广东省珍稀植物DNA条形码与分子鉴定

论文摘要

广东省地处中国大陆南部,属南亚热带和热带季风气候,具有丰富的植物资源,而其中有一些是珍稀濒危植物。造成植物珍稀濒危的原因有多种,其主要原因是人类过度采伐和利用。为更好的保护珍稀濒危物种,首先是要对物种进行鉴定。本研究通过对目前国际上主要植物DNA条形码候选序列(rbcL、matK、ycf1、ITS2)进行比较和评价,筛选适合鉴定广东省珍稀濒危植物的DNA条形码。本研究以广东省大部分珍稀植物为材料,利用改良CTAB法提取植物DNA,使用rbcL、matK、ycf1序列的通用引物进行扩增和双向测序,ITS2进行克隆测序,并将所得结果进行序列校正和拼接,最终以各序列的扩增和测序成功率、构建的NJ树和ML树、相似性搜索法确定样本支持率等指标对不同候选序列进行评价。主要研究结果如下:1.本研究选用四条候选DNA条形码(rbcL、matK、ycf1、ITS2)对79种植物的202份样品进行扩增测序,其中有70种为广东省珍稀濒危植物。在四条候选DNA条形码中,rbcL扩增和测序成功率最高,分别为97.52%、97.03%;ITS2扩增和测序成功率均为76.24%;matK的扩增和测序成功率分别为59.90%、57.92%;ycf1的扩增和测序成功率最低,分别为50.50%、49.50%。2.通过对各科植物的四条DNA条形码分析表明,ITS2序列的变异位点最多,而rbcL序列的变异位点最少。同时,基于各项指标评价表明ITS2序列鉴定成功率最高,为69%;ycf1序列次之,为59%;rbcL序列和matK序列的鉴定成功率分别为42%和40%。

论文目录

• 摘要
• abstract
• 第一章 前言
•   1.1 DNA条形码的研究概况
•     1.1.1 DNA条形码的概述
•     1.1.2 DNA条形码的优点
•     1.1.3 DNA条形码的标准
•     1.1.4 DNA条形码常见分析方法概述
•     1.1.5 DNA条形码的应用
•   1.2 植物DNA条形码的研究概述
•     1.2.1 候选片段简介
• 第二章 材料与分析方法
•   2.1 样品采集
•   2.2 实验仪器
•   2.3 实验试剂
•   2.4 溶液的配置
•   2.5 实验方法
•     2.5.1 DNA提取
•     2.5.2 PCR扩增和测序
•     2.5.3 数据分析
• 第三章 结果与分析
•   3.1 部分植物ITS2 序列假基因分析
•     3.1.1 桫椤科（Cyatheaceae）ITS2 假基因序列分析
•     3.1.2 苏铁科（Cycadaceae）ITS2 假基因序列分析
•     3.1.3 罗汉松科（Podocarpaceae）ITS2 假基因序列分析
•     3.1.4 竹亚科（Bambusoideae）ITS2 假基因序列分析
•     3.1.5 豆科（Fabaceae）ITS2 假基因序列分析
•     3.1.6 壳斗科（Fagaceae）ITS2 假基因序列分析
•     3.1.7 木兰科（Magnoliaceae）ITS2 假基因序列分析
•     3.1.8 无患子科（Sapindaceae）ITS2 假基因分析
•     3.1.9 山茶科（Theaceae）ITS2 假基因序列分析
•   3.2 广东省珍稀植物DNA条形码鉴定分析
•     3.2.1 乌毛蕨科（Blechnaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.2 桫椤科（Cyatheaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.3 水蕨科（Parkeriaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.4 三尖杉科（Cephalotaxaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.5 柏科（Cupressaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.6 苏铁科（Cycadaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.7 松科（Pinaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.8 罗汉松科（Podocarpaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.9 红豆杉科（Taxaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.10 杉科（Taxodiaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.11 猕猴桃科（Actinidiaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.12 五加科（Araliaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.13 萝藦科（Asclepiadaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.14 竹亚科（Bambusoideae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.15 伯乐树科（Bretschneideraceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.16 古柯科（Erythroxylaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.17 豆科（Fabaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.18 壳斗科（Fagaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.19 苦苣苔科（Gesneriaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.20 金缕梅科（Hamamelidaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.21 樟科（Lauraceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.22 兰花蕉亚科（Lowiaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.23 木兰科（Magnoliaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.24 野牡丹科（Melastomataceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.25 楝科（Meliaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.26 桑科（Moraceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.27 蓝果树科（Nyssaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.28 兰科（Orchidaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.29 毛茛科（Ranunculaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.30 红树科（Rhizophoraceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.31 茜草科（Rubiaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.32 无患子科（Sapindaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.33 山榄科（Sapotaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.34 梧桐科（Sterculiaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.35 安息香科（Styracaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.36 山茶科（Theaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•     3.2.37 瑞香科（Thymelaeaceae）珍稀植物的DNA条形码鉴定研究
•   3.3 讨论
•     3.3.1 PCR扩增与测序
•     3.3.2 ITS2 假基因序列对物种鉴定的影响
•     3.3.3 广东松叶绿体基因是否存在杂合
•     3.3.4 本研究中存在的不足
•   3.4 结果总结
• 参考文献
• 致谢
• 附录A 四个片段的鉴定情况表
• 附录B PCR产物的纯化
• 附录C ITS2单克隆操作
• 攻读硕士学位期间取得的研究成果

文章来源

类型: 硕士论文

作者: 刘雅思

导师: 陈红锋,郭微

关键词: 珍稀植物

来源: 仲恺农业工程学院

年度: 2019

分类: 基础科学

专业: 生物学,生物学

单位: 仲恺农业工程学院

分类号: Q943.2

总页数: 130

文件大小: 4305K

下载量: 53