生物信息论文_贺超,付沛,王凯,蒋龙,陈慧珍

导读:本文包含了生物信息论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:基因,生物,信息学,基因芯片,水稻,肿瘤,胚乳。

生物信息论文文献综述

贺超,付沛,王凯,蒋龙,陈慧珍^[1]（2019）在《基于基因芯片的水稻胚乳发育相关基因生物信息学分析》一文中研究指出水稻(Oryza sativa L.)胚乳的发育状况直接影响着水稻的产量和品质,而胚乳发育过程中复杂的分子机制尚不明确.为揭示水稻胚乳发育过程基因的表达模式,挖掘胚乳发育过程不同时期可能的关键基因,以水稻日本晴开花后(0day after flower,0DAF)籽粒中的子房和开花后第3天、第9天、第16天(3DAF、9DAF、16DAF)籽粒中的胚乳细胞基因芯片表达谱数据为研究对象,筛选并分析了不同时期表达量存在显着差异的基因.结果表明:同处于乳熟期的胚乳细胞(开花后第3天和第9天)基因表达模式最相似,间隔的天数越多,基因表达模式的差异程度越大;开花后第0～3天胚乳细胞消耗大量的能量,且在第3天达到峰值;胚乳中营养物质的积累从开花后第3天开始,第9天时积累最盛,到第16天时物质积累基本完成.加权基因共表达网络分析(WGCNA)发现,不同时期可能的关键基因具有不同的功能,涉及的生物过程包括叶绿素合成、活性氧清除、激素调控和脂质代谢.旨在揭示水稻籽粒开花时到胚乳大体完成增长时胚乳发育相关基因的表达模式,为培育产量高、品质优的水稻品种奠定分子基础.(本文来源于《辽宁师范大学学报(自然科学版)》期刊2019年04期）

余东虎,黄静宇,沈小艳,汪育锦,李胜^[2]（2019）在《生物信息学分析筛选肺腺癌关键基因及通路》一文中研究指出目的利用生物信息学分析方法对基因芯片数据进行分析,筛选出肺腺癌相关靶基因并进行验证。方法从美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载编号为GSE10072的基因芯片,得到49例正常肺组织样本和58例肺腺癌组织样本,应用R软件读取原始数据并进行预处理,分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),接着对这些DEGs进行聚类分析和功能富集分析,构建蛋白质互作网络,进一步从网络中筛选出核心基因,最后从转录水平和预后来验证分析结果。结果肺腺癌组织和正常肺组织DEGs共888个,其中上调基因有317个,下调基因有571个。根据功能富集分析,细胞粘附、药物反应以及细胞外基质的组成是其较突出的生物学功能,细胞外基质受体相互作用通路以及补体和凝血级联反应通路是其突出的信号通路。得到8个核心基因进一步验证发现,GAPDH,TOP2A,BIRC5和CCNB1 4个基因的表达量与肺腺癌患者的预后相关。结论筛选出的核心基因可能在肺腺癌发展中具有重要作用,并有可能成为肺腺癌的治疗靶点和诊断靶标。(本文来源于《转化医学杂志》期刊2019年06期）

宋兴超,徐超,刘琳玲,丛波,杨福合^[3]（2019）在《吉林梅花鹿肌肉发育关联基因MyoG的鉴定及生物信息学分析》一文中研究指出为探明吉林梅花鹿MyoG基因的分子结构特征与生理功能,本研究通过提取吉林梅花鹿血液基因组DNA,利用PCR技术分段扩增、Sanger测序并拼接获取MyoG基因,对MyoG基因核苷酸及编码氨基酸序列的分子结构特征进行了生物信息学分析。结果表明,吉林梅花鹿MyoG基因序列长3 162 bp(GenBank登录号:HZ56689),含有3个外显子、2个内含子及部分5 UTR和3 UTR,编码区(CDS)为684 bp,共编码227个氨基酸,与NCBI中甘肃马鹿、水牛及山羊该基因相似性分别为99%、94%和92%;通过分析推导氨基酸序列结构发现,1～89位氨基酸为MYOD家族特有的碱性结构域,85～136位为螺旋-环-螺旋DNA结合结构域,含有21个激酶磷酸化的位点;吉林梅花鹿与甘肃马鹿该基因CDS区存在6个突变位点,导致3个氨基酸位点发生了变异;序列相似性及分子系统进化分析显示,吉林梅花鹿MyoG基因与反刍动物山羊、绵羊及水牛的亲缘关系较近。吉林梅花鹿MyoG基因的克隆及序列结构特征的生物信息学预测分析为解析鹿科动物肌肉生长发育的分子调控机制奠定了理论基础。(本文来源于《特产研究》期刊2019年04期）

^[4]（2019）在《生物信息学2019年第17卷总目次》一文中研究指出(本文来源于《生物信息学》期刊2019年04期）

邹杰,李生强,刘显军,陈刚^[5]（2019）在《水稻OsERF103基因生物信息学分析、亚细胞定位及表达分析》一文中研究指出乙烯应答因子(ethylene responsive factors, ERFs)是一类植物特有的转录因子,在植物的生长发育和逆境胁迫响应中起重要调控作用。为了研究水稻(Oryza sativa) OsERF103基因(Gen Bank No. XM_015768788)的功能,本研究利用生物信息学方法对其序列特征进行分析;构建了p BWA(V)HS-OsERF103-Glosgfp融合表达载体并转化水稻原生质体,通过激光共聚焦显微镜观察融合蛋白在水稻原生质体的亚细胞定位;利用q RT-PCR技术对该基因在水稻不同组织及不同逆境胁迫下的表达模式进行分析。结果表明OsERF103含有1个AP2 (APETALA2)结构域,为亲水性蛋白,不含信号肽和跨膜结构,在进化关系上与短舌野生稻(Oryza brachyantha)类脱落酸阻遏因子1 (abscisic acid repressor 1-like, ABR1-like)蛋白的亲缘关系最近;亚细胞定位结果显示OsERF103定位于细胞核;q RT-PCR分析结果显示,OsERF103在孕穗期的根、茎、叶、叶鞘、叶枕和幼穗中均有表达,其在根中表达最强,在叶和幼穗中表达较弱;OsERF103被高温、低温、PEG6000、高盐和脱落酸(abscisic acid, ABA)诱导表达,但在不同的胁迫条件下该基因表达模式不尽相同。本研究为进一步研究水稻OsERF103基因的功能提供了基础资料。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年12期）

宫伟,李涛^[6]（2019）在《利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因》一文中研究指出目的利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,筛选出鼻咽癌转移相关的核心基因和相关信号通路,为寻找鼻咽癌转移早期诊断和靶向治疗潜在标志物提供依据。方法 GSE103611的表达芯片从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载,该数据库中包含48个样本,包括24个原发鼻咽癌样本和24个放疗后转移的鼻咽癌样本。整理微阵列数据集获得差异表达基因(DEGs)与本课题组前期构建的相对于CNE-2侵袭转移能力更强的CNE-2SI细胞对比芯片差异基因进行比对获得共同差异基因。利用基因本体论(GO)和京都百科全书基因和基因组数据库(KEGG)对共同差异基因进行富集并利用DAVIDE在线进行分析。共同差异基因的蛋白质互作(PPI)网络由STRING数据库构建。Hub基因分析通过Cytoscape软件中的cytoHubba插件制作。关键基因的生存分析通过Kaplan Meier-plotter数据库分析获得。结果 GSE103611数据集中共鉴定出差异基因共3301个,其中上调506个,2795个基因被下调。本课题组的芯片中差异基因共2691个,其中上调1349个,1342个基因被下调。两个芯片共同上调基因47个,下调基因135个,共计182个。GO分析表明共同差异基因的生物学功能主要集中在基本的生物学过程和细胞黏附;主要的细胞成分包括细胞膜和细胞质;分子功能包括ATP结合等(P <0.05)。KEGG通路分析显示这些共同差异基因主要参与脂类代谢、MAPK信号通路和细胞黏附信号通路(P<0.05)。CytoHubba插件分析从PPI网络中找到前20个具有高度关联性的核心基因。生存分析发现CXCL10、CUL7、PLCB2可能与在鼻咽癌不良预后相关(P <0.05)。结论利用生物信息学分析筛查鼻咽癌转移相关DEGs和通路可以帮助了解鼻咽癌转移发生的分子机制,对鼻咽癌转移的早期诊断具有临床意义。(本文来源于《中国医药生物技术》期刊2019年06期）

王瑞宁,赵子雅,冯硕,周瑞红,胡露露^[7]（2019）在《赤狐DCT基因生物信息学分析》一文中研究指出为了探讨赤狐DCT基因及其所编码蛋白的性质和功能,进而为挖掘赤狐毛色基因调控机理提供理论基础,试验利用生物信息学分析方法对NCBI中公布的赤狐DCT基因序列(登录号为XM_026003622.1)的编码序列(CDS区)及其编码蛋白的理化性质、跨膜结构域、亚细胞定位、磷酸化位点、信号肽、高级结构进行了分析。结果表明:赤狐DCT基因CDS区全长1 650 bp,共编码549个氨基酸;编码蛋白等电点为6.07,含有20种氨基酸,其中亮氨酸(Leu)含量最高;编码蛋白为不稳定亲水性蛋白;该蛋白主要定位于细胞质、分泌小泡、线粒体等细胞器中,为跨膜蛋白;该蛋白存在43个磷酸化位点,且不存在信号肽;DCT蛋白主要为无规则卷曲结构;该基因保守性较好,且与其遗传关系最近的为家犬。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年23期）

肖莹,李明丽,马黎,兰国湘,严达伟^[8]（2019）在《撒坝猪TNS3基因CDS序列生物信息分析及组织表达检测》一文中研究指出为了研究撒坝猪张力蛋白3(tensin3,TNS3)基因的结构和功能,以及在不同组织中的表达情况,试验对撒坝猪TNS3基因外显子区域进行了PCR扩增,所得序列与NCBI中序列进行比较分析,利用生物信息学软件对撒坝猪TNS3基因的结构、理化性质及其编码蛋白信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、叁级结构和CpG岛等进行了分析,并讨论撒坝猪TNS3基因与其他物种氨基酸序列的进化关系;采用实时荧光定量PCR法检测TNS3基因在不同组织中的表达情况。结果表明:撒坝猪TNS3基因序列与NCBI上公布的野猪TNS3基因序列中的CDS区相比存在4个碱基突变;撒坝猪TNS3蛋白是疏水蛋白,也是不稳定蛋白;该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,主要在细胞外膜上发挥生物学作用,存在磷酸化位点和糖基化位点;该蛋白的叁级结构由α-螺旋(17.87%)、β-转角(4.62%)、延伸链(14.22%)和无规则卷曲(63.29%)构成;TNS3基因在不同物种进化过程中分化明显;撒坝猪TNS3基因有6个CpG岛和3种高度保守的结构功能域;撒坝猪TNS3基因在肝脏中的表达量最高,其次为大脑、背脂、肾脏、脾脏、肺脏,而在大白猪背最长肌中的表达量比撒坝猪高(P<0.05)。说明TNS3基因与猪生长性状相关。(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2019年23期）

吴娜,毛祥坤,万治平,李瀚旻^[9]（2019）在《基于生物信息学分析肝癌组织中关键基因及MicroRNA》一文中研究指出目的:探讨肝细胞癌中关键基因、miRNA及相关的信号通路。方法:在美国国立生物技术信息中心数据库GEO(Gene Expression Omnibus)中下载4个芯片数据(GSE62232、GSE84598及GSE452673个基因数据及GSE98269miRNA数据)进行分析。将筛选出的差异基因(differentially expressed genes,DEGs)输入DAVID数据库进行Gene ontology(GO)及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析,用Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作分析图。将筛选出的差异miRNA(differentially expressed miRNAs,DEMs)用在线软件miRDB进行靶基因预测。结果:通过筛选后发现152个DEGs(103个下调基因及49个上调基因)及34个DEMs(26个DEMs高表达,8个DEMs低表达)。经过DAVID分析后发现P53信号通路、卵母细胞减数分裂等生物过程参与肝癌的发生发展。结论:在152个DEGs中TOP2A、AURKA、HMMR、ANLN、CCNB1、CCNB2、CDK1、CDK3、CENPF、NDC80等10个过表达靶基因可作为肝癌的潜在生物学标记物,miR-424-5p为肝癌的重要miRNA,P53信号通路可能是肝癌的关键作用分子机制。(本文来源于《中华中医药学刊》期刊2019年12期）

王文龙,孔庆志,卢宏达,刘殿雷,余涛^[10]（2019）在《基于生物信息学探析 KIF23基因在乳腺癌中的表达意义及双旋复花内酯甲的干预研究》一文中研究指出目的:阐明KIF23基因在乳腺癌中的表达及意义,并进一步探究双旋复花内酯甲对乳腺癌细胞中KIF23基因的干预作用。方法:从Oncomine和GEO数据库中提取并挖掘关于乳腺癌中KIF23基因表达的数据,并探讨其与乳腺癌预后的关系。最后,进一步分析Japonicone A对乳腺癌细胞中KIF23基因表达水平的影响。结果:对Oncomine数据库中搜集9项KIF23基因有表达差异的乳腺癌和癌旁正常组织数据集在线分析,结果表明KIF23基因在乳腺癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织,差异有统训一学意义(P<0.05)。同时,在线生存分析结果表明KIF23基因低表达患者的预后相对更好(P<0.05)。最后,分析GEO数据库中的数据集GSE85871发现双旋复花内酯甲可使乳腺癌细胞KIF23基因表达下调(P<0.01)。结论:KIF23基因在乳腺癌中高表达,且与乳腺癌患者的预后密切相关,这也许是双旋复花内酯甲干预乳腺癌细胞的一个新靶点。(本文来源于《中华中医药学刊》期刊2019年12期）

生物信息论文开题报告

（1）论文研究背景及目的

此处内容要求：

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例：

目的利用生物信息学分析方法对基因芯片数据进行分析,筛选出肺腺癌相关靶基因并进行验证。方法从美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载编号为GSE10072的基因芯片,得到49例正常肺组织样本和58例肺腺癌组织样本,应用R软件读取原始数据并进行预处理,分析差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),接着对这些DEGs进行聚类分析和功能富集分析,构建蛋白质互作网络,进一步从网络中筛选出核心基因,最后从转录水平和预后来验证分析结果。结果肺腺癌组织和正常肺组织DEGs共888个,其中上调基因有317个,下调基因有571个。根据功能富集分析,细胞粘附、药物反应以及细胞外基质的组成是其较突出的生物学功能,细胞外基质受体相互作用通路以及补体和凝血级联反应通路是其突出的信号通路。得到8个核心基因进一步验证发现,GAPDH,TOP2A,BIRC5和CCNB1 4个基因的表达量与肺腺癌患者的预后相关。结论筛选出的核心基因可能在肺腺癌发展中具有重要作用,并有可能成为肺腺癌的治疗靶点和诊断靶标。

（2）本文研究方法

调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

生物信息论文参考文献

[1].贺超,付沛,王凯,蒋龙,陈慧珍.基于基因芯片的水稻胚乳发育相关基因生物信息学分析[J].辽宁师范大学学报(自然科学版).2019

[2].余东虎,黄静宇,沈小艳,汪育锦,李胜.生物信息学分析筛选肺腺癌关键基因及通路[J].转化医学杂志.2019

[3].宋兴超,徐超,刘琳玲,丛波,杨福合.吉林梅花鹿肌肉发育关联基因MyoG的鉴定及生物信息学分析[J].特产研究.2019

[4]..生物信息学2019年第17卷总目次[J].生物信息学.2019

[5].邹杰,李生强,刘显军,陈刚.水稻OsERF103基因生物信息学分析、亚细胞定位及表达分析[J].农业生物技术学报.2019

[6].宫伟,李涛.利用生物信息学分析鉴定鼻咽癌转移的信号通路及核心基因[J].中国医药生物技术.2019

[7].王瑞宁,赵子雅,冯硕,周瑞红,胡露露.赤狐DCT基因生物信息学分析[J].黑龙江畜牧兽医.2019

[8].肖莹,李明丽,马黎,兰国湘,严达伟.撒坝猪TNS3基因CDS序列生物信息分析及组织表达检测[J].黑龙江畜牧兽医.2019

[9].吴娜,毛祥坤,万治平,李瀚旻.基于生物信息学分析肝癌组织中关键基因及MicroRNA[J].中华中医药学刊.2019

[10].王文龙,孔庆志,卢宏达,刘殿雷,余涛.基于生物信息学探析KIF23基因在乳腺癌中的表达意义及双旋复花内酯甲的干预研究[J].中华中医药学刊.2019

论文知识图

标签：基因论文;  生物论文;  信息学论文;  基因芯片论文;  水稻论文;  肿瘤论文;  胚乳论文;