导读:本文包含了系统发育学分析论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:线粒体,系统,基因,绦虫,氧化酶,形态学,酵母。
系统发育学分析论文文献综述
阿尔古丽·加玛哈特,热衣木·马木提[1]（2019）在《方斑网衣的分子鉴定和系统发育学分析》一文中研究指出为鉴定方斑网衣中的隐存种,以新疆地区的方斑网衣为试验材料,用分子系统发育学方法,研究了方斑网衣核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)碱基组成信息、变异位点以及简约信息位点、种内的遗传距离、遗传距离聚类情况、ITS位点系统发育树分析以及基于条形码间隔自动检索鉴定方斑网衣隐存种类。结果表明:方斑网衣ITS基因片段长度为528 bp,其中62个为变异位点、43个为简约位点、460个为保守位点、G+C碱基组成占总含量的56.1%、G+C含量高于A+T含量、单倍型多样性(haplotype (gene) diversity,Hd)为0.993、核酸多样性(nucleotide diversity,Pi)为0.048 76;基于遗传距离构建的聚类树同系统发育树分支聚类情况一致,分为2个大分支;通过条形码自动检索法鉴定出方斑网衣可为2个种。通过综合分析鉴定出方斑网衣2个隐存种即方斑网衣原种(Lecidea tessellata var.tessellata)和方斑网衣蓝变种(Lecidea tessellata var.caesia)。(本文来源于《北方园艺》期刊2019年14期）
魏超,毛建霏,代晓航,郭灵安[2]（2019）在《西藏传统发酵牦牛酸奶中乳酒假丝酵母的分离鉴定与系统发育学分析》一文中研究指出目的开发西藏传统发酵牦牛酸奶的微生物种质资源。方法对拉萨周边牧场的10份传统发酵牦牛酸奶样品进行乳酸菌的分离过程中得到6株酵母菌,通过常规形态特征、生化和基质解吸电离飞行时间质谱法(matrix desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS)进行鉴定,对其质谱标识峰进行蛋白质水平同源性分析,采用ITS序列对其进行基因学比对。结果经生化和质谱鉴定分离的6株酵母为乳酒假丝酵母,分离酵母和已知乳酒假丝酵母通过ITS序列在GENEBANK比结果为命名有差异为马克斯克鲁维酵母,但乳酒假丝酵母可认定为其无性型变种。蛋白质同源分析结果表明6株分离菌与已知乳酒假丝酵母在蛋白质水平有一定差异,收集到其特征性蛋白质片段的标识峰12组。结论乳酒假丝酵母的分离与研究为西藏传统发酵牦牛酸奶中酵母菌的开发提供理论支撑。(本文来源于《食品安全质量检测学报》期刊2019年03期）
郭萍,王冠华,纪燕玲,于汉寿,王志伟[3]（2018）在《禾本科植物内生真菌研究20:基于NRPS5基因的我国东部早熟禾亚科植物内生真菌系统发育学分析》一文中研究指出【背景】冷季型禾草-Epichloae真菌内生共生体在我国广泛存在,Epichloae内生真菌具有遗传多样性。【目的】选取来自江苏、山东和安徽等6省共8地的早熟禾亚科植物中的21个Epichlo?sp.菌株,检测菌株的NRPS5基因;分析不同宿主内Epichlo?属内生真菌NRPS5基因多样性。【方法】提取Epichlo?spp.菌株DNA,利用特异性引物对菌株中NRPS5基因进行PCR检测和序列分析,并基于NRPS5基因构建最大简约法系统发育树。【结果】NRPS5基因可能广泛分布于我国东部冷季型禾本科植物Epichloae内生真菌中。在同种内生真菌和同一宿主(除鹅观草)中的不同种内生真菌中NRPS5基因相对保守,但不同宿主的内生真菌其碱基序列差异大,与宿主植物采集地点、采集时间和子座的有无均无相关性,NRPS5基因的差异主要与宿主植物有关。这说明NRPS5基因序列比较保守,推测属于NRPS蛋白的功能核心区。【结论】NRPS5基因序列相对保守,可作为真菌遗传多样性分析的一种辅助手段。(本文来源于《微生物学通报》期刊2018年10期）
向奇[4]（2016）在《大熊猫被毛可培养真菌的分离鉴定与系统发育学分析及酵母菌药敏试验》一文中研究指出目的:通过对大熊猫体表真菌多样性的研究,为研究大熊猫真菌性皮肤病奠定基础,为正确诊断和治疗真菌性皮肤病提供参考。方法:本试验通过采集不同季节(3、6、9和12月)大熊猫被毛,进行真菌分离培养、形态学鉴定,并以真菌ITS序列通用引物ITS1、ITS4对全部分离株进行PCR扩增、序列测定和系统发育分析。利用丹麦Rosco纸片扩散法,用5种抗真菌药(两性霉素B、制霉菌素、酮康唑、氟康唑、伊曲康唑)对15种酵母菌进行药敏试验。结果:通过分离培养,获得真菌165株,秋季(9月)分离到的菌株数量最多,为50株(19个属中,鉴定出19个种,15株只能鉴定到属水平),占总菌株数量的30.3%;夏季(6月)分离到的菌株数量及种类数最少,为38株(包含8个属,鉴定出8个种,5株只能鉴定到属水平),占总菌株数量的23%。本次试验总菌株中,毛孢子菌属48株,占总菌株数量的29%,为本次试验的优势属。指间毛癣菌(Trichophyton interdigitale)在总菌株中所占的比例为6%;Aspergillus versicolor,Aspergillus versicolor 在总菌株中均占比例为 5%;Lecanicilliumlecanii在总菌株中所占比例为4%,均为优势菌种。药敏试验结果表明:Cryptococcus fraiola,Trichosporonmiddelhovenii 对酮康唑耐药;Candida catenulate,Tichophyton interdigitale对两性霉素 B耐药;Candidacatenulate,Trichosporon jirovecii对伊曲康唑耐药;Trichosporon sp.对氟康唑耐药;Trichosporon cutaeum,Candida catenulate 对制霉菌素耐药。结论:大熊猫被毛可培养真菌种类丰富,具有丰富的微生物多样性。不同季节采集的样品,在相同培养条件下分离到的菌株数量及真菌种类具有差异,且秋季两者数量都最高。分离到的菌株中,毛孢子菌属为优势属。药敏试验结果表明15种酵母菌存在对5种抗真菌药(酮康唑、两性霉素B、伊曲康唑、氟康唑、制霉菌素)中一种或多种耐药的菌株。(本文来源于《四川农业大学》期刊2016-12-01）
马相铭[5]（2016）在《无偶斗星介（Cypridopsis vidua）线粒体DNA全序列结构分析及介形类系统发育学研究》一文中研究指出介形类隶属于节肢动物门甲壳动物亚门介形纲,是一种小型水生动物,其在生态学、地质学、古生物学及进化生物学研究中具有重要的应用价值,甚至于被一些学者称作“进化生物学中应用潜力非常大的模式动物”。但介形类的基础生物学研究薄弱限制了其在上述领域内作用的充分发挥。本研究针对介形类系统学研究中存在的问题,应用分子系统学的原理与方法开展研究,希望为今后介形类动物的分类提供新的证据。1.无偶斗星介(Cypridopsis vidua)线粒体基因组分析及基于线粒体DNA全序列的介形类系统发育研究本研究利用Long PCR技术获得了无偶斗星介的线粒体DNA全序列,其特征主要包括：基因组全长为16783bp,含有13个蛋白编码基因,22个tRNA,2个rRNA和1个控制区。重链的碱基组成分别为：腺嘌呤(A,36.72%)、鸟嘌呤(G,10.51%)、胞嘧啶(C,15.74%)、胸腺嘧啶(T,37.03%),A+T的含量远大于G+C,说明重链具有很强的碱基偏斜性。控制区的长度相比其他甲壳动物来说较长,为2324bp。在密码子使用中,所有的蛋白编码基因都使用ATN类型的起始密码子,除了ND1和ND4的终止密码子为单个的T之外,其他11个蛋白编码基因都为TAA或TAG。而后,本研究基于重链上的13个蛋白编码基因,应用PAUP软件对介形类与其他“泛甲壳动物”间的系统发育关系进行了分析。最大简约法(MP法)研究结果显示,介形类中的两个主要类群(壮肢亚纲Myodocopa和尾肢亚纲Podocopa)可能不是一个单系群,其中壮肢介与五口类(Pentastomida)和鱼鲺类(Branchiura)间的关系较近,而尾肢介与蔓足类(Cirripedia)聚为一支。根据线粒体基因排列顺序分析,发现尾肢纲中的两个物种无偶斗星介和钏路豆形玻璃介(Fabaeformiscandona kushiroensis)司的线粒体基因排序较为相似,两者更接近于典型的节肢动物线粒体基因排序；而壮肢纲海萤(Vargula hilgendorfii)的进化历程则比这两者复杂得多。2.基于核基因18S rDNA序列的介形类高级阶元系统分类研究本研究还测得了喜盐异星介(Heterocypris salina)、膨大丽神介(Cypretta turgida)、克氏丽星介(Cypria kraepelini)、意外湖花介(Limnocythere inopinata)和达尔文介(Darwinula stevensoni)等5个物种的18S rDNA序列,结合GenBank中已报导的介形类18S rDNA序列,对介形纲4目9亚目中15超科的12个超科及其他具有代表性的“泛甲壳动物”共140个物种进行了系统发育关系分析。研究发现18S rDNA序列可能不适于解决介形类动物中亚纲以上阶元间的系统学问题,但在目和超科阶元水平的系统学研究可发挥重要作用。从介形类系统分类角度分析,研究结果：(1)支持传统分类系统中对壮肢亚纲的规划,即该亚纲下属两个目,其中吸海萤目(Halocyprida)包括肢足亚目(Cladocopina)和吸海萤亚目(Halocypridinae),壮肢目(Myodocopida)包括海萤超科(Cypridinoidea)、帚海萤超科(Sarsielloidea)以及圆壳海萤超科(Cylindroleberididae); (2)支持尾肢亚纲为单系群,但建议将传统分类系统中简肢目(Platycopida)中的小花介科(Cytherellidae)归于尾肢目(Podocopida),这样简肢目仅包括穿孔介科(Punciidae)一个类群,尾肢目内部形成((((巴氏介Bairdiocopina+达尔文介Darwinulocopina)+小花介Cytherellocopina)+金星介Cypridocopina)+浪花介Cytherocopina)的系统发育关系,尾肢目中最大的类群金星介亚目3个超科间的亲缘关系为((大介超科Macrocypridoidea+海星介超科Pontocypridoidea)+金星介亚目Cypridocopina)。(本文来源于《华东师范大学》期刊2016-04-01）
李超群,张耀刚,曹得萍[6]（2015）在《青南藏区多房棘球绦虫系统发育学分析》一文中研究指出目的对青南藏区流行的多房棘球绦虫基因多态性及系统发育进行初步分析。方法利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ(COXⅠ)行分子标记,以COXⅠ为基因marker设计引物扩增COXⅠ部分基因序列,将得到的11条碱基序列通过Clustal X软件进行多重序列分析比对,与13条来自Gen Bank的棘球绦虫COXⅠ序列共同构建贝叶斯进化树。结果用于分析的标本序列与来源于亚洲的中国(四川,内蒙古)、哈萨克斯坦和欧洲的法国、斯洛伐克的多房棘球绦虫型聚于一枝,位于发育树的冠部,并在这一枝内部形成梳齿状分支。结论流行于青南藏区的多房棘球蚴标本存在基因多态性,其系统发育复杂。(本文来源于《青海医学院学报》期刊2015年04期）
洪璇,洪有为,陈仲巍,赵春贵,杨素萍[7]（2015）在《九龙江河口区nirS型反硝化细菌多样性及系统发育学分析》一文中研究指出【目的】结合16S rRNA基因克隆文库和nirS基因克隆文库的分析,揭示九龙江河口区nirS型反硝化细菌多样性。【方法】选取九龙江河口区一富营养化采样点,分别采集水样及沉积物样品,进行理化因子的测定并提取细菌总DNA。以水样DNA构建16S rRNA基因克隆文库,以沉积物DNA构建nirS基因克隆文库,分析微生物群落结构的多样性并构建系统发育树。【结果】从16S rRNA基因克隆文库中获得86条有效序列,按97%的序列相似性划分为53个OTU,分别属于Proteobacteria门、Planctomycetes门、Bacteroidetes门、Actinobacteria门、Firmicutes门和Chloroflexi门。其中属于Proteobacteria门OTU的克隆子占克隆数的62.9%,是最优势的类群,分属于Alphaproteobacteria、Betaproteobacteria、Gammaproteobacteria和Deltaproteobacteria纲等。从nirS基因克隆文库中获得190条有效序列,翻译为氨基酸序列后,按82%的序列相似性划分为60个OTU,并定位到属的水平。其中Proteobacteria门是最优势的类群,占文库克隆子总数的71.6%,包括Alphaproteobacteria纲(5.8%)、Betaproteobacteria纲(49.0%)和Gammaproteobacteria纲(16.9%)。nirS基因克隆文库中丰度最高的OTU与Gen Bank中的一株可培养反硝化菌Thauera sp.R-26906具有100%的序列相似性。【结论】九龙江河口区的微生物以及亚硝酸盐还原酶基因(nirS)具有丰富的多样性。大部分Nir S序列在Gen Bank中的最相似序列来源于河口、海湾等相似的环境。(本文来源于《微生物学通报》期刊2015年09期）
沈清清,刘芳,陈红惠[8]（2015）在《维氏气单胞菌MreB蛋白的结构分析及其系统发育学意义》一文中研究指出【目的】认识维氏气单胞菌Mre B蛋白的各级结构,研究Mre B蛋白的保守性与作为分子标记工具的可靠性。【方法】应用Prot Param、Predict Protein和SWISS-MODEL等在线软件分别分析蛋白的一级结构及理化性质,预测蛋白二级、叁级结构;利用Clustal X 2.0、ESpript 3.0和MEGA 6等软件对几类细菌中的Mre B蛋白进行氨基酸序列比对分析和系统发育学研究。【结果】维氏气单胞菌Mre B蛋白是由346个氨基酸组成的酸性蛋白,主要定位于细胞膜上;蛋白二级结构主要由α-螺旋、扩展长链和无规则卷曲结构构成,其中无规则卷曲所占比例最高;同源建模的结果显示蛋白的叁级结构中含有12个α-螺旋结构、5个β-折迭结构、8个β-发夹结构、22个β-转角和4个γ-转角。【结论】获得了维氏气单胞菌Mre B蛋白详细的理化信息,同源建模构建的模型具有合理的空间结构,PROCHECK评分较高,为实验研究提供了一定的结构基础;Mre B蛋白具有保守位点与结构保守性,属高保守蛋白,且变异度适宜,可作为分子标记工具应用于细菌的分类鉴定。(本文来源于《微生物学通报》期刊2015年02期）
刘成龙,曾晓起[9]（2014）在《刻肋海胆属叁种刻肋海胆形态多变量分析和基于线粒体基因系统发育学探究》一文中研究指出刻肋海胆属(Temnopleurus)隶属于海胆纲(Echinoidea)拱齿目(Camarodonta)刻肋海胆科(Temnopleuridae),是我国近海分布比较广泛的一个属。本文利用形态多变量分析和线粒体DNA标记的方法,对刻肋海胆属3种刻肋海胆进行了形态学和遗传学研究,进而测定了线粒体基因组全序并利用线粒体基因组对其系统发育进行探索。以刻肋海胆属的哈氏刻肋海胆(Temnopleurus hardwickii)、细雕刻肋海胆(Temnopleurus toreumaticus)和芮氏刻肋海胆(Temnopleurus reevesii)为研究对象。运用形态学方法研究了3种刻肋海胆共90个个体的形态差异。对3种刻肋海胆形态学的4个分节特征和15个量度特征进行主成分分析、单因子方差分析、聚类分析和判别分析。研究结果显示,细雕刻肋海胆和哈氏刻肋海胆的形态特征比较接近,而这2种海胆与芮氏刻肋海胆的形态特征差异较显着。通过判别分析,分别得到了3种海胆的准确率较高的判别公式,综合判别率达到了97.8%。利用PCR扩增技术得到了哈氏刻肋海胆、细雕刻肋海胆和芮氏刻肋海胆的线粒体16s rRNA和COⅠ基因片段。序列分析结果表明,3种海胆在两个基因片段上均表现出核苷酸序列不均一,且存在A+T偏倚的现象。COⅠ基因片段的序列变异位点比例(24.07%)高于16s rRNA片段(21.76%)。结合GenBank中刻肋海胆属另外2种海胆Temnopleurus alexandri和Temnopleurus michaelseni的序列,对刻肋海胆属进行了遗传学分析。基于Kimura-2-parameter模型计算得到5种海胆的种间平均遗传距离。基于16s rRNA基因片段得到的种间遗传距离,芮氏刻肋海胆和T.michaelseni间的遗传距离最小,为0.076,T.alexandri和T.michaelseni间的遗传距离最大,为0.182;基于COⅠ基因片段得到的种间遗传距离,芮氏刻肋海胆和T.michaelseni间的遗传距离最小,为0.158,哈氏刻肋海胆和芮氏刻肋海胆间的遗传距离最远,为0.206。以杂色角孔海胆(Salmacis sphaeroides)为外群,应用距离法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML),分别构建16s rRNA和COⅠ基因片段的系统发育树。得到的系统发育树拓扑结构基本一致,均为哈氏刻肋海胆和细雕刻肋海胆先聚为一支,再与T.alexandri聚类;芮氏刻肋海胆和T.michaelseni聚为一支。线粒体基因组全序测定方面,以long-PCR结合常规PCR方法设计了17对引物和10对检测引物,采用步移法测定了叁种刻肋海胆的线粒体基因组全序列,其中芮氏刻肋海胆基因组长度为15696bp,哈氏刻肋海胆为15710bp,细雕刻肋海胆为15703bp。刻肋海胆的基因组结构与棘皮动物门的大多数已知序列种一致,包括22个tRNA、2个rRna、13个蛋白质编码基因以及非编码区,排列顺序也与棘皮动物一致。系统发育方面,采用线粒体基因全序列、蛋白质编码基因联合、tRNA联合、rRNA联合对9种海胆分别采用距离法(NJ),最大节约法(MP),最大拟然法(ML)构建系统发育树,根据Kimura-2-parameter计算其遗传距离,结果显示刻肋海胆的叁种海胆和黑海胆、心形海胆的遗传距离较近,与球海胆科的遗传距离较远。3种方法构建的系统发育树,树形基本相同,系统发育拓扑结构与形态学分类结果一致。(本文来源于《“全球变化下的海洋与湖沼生态安全”学术交流会论文摘要集》期刊2014-10-27）
曹得萍,樊海宁,毋德芳,赵海龙,白海燕[10]（2014）在《利用细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ分析青海藏区细粒棘球绦虫系统发育学》一文中研究指出目的囊型包虫病是一种广泛流行且危害严重的人兽共患寄生虫病。本文旨在分析流行于青南地区细粒棘球绦虫系统发育学及基因多态性。方法本文利用线粒体DNA细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ(COXⅠ)分子对收集到的流行于青海省的59例包虫病样本进行测序。总计71条序列(其中12条来自GenBank)碱基通过Clustal X软件比对,构建贝叶斯进化树。结果流行于青海省包虫病样本大部分与细粒棘球绦虫G1型聚在一枝,还有叁个样本与多房棘球绦虫(AB018440)聚在一枝。虽大部分棘球绦虫基因型属于G1型,但各自的基因型各不相同,具有丰富的多样性。结论流行于青海省细粒棘球绦虫系统发育学比我们想象复杂。(本文来源于《中国人兽共患病学报》期刊2014年10期）
系统发育学分析论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的开发西藏传统发酵牦牛酸奶的微生物种质资源。方法对拉萨周边牧场的10份传统发酵牦牛酸奶样品进行乳酸菌的分离过程中得到6株酵母菌,通过常规形态特征、生化和基质解吸电离飞行时间质谱法(matrix desorption ionization time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS)进行鉴定,对其质谱标识峰进行蛋白质水平同源性分析,采用ITS序列对其进行基因学比对。结果经生化和质谱鉴定分离的6株酵母为乳酒假丝酵母,分离酵母和已知乳酒假丝酵母通过ITS序列在GENEBANK比结果为命名有差异为马克斯克鲁维酵母,但乳酒假丝酵母可认定为其无性型变种。蛋白质同源分析结果表明6株分离菌与已知乳酒假丝酵母在蛋白质水平有一定差异,收集到其特征性蛋白质片段的标识峰12组。结论乳酒假丝酵母的分离与研究为西藏传统发酵牦牛酸奶中酵母菌的开发提供理论支撑。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
系统发育学分析论文参考文献
[1].阿尔古丽·加玛哈特,热衣木·马木提.方斑网衣的分子鉴定和系统发育学分析[J].北方园艺.2019
[2].魏超,毛建霏,代晓航,郭灵安.西藏传统发酵牦牛酸奶中乳酒假丝酵母的分离鉴定与系统发育学分析[J].食品安全质量检测学报.2019
[3].郭萍,王冠华,纪燕玲,于汉寿,王志伟.禾本科植物内生真菌研究20:基于NRPS5基因的我国东部早熟禾亚科植物内生真菌系统发育学分析[J].微生物学通报.2018
[4].向奇.大熊猫被毛可培养真菌的分离鉴定与系统发育学分析及酵母菌药敏试验[D].四川农业大学.2016
[5].马相铭.无偶斗星介（Cypridopsisvidua）线粒体DNA全序列结构分析及介形类系统发育学研究[D].华东师范大学.2016
[6].李超群,张耀刚,曹得萍.青南藏区多房棘球绦虫系统发育学分析[J].青海医学院学报.2015
[7].洪璇,洪有为,陈仲巍,赵春贵,杨素萍.九龙江河口区nirS型反硝化细菌多样性及系统发育学分析[J].微生物学通报.2015
[8].沈清清,刘芳,陈红惠.维氏气单胞菌MreB蛋白的结构分析及其系统发育学意义[J].微生物学通报.2015
[9].刘成龙,曾晓起.刻肋海胆属叁种刻肋海胆形态多变量分析和基于线粒体基因系统发育学探究[C].“全球变化下的海洋与湖沼生态安全”学术交流会论文摘要集.2014
[10].曹得萍,樊海宁,毋德芳,赵海龙,白海燕.利用细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ分析青海藏区细粒棘球绦虫系统发育学[J].中国人兽共患病学报.2014
论文知识图
