水体中根肿菌孢子实时荧光定量PCR检测体系的建立

论文摘要

【目的】十字花科作物根肿病是一种世界性病害,早期准确定量检测病原是实现有效防控的基础,研究旨在建立一种应用于水体中检测根肿菌的实时荧光定量PCR方法。【方法】采用近年已研究并发表的一对引物。建立并优化RT-PCR反应体系,利用大肠杆菌TG-1、大肠杆菌T1-1、大肠杆菌DH5α、肺炎克雷伯菌E3、枯草芽孢杆菌XF-1、解淀粉芽孢杆菌Y2、柑橘黄龙病病原菌、假单胞菌E12、成团泛菌L9、阴沟肠杆菌C6、荧光假单胞菌df等11种病原物进行RT-PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测不同接种浓度的水体中的根肿菌。【结果】得出标准曲线的回归方程为Y=-3. 452X+35. 118,其回归系数R2=0. 996,扩增曲线在1×101～1×107拷贝/μl范围内,具有较好的线性关系,扩增效率94. 833%,相邻扩增曲线间距均匀,1×101拷贝/μl为最低检测值。熔解曲线显示,所有产物具有单一峰形,有高度扩增特异性。重复性试验变异系数小于1%。在人工接种的水体中,检测下限至少为102个孢子/m L。【结论】建立的实时荧光定量PCR方法具有快速、特异、敏感和稳定等优点,为检测根肿菌在水体中的含量提供了技术方法。

论文目录

• 1 材料与方法
•   1.1 材料
•     1.1.1 菌种
•     1.1.2 重组质粒
•     1.1.3 主要试剂和仪器
•     1.1.4 RT-PCR引物
•   1.2 方法
•     1.2.1 细菌基因组DNA的提取
•     1.2.2 重组质粒标准品制备
•     1.2.3 RT-PCR反应体系的建立和优化
•     1.2.4 标准曲线建立
•     1.2.5 RT-PCR检测方法特异性分析
•     1.2.6 RT-PCR检测方法重复性分析
•     1.2.7 根肿菌孢子悬浮液制备
•     1.2.8 水样品RT-PCR检测
• 2 结果与分析
•   2.1 标准质粒纯化
•   2.2 RT-PCR反应体系的建立
•   2.3 RT-PCR的标准曲线
•   2.4 RT-PCR检测方法特异性分析
•   2.5 RT-PCR方法重复性分析
•   2.6 模拟水体的检测
• 3 讨论
• 4 结论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 赵玮琦,何朋杰,吴毅歆,何月秋

关键词: 十字花科,根肿菌,水体,荧光定量技术

来源: 西南农业学报 2019年01期

年度: 2019

分类: 农业科技,基础科学

专业: 生物学,农业基础科学,植物保护

单位: 云南农业大学农学与生物技术学院,云南农业大学农业生物多样性应用技术国家工程研究中心,微生物菌种筛选与应用国家地方联合工程研究中心

基金: 国家自然科学基金(31560503)

分类号: S432.4

DOI: 10.16213/j.cnki.scjas.2019.1.017

页码: 104-109

总页数: 6

文件大小: 389K

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