基于生物信息学方法探讨Her-2基因表达对胃癌免疫细胞浸润的影响

论文摘要

目的探讨人类表皮生长因子受体2（human epidermal growth factor receptor-2,Her-2）对胃癌组织中免疫细胞浸润的影响及可能的机制。方法从癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库下载胃癌转录测序数据及临床资料。采用CIBERSORT反卷积算法获得胃癌微环境中浸润的免疫细胞占比,分析其与Her-2表达的关系,筛选Her-2基因潜在的调控浸润免疫细胞的类型。采用基因集变异分析（gene set variation analysis,GSVA）评估与胃癌组织Her-2表达相关的信号通路集合,利用GEO（gene expression omnibus）收录的胃癌转录组数据验证Her-2基因表达与胃癌免疫细胞浸润程度的关系。结果 CIBERSORT分析TCGA数据库胃癌样本发现CD8+T细胞、静息状态记忆性CD4+T细胞、M0型巨噬细胞及肥大细胞在Her-2高表达及低表达组中的浸润程度差异有统计学意义（P=0.029,0.049,0.027,0.008）。GEO数据库与TCGA数据库分析结果均显示,Her-2基因高表达与CD8+T细胞、静息状态记忆性CD4+T细胞、M0型巨噬细胞及肥大细胞的发育、诱导分化、迁移调控有关（P<0.05）,并影响胃癌组织中部分免疫细胞的浸润能力和程度。结论在胃癌中Her-2基因高表达可能对部分免疫细胞形成和功能发挥具有抑制作用。

论文目录

• 1 资料与方法
•   1.1 数据来源
•   1.2 肿瘤浸润免疫细胞评估
•   1.3 基于特定基因标识的功能变化分析
•   1.4 统计学方法
• 2 结果
•   2.1 CIBERSORT分析结果
•   2.2 179例胃癌样本中免疫细胞浸润程度的相关性
•   2.3 GSVA分析结果
•   2.4 GEO数据验证分析结果
• 3 讨论

文章来源

类型: 期刊论文

作者: 张静,游路宽,胡毅

关键词: 胃癌,人类表皮生长因子受体,肿瘤免疫细胞浸润,分子机制,生物信息学

来源: 中国癌症防治杂志 2019年06期

年度: 2019

分类: 医药卫生科技,基础科学

专业: 生物学,肿瘤学

单位: 解放军总医院第一医学中心肿瘤内科

基金: 国家重点专项精准医学项目（2017YFC0907904）

分类号: Q811.4;R735.2

页码: 454-460

总页数: 7

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