现出较高的遗传多样性,且遗传多样性水平相近。分子方差分析显示,98.6%的遗传变异发生于群体内,仅1.4%的遗传变异来自群体间,5个群体间的分化系数为0.014,说明群体间的分化极小,连低等程度的遗传分化都未达到。Nei’s遗传距离分析显示,GJ和YuJ遗传距离最近(D=0.0865),而RJ和ZJ遗传距离最远(D=0.2242)。本研究为珠江流域野生银飘鱼的遗传资源保护和利用提供了基础数据,为后续的研究提供有力借鉴。(本文来源于《第二届现代化海洋牧场国际学术研讨会、中国水产学会渔业资源与环境专业委员会2018年学术年会论文集》期刊2018-10-28）
罗梅,李书锋,罗媛子,王嘉熠,董章勇[8]（2018）在《番茄枯萎病菌基因组微卫星位点分析与引物设计》一文中研究指出通过对前期测定的番茄枯萎病菌Fusarium oxysporum f. sp. lycopersic基因组14 501条gene序列进行搜索,发现466个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)分布在425条unigenes中,发生频率为2. 93%.在番茄枯萎病基因组的SSR中,叁核苷酸重复占主导地位,占SSR总数的65. 88%.优势重复单元为AGC/CTG和AAG/CTT,分别占16. 52%和12. 66%.基于筛选的SSRs,运用Primer3软件进行引物的批量设计,共设计出451对引物.结果说明番茄枯萎病菌基因组中含有丰富的SSR位点.(本文来源于《仲恺农业工程学院学报》期刊2018年03期）
滕永康,刘先菊,张旭,向志光,阮研硕[9]（2018）在《实验用狨猴微卫星引物筛选及遗传多样性分析》一文中研究指出目的筛选、优化狨猴微卫星DNA引物,用以对中国医学科学院医学实验动物研究所引进的实验用狨猴种群进行遗传学分析及评估。方法用筛选的20对狨猴微卫星引物,对随机抽取的30只狨猴血液样本进行基因组DNA提取及PCR扩增,扩增产物经电泳鉴定后进行STR扫描检测,用Popgene1.32软件对STR扫描结果进行数据处理和分析。结果 20对微卫星引物均呈现出遗传多样性,共检测147个等位基因,观察等位基因数5~10个,平均7.35个;有效等位基因数2.2500~6.3830个,平均4.0402个;观察杂合度0.000~0.4667,平均0.1533;期望杂合度0.1424~0.4350,平均0.2506;香隆指数1.2242~2.0324,平均1.5949;多态信息含量0.5366~0.8254,平均0.7053。结论本文筛选的20对狨猴微卫星引物具有高度遗传多样性,均处于Hardy-Weinberg平衡状态。(本文来源于《中国比较医学杂志》期刊2018年06期）
陈文超,苏琬涵,刘志高,季梦成[10]（2017）在《铁线莲属植物叶绿体微卫星引物开发及其遗传分析》一文中研究指出对Gene Bank数据库中Clematis fusca var.coreana叶绿体全基因组进行了分析,以此为基础设计出11对叶绿体SSR引物,并进一步研究了11对叶绿体SSR引物在铁线莲属其他野生种类和栽培品种中的通用性。结果表明,C.fusca var.coreana叶绿体基因组内共有67个SSR位点,主要分布于1 088~41 445 bp和50 135~127 217 bp,以A/T单碱基重复为主;设计所得11对cpSSR引物在铁线莲野生种类和栽培品种中均表现出良好的通用性,在55个铁线莲样本中扩增等位基因数(Na)平均为10.91,有效等位基因数(Ne)平均为5.40,主等位基因频率(MAF)平均为0.31,多态信息含量(PIC)平均为0.79。另外,基于cpSSR数据,对55个样本的UPGMA聚类结果进行了初步讨论。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2017年12期）
微卫星引物论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地。利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列。利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1～6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个。不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是叁碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%。单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,叁碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT。AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别。挑选部分叁、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物。本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
微卫星引物论文参考文献
[1].张智,俞丹,刘飞,刘焕章.西昌华吸鳅的微卫星引物筛选及赤水河四个地理种群的遗传多样性分析[J].水生生物学报.2019
[2].宋琪,郭宪光,陈达丽.基于454GSFLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计[J].四川动物.2019
[3].邢睿,王久利,闫慧颖,陈世龙.基于RAD测序技术的黄绿卷毛菇(Floccularialuteovirens)微卫星引物的开发[J].基因组学与应用生物学.2019
[4].刘欣雨,魏宇昆,李桂彬.丹参转录组的微卫星位点(SSR)特征及属内通用引物的开发[J].分子植物育种.2019
[5].龚记熠,刘欢,张习敏,孙威,李菲.杜鹃花属序列中微卫星位点特征分析和引物开发[J].分子植物育种.2018
[6].毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青.姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计[J].分子植物育种.2018
[7].阮惠婷,戴嘉格,林科涛,邹柯姝.银飘鱼微卫星引物筛选及其群体遗传多样性分析[C].第二届现代化海洋牧场国际学术研讨会、中国水产学会渔业资源与环境专业委员会2018年学术年会论文集.2018
[8].罗梅,李书锋,罗媛子,王嘉熠,董章勇.番茄枯萎病菌基因组微卫星位点分析与引物设计[J].仲恺农业工程学院学报.2018
[9].滕永康,刘先菊,张旭,向志光,阮研硕.实验用狨猴微卫星引物筛选及遗传多样性分析[J].中国比较医学杂志.2018
[10].陈文超,苏琬涵,刘志高,季梦成.铁线莲属植物叶绿体微卫星引物开发及其遗传分析[J].浙江农业学报.2017
论文知识图
