论文摘要
目的筛选出循环中差异表达的长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）与信使RNA（messenger RNA,mRNA）,构建竞争性内源RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）网络,从中寻找急性心肌梗死（AMI）相关的的分子标志物以及治疗靶点。方法从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中下载AMI相关的基因芯片数据,利用R软件进行差异分析,筛选出在AMI患者中具有的差异lncRNA和mRNA,对其进行功能预测和功能富集及通路分析,构建协同表达关系对,进而构建ceRNA网络。结果本研究对基因芯片数据分析后得到了578个差异基因、84个差异lncRNA。差异分析得到的差异基因主要富集到了炎症、免疫反应和一些趋化因子相关的生物过程与信号通路中,差异lncRNA主要富集到了血红蛋白的运输、氧气输送、单细胞迁移、炎症反应、红细胞分化等生物学过程中。最终通过疾病相关微小RNA（micro RNA,miRNA）的预测以及功能lncRNA的筛选,共得到了56个miRNA-lncRNA-mRNA调控关系,构建了一个包含36个mRNA、5个lncRNA和7个miRNA的ceRNA调控网络。结论本研究构建的ceRNA网络中的lncRNA可能通过竞争性结合miRNA,促进了相应基因的表达,从而参与了AMI的发生与发展,影响疾病的预后。
论文目录
文章来源
类型: 期刊论文
作者: 郑莉梅,薛松
关键词: 急性心肌梗死,生物信息学分析,长链非编码
来源: 徐州医科大学学报 2019年06期
年度: 2019
分类: 医药卫生科技
专业: 心血管系统疾病,急救医学
单位: 上海交通大学医学院附属仁济医院心外科
基金: 国家自然科学基金面上项目(81670225)
分类号: R542.22
页码: 403-406
总页数: 4
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