基于GEO数据库胃癌差异表达环状RNA及其功能与通路研究

论文摘要

目的利用GEO数据库胃癌环状RNA（circRNA）表达谱数据,探讨胃癌差异表达circRNA及其富集的通路和参与的功能。方法首先在GEO数据库查询并下载胃癌circRNA表达谱数据,选择符合条件的3个数据集,分别为GSE78092、 GSE100170、GSE83521,对circRNA的命名进行整合和统一,在R.3.5.0环境下应用Limma包筛选差异表达circRNA,过滤条件为校正P<0.05,log2FC绝对值>1。然后,利用聚类分析热图筛选在正常组织和癌组织中区分度最佳的circRNA进行深入研究,分析其潜在作用的GO功能和KEGG通路。结果在整合数据中共发现13个差异表达circRNA,对其表达水平和组织样本进行聚类分析发现,hsacirc0009172、hsacirc0006089在正常组织和胃癌组织中差异表达最为明显。GO功能和KEGG通路发现hsacirc0009172可能在细胞粘附分子结合、转录因子活性等GO功能存在富集,可能通过P53信号通路发挥抑癌作用;而hsacirc0006089可能发挥钙粘蛋白结合、翻译调节活性等GO功能,可能通过癌症的转录失调信号通路、轴突引导信号通路发挥促癌作用。结论综合GEO公共数据库胃癌circRNA表达谱芯片数据,使样本量相对充足,筛选胃癌组织与正常组织间差异表达circRNA并进行深入研究是可行的,为胃癌相关circRNA的基础研究提供有意义的参考,将来可能为胃癌的个体化治疗提供分子标志物及治疗靶点。

论文目录

• 1 资料与方法
•   1.1 芯片数据下载及预处理
•   1.2 基于Limma包的差异表达circRNA的筛选
•   1.3 肿瘤组织与正常组织中区分度最佳的circRNA调控基因的GO功能、KEGG通路富集分析
• 2 结果
•   2.1 circRNA表达谱芯片的一般情况
•   2.2 胃癌组织中差异表达circRNA的筛选结果
• circ₀009172、hsa_circ₀006089的circRNA-miRNA-mRNA调控网络的可视化及调控基因功能富集分析结果'>  2.3 hsa_circ₀009172、hsa_circ₀006089的circRNA-miRNA-mRNA调控网络的可视化及调控基因功能富集分析结果
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 常绪生,韩廷,康争春,蔡慧,印慨

关键词: 胃癌,差异表达环状,功能,通路

来源: 临床军医杂志 2019年12期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技

专业: 肿瘤学

单位: 海军军医大学附属长海医院普通外科

基金: 上海市卫生和计划生育委员会科研课题重点项目(201640017)

分类号: R735.2

DOI: 10.16680/j.1671-3826.2019.12.07

页码: 1298-1302

总页数: 5

文件大小: 2248K

下载量: 252