宏基因组学在抗生素抗性基因鉴定中的应用

论文摘要

随着宏基因组学技术的不断发展,以及测序成本的下降,基于宏基因组学的抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)鉴定技术逐渐成为主流技术。本综述总结了基于宏基因组学的抗生素抗性基因鉴定的主要技术和方法,详细综述了各种鉴定技术的实现流程,并评述了各种方法的优缺点。本研究认为基于功能宏基因组学方法可以发现现有ARGs数据库没有记录的新的抗生素抗性基因。基于机器学习技术比基于AGRs数据库比对和搜索的软件有更高的敏感性和特异性。基于ARGs数据库搜索的方法优点是操作简单,对于生物信息学技能欠缺的研究者选择在线计算工具也是明智的选择。

论文目录

• 1 二代与三代测序技术简介
•   1.1 Roche/454测序技术
•   1.2 ABI SOLiD测序技术
•   1.3 Ion Torrent测序技术
•   1.4 Illumina测序技术
•   1.5 PacBio测序技术
•   1.6 Nanopore测序技术
• 2 抗生素抗性基因主要数据库
•   2.1 ARDB数据库
•   2.2 CARD数据库
•   2.3 ARGO数据库
•   2.4 ResFinder数据库
• 3 发现抗生素抗性基因的3类方法
•   3.1 基于序列与功能宏基因组学的方法
•   3.2 基于数据库比对与搜索的方法
•   3.3 基于机器学习的鉴定方法
• 4 抗生素抗性基因在线识别分析工具
•   4.1 ARGs-OAP
•   4.2 SEAR
•   4.3 Res Finder
•   4.4 MG-RAST
•   4.5 MICRA
• 5 结论与展望
• 作者贡献

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 彭司华,吴智超,孙丹,谭双配,王怡鸣,文登鑫

关键词: 抗生素抗性基因,抗生素,宏基因组学,二代测序

来源: 基因组学与应用生物学 2019年09期

年度: 2019

分类: 基础科学,医药卫生科技

专业: 生物学

单位: 上海海洋大学水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室,上海海洋大学农业部国家水生动物病原库,上海海洋大学科学技术部海洋生物科学国际联合研究中心,上海海洋大学水产与生命学院发育生物学系

基金: 上海市自然科学基金(15ZR1420800),上海海洋大学博士科研启动项目(A2-0203-00-100313)共同资助

分类号: Q78

DOI: 10.13417/j.gab.038.004102

页码: 4102-4109

总页数: 8

文件大小: 1642K

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