乳腺癌中基于开放染色质的环状RNA互作网络构建及功能分析

论文摘要

目的发现乳腺癌中重要的环状RNA（circular RNA,circ RNA）及其参与的分子生物处理过程。方法全基因组范围内分析3种乳腺癌细胞系:MCF-7、T-47D、MDA-MB-231的脱氧核苷酸酶Ⅰ超敏感位点高通测序数据（DNaseⅠhypersensitive sites sequencing,DNase-seq）和转座酶可接近性染色质高通测序数据（assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq）,筛选出捕获的基因编码序列上对应的活化circ RNA,然后基于KEGG pathway对活化circ RNA基因进行富集筛选,在此结果中选取3个细胞系共有的活化circ RNA基因,依据Gene Ontology的分子生物过程构建乳腺癌活化circ RNA基因互作网络。结果表达调控网络识别出111个关键功能模块,主要分为调控类和反应类,此外还包括一些重要的信号通路。将活化circ RNA基因互作网络中,连接度大于50的活化circ RNA基因定义为hub基因,hub基因对应的circ RNA定义为hub circ RNA,它们是:PTK2B、PDCD6IP、ABL1、EGFR、RHOA、MTOR、NRP1、ATR、CTNNB1、ILK、NF1、PRKCA、HNRNPK、MEF2C、PMAIP1、LYN、NR4A3、SRF、AREG、PML、PTK2、ROCK2、TGFBR2、VEGFA、DLG1、HRAS、ITGA2、CREB1、STAT3、RUNX2和TIAM1。结论乳腺癌细胞染色质中处于活化状态的circ RNA,其参与的生物过程主要是正、负调控细胞周期、凋亡、增生、分化等重要的细胞生物过程,因此表明circ RNA在乳腺癌的发生发展过程中起到重要作用。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 数据
•   1.2 软件
•   1.3 方法
•     1.3.1 于Access数据库的数据挖掘
•     1.3.2 活化circ RNA基因KEGG pathway富集筛选
•     1.3.3 基于GO生物过程的乳腺癌活化circ RNA基因互作网络构建
• 2 结果
•   2.1 MCF-7高敏感位点circRNA构成比
•   2.2 3种乳腺癌亚型对比
•   2.3 KEGG功能分析
•   2.4 互作网络构建及分子功能分析
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张蕴显,王雅梅,周萍

关键词: 乳腺癌,环状,开放染色质定位,高通量测序,互作网络

来源: 首都医科大学学报 2019年06期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技

专业: 肿瘤学

单位: 首都医科大学生物医学工程学院生物医学信息学系,首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系

基金: 北京市教育委员会科技计划面上项目(KM201710025005)~~

分类号: R737.9

页码: 901-910

总页数: 10

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