赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

论文摘要

【目的】找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点（SNP）,为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据。【方法】采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析。【结果】在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exon1-C829T、Exon1-C921T、Intron1-A1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G（非编码区）。利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因m RNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加。赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65%、55.31%、3.41%和14.63%。【结论】Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一。

论文目录

• 0 引言
• 1 材料与方法
•   1.1 试验材料
•   1.2 基因组DNA提取
•   1.3 引物设计与合成
•   1.4 PCR扩增及SNP位点鉴定
•   1.5 TYR基因生物信息学分析
•     1.5.1 mRNA二级结构及蛋白二、三级结构预测
•     1.5.2 等位基因频率估算
• 2 结果与分析
•   2.1 PCR扩增结果
•   2.2 TYR基因SNP位点鉴定结果
•   2.3 等位基因频率估算结果
•   2.4 TYR基因m RNA二级结构预测结果
•   2.5 TYR蛋白二、三级结构预测结果
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 祖盘玉,李维,林家栋,李洪林,刘洋,牟腾慧,龙广丽,简华峰,张福平

关键词: 赤水乌骨鸡,泰和乌鸡,基因,位点,生物信息学

来源: 南方农业学报 2019年12期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 畜牧与动物医学

单位: 贵州大学动物科学学院/高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室

基金: 贵州省科技计划项目(黔科合支撑〔2017〕2533-1)

分类号: S831

页码: 2806-2811

总页数: 6

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