基于重测序的籽粒型和鲜食型大豆的全基因组变异分析

论文摘要

为揭示籽粒型和鲜食型大豆基因组间的差异,本研究对2个籽粒大豆品种‘浙春3号’、‘浙春4号’和2个鲜食大豆品种‘浙鲜豆8号’‘、浙鲜9号’进行全基因组重测序,平均测序深度为6X,覆盖度大于94%。通过与参考基因组比对发现,籽粒大豆平均杂合率12.24%,鲜食大豆平均杂合率10.97%,籽粒型大豆杂合度高于鲜食型。2个籽粒型大豆插入和缺失变异占总变异21.89%,染色体间易位变异占总变异41.04%;而2个鲜食型大豆缺失变异占总变异22.38%,染色体间易位变异占总变异46.15%,籽粒型大豆缺失变异率和染色体间易位变异率均低于鲜食型大豆。研究结果在一定程度上反映了籽粒型大豆和鲜食型大豆在基因组水平的差异,为分子标记辅助选择育种提供了科学依据。

论文目录

• 1 结果与分析
•   1.1 籽粒型大豆与鲜食型大豆基因组重测序分析
•   1.2 籽粒型大豆与鲜食型大豆SNP位点检测
•   1.3 籽粒型大豆与鲜食型大豆Small InDel的检测
•   1.4 籽粒型大豆与鲜食型大豆的SV检测
•   1.5 各变异在基因组上的分布
• 2 讨论
• 3 材料与方法
•   3.1 试验材料
•   3.2 基因组DNA提取及重测序
•   3.3 测序比对和SNP检测
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 郭丹丹,袁凤杰,郁晓敏

关键词: 全基因组重测序,籽粒大豆,鲜食大豆,单核苷酸多态性,结构变异

来源: 分子植物育种 2019年22期

年度: 2019

分类: 农业科技

专业: 农作物

单位: 浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所

基金: 浙江省粮食新品种选育重大科技专项(2016C02050-10),浙江省自然科学基金一般项目(LY14C130006)共同资助

分类号: S565.1

DOI: 10.13271/j.mpb.017.007306

页码: 7306-7312

总页数: 7

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