导读:本文包含了拓扑结构编码论文开题报告文献综述、选题提纲参考文献及外文文献翻译，主要关键词:拓扑,结构,算法,分子结构,基因组,数据结构,网络。
拓扑结构编码论文文献综述
武成艳[1]（2016）在《基于拓扑二级结构和阅读框识别不同细胞器基因组的非编码RNA》一文中研究指出随着功能基因组学的飞速发展,对非编码转录产物功能的研究引起越来越多人的关注。人类基因组中超过98%的序列为非蛋白质编码DNA,这些非编码DNA序列大部分会转录成RNA,并且直接以RNA的形式发挥功能,参与基因的转录调控、蛋白质的翻译等重要的生物学功能。而且近年来人们发现非编码RNA往往与疾病、DNA损伤修复、植物的应激反应有关。随着RNA数据的积累,细胞核基因组编码的短链或长链非编码RNA(Non-coding RNA,ncRNA)被确认对线粒体的功能以及线粒体动力学有一定的调节作用。许多ncRNAs一方面调控与细胞器功能相关的核基因,同时也与线粒体的形态、新陈代谢,线粒体白噬以及与线粒体有关的凋亡有关。然而,人们对遗传信息在不同细胞器间以ncRNAs形式传递的了解长期以来仍然有限。因此,理解细胞器之间的ncRNAs信息传递显得非常重要。随着ncRNA研究在细胞器基因组水平的日益深入,发现对不同细胞器基因组转录的ncRNA的识别有助于进一步了解不同细胞器基因组ncRNA的功能。本研究在细胞器基因组水平对不同细胞器基因组转录的ncRNAs的注释问题进行了系统的研究,包括构建细胞器基因组水平不同定位信息的非编码RNAs数据集、结合ncRNA序列和结构特征提取有效的特征参数并对参数进行优化、预测算法的建立以及算法的推广等。积累的组学数据所呈现的基因水平的复杂性很难从蛋白质编码基因数量的角度加以解释,为此,有人认为长期以来被认为是垃圾的、缺乏蛋白质编码能力的ncRNA的调节作用可以解释这种现象。其中,微小RNAs (microRNAs, miRNAs)和小干涉RNAs (siRNAs)一致被认为在生物的调控功能中扮演重要角色。本论文最后,以microRNA为例,研究非编码RNA与靶基因对乳腺癌的发生、发展的调控作用。考虑到多个microRNA对靶基因存在协同调控作用,我们选取在乳腺癌中起抑癌作用的miR-17-92基因簇及其2个旁系同源基因簇转录的1 5种microRNA序列及其共调控靶基因作为研究对象,对基因簇转录的microRNA序列特征及其共调控靶基因在乳腺正常组织和乳腺癌组织中的调控作用进行研究。论文主要的研究内容如下：一、我们首次从NONCOGING v3.0数据库中收集并整理出有细胞器基因组注释的ncRNA序列,并对序列长度分布进行分析。考虑到序列相似性对预测的影响,进一步采用Cd-hit软件构建了序列相似性在80%以下的数据集ncRNA_361 dataset。从最简单的碱基物理化学特性出发,讨论不同细胞器基因组转录的ncRNA序列的理化特性。在此基础上进一步考虑阅读框下的n-mer组分偏好,结构-序列模式下叁联体组分,以及简并密码子偏好。通过深入探讨无阅读框与阅读框对识别不同细胞器基因组转录的ncRNA序列的影响,发现最优阅读框为第一阅读框。二、考虑到ncRNA的结构信息更能反映ncRNA执行功能时的空间构象,而保守模体反映了序列在长期进化过程中的压力。我们首次提取ncRNA序列的拓扑二级结构特征和保守模体作为在细胞器基因组水平识别ncRNA的特征参量。特征的融合不可避免会带来维数的增加,我们结合前人的经验,提出两种不同的降维方法：一是特征的降维映射,二是基于mRMR的增加特征选择(IFS)的方法,即选取最优特征子集。结合目前较为流行的离散增量算法(increment of diversity classifier, ID)、K紧邻算法(K-nearest neighbor classifier, KNN)以及支持向量机算法(support vector machine, SVM)提出多算法的融合：改进的离散量结合K紧邻算法(the improved K-minimum increment of diversity classifier, iK-MID)、高效的平均K紧邻算法(the improved K-nearest neighbor classifier, iKNN)以及离散增量结合支持向量机算法(the increment of diversity combining support vector machine,ID-SVM)。最后,通过不同算法之间的相互比较,探索更加有效的细胞器基因组ncRNA识别的理论模型。叁、应用生物信息学手段,对特定miRNA基因簇(hsa-miR-17-92基因簇)及其旁系同源基因簇转录的miRNA序列特征及其共调控靶基因在乳腺不同组织的表达水平进行了研究,并利用反馈机制简单解释该miRNA对下游基因的调控机制,为生物学实验提供了有一定研究意义和价值的线索。(本文来源于《内蒙古大学》期刊2016-03-25）
张应中,谢馥香,罗晓芳,王钦瑞[2]（2016）在《采用半边编码的叁角网格拓扑数据结构》一文中研究指出为了更紧凑地表示叁角网格的几何和拓扑信息,充分利用叁角网格中的面、顶点和半边之间的语义关系和隐含信息,提出一个采用半边编码的叁角网格拓扑数据结构.首先建立以顶点序列表示的叁角面对象,并存放在动态数组中;将半边表示为所属叁角面在数组中的下标和顶点连线顺序隐式关系的二元组,并且编码为一个无符号长整型数;在顶点对象中设置外出半边属性,在叁角面对象中设置相邻面的3个反向半边属性;通过对设置的半边信息进行解码,实现拓扑信息查询.基于该数据结构开展了STL叁角网格数据的拓扑重建实验,在对内存空间需求、重建效率和拓扑信息处理能力等方面,与目前广泛使用的半边数据结构进行了比较,表明需求内存空间大为减少.(本文来源于《计算机辅助设计与图形学学报》期刊2016年02期）
曹洪新[3]（2013）在《基于拓扑结构和互连编码的NoC低功耗研究》一文中研究指出随着半导体技术的进步，芯片的集成度越来越高，设计技术越来越复杂，片上系统(System-on-Chip,SoC)面临着延迟、功耗、容错性等方面的挑战。2001年左右，国外科研机构提出了一种新的体系结构——片上网络(Network-on-Chip,NoC)，作为解决下一代通信架构扩展性和功耗问题的新范式，同时NoC也成为高性能片上系统设计的重要发展方向。相对于传统的总线型通信结构中存在的性能瓶颈，NoC提供了新的片上通信解决思路，成为当前研究的热点。近几年，NoC技术不仅被大规模超级计算机系统所采用，而且在移动通信领域和嵌入式设备中得到了广泛应用。尽管NoC相对于SoC具有很好的能量效率，但随着通信量的增大，功耗约束成为片上网络面临的重要问题之一，如何在保证整体性能的基础上降低功耗成为当前研究工作的主要问题之一。国内外许多科研机构和大学从底层的物理设计到拓扑结构的选择等不同的设计层面上提出了多种降低功耗的方法。本文总结了国内外解决低功耗问题的已有技术成果，分析了这些科研成果的主要思想及其在实际中的应用前景。在此基础上，首先提出了两种片上网络拓扑结构以及相应的路由算法，从理论上分析了它们的综合性能以及与经典拓扑结构的差异，并通过仿真实验证明这两种拓扑结构均可以有效地降低片上网络的功耗。其次从串扰避免角度出发提出了一种互连通道的差错控制编解码方案，该方案根据通信链路上的电压摆幅和比特误码率之间的关系，在数据传输过程中减少电源干扰、线间串扰等噪声影响，进而降低数据的出错率，从而在保证可靠性的情况下降低片上网络的互连功耗。论文共包括五个部分。第一章介绍了片上网络的基本概念和关键技术，分析了片上网络低功耗问题的研究背景及意义，并总结了国内外的研究现状。第二章主要介绍了片上网络低功耗模型，详细研究了相关的低功耗技术，并分析比较了各种技术之间的优缺点。第叁章提出了两种新的网络拓扑结构——DPMesh结构和HMesh结构以及相适应的路由算法。与经典的拓扑结构进行了性能对比分析，并在Orion平台上进行了仿真实验，实验结果表明这两种拓扑结构能够有效降低NoC的功耗。第四章研究了互连通道多错纠正编解码问题，提出了一种新的互连通道编码方案，在保证数据传输可靠性和容错性的前提下使片上网络的总功耗最小，并通过理论分析证明了编码方案的可行性，仿真实验也证明了该方案的优越性。第五章归纳总结了全文并对下一步的工作进行了展望。(本文来源于《曲阜师范大学》期刊2013-04-01）
严鑫,卢峰,徐峻[4]（2011）在《基于环境编码树状拓扑筛和多核并行算法的化学结构数据库检索引擎(英文)》一文中研究指出While high throughput screening(HTS) and combinational chemistry(CC) become mature, the need of processing jillion chemical structure data is growing rapidly.It is a great challenge to a chemical database search engine when it searches on a database with millions of chemical structures. Most of chemical substructure search engines were published before the year 2000.In recent years, high performance computing and personal computing have experienced dramatic improvements.(本文来源于《第十一届全国计算（机）化学学术会议论文摘要集》期刊2011-08-05）
顾绍通,马小虎,杨亦鸣[5]（2008）在《基于字形拓扑结构的甲骨文输入编码研究》一文中研究指出分析了甲骨文字形的拓扑结构特征,考虑了甲骨文字形、读音等因素,制作了甲骨文输入法的字形码表和拼音码表,设计了一种简便、有效的甲骨文输入编码方案,开发了甲骨文输入法程序,利用该程序可以通过两种途径来输入甲骨文字形,即拆分取码方法和现代汉字拼音方法,从而解决了从通用甲骨文字库中调出所需字形的问题。(本文来源于《中文信息学报》期刊2008年04期）
张俊俊,诸薇娜,周昌乐,马原野[6]（2007）在《拓扑差异图形的结构编码加工：一项EEG研究》一文中研究指出1982年,我国学者陈霖提出了脑的视觉拓扑检测理论(Chen,1982),这个理论认为在视觉的早期阶段,视觉系统检测的是物体的拓扑特征,而不是局部特征。在我们的这项工作中,关注的是对于拓扑结构不同的视觉刺激(闭合图形或者是开放图形),大脑在结构编码阶段是否有区别。(本文来源于《第叁届全国脑与认知科学学术研讨会暨脑与认知科学国际研讨会论文摘要集》期刊2007-11-01）
曹继伟,刘玉华,许凯华,滕玮[7]（2006）在《基于初始环编码的遗传算法优化网络拓扑结构问题》一文中研究指出论文以最小化网络直径及网络成本为优化目标,基于遗传算法优化网络拓扑结构问题提出了一种新颖的基于初始环的网络编码方法。该方法以网络的布尔邻接矩阵作为个体染色体,以邻接矩阵中随机对称窗口为交叉对象构造交叉算子。试验表明,该方法在全局搜索及快速收敛能力方面都有良好表现,能够很快求解到较优化的拓扑结构方案。(本文来源于《计算机工程与应用》期刊2006年26期）
王中华,温卫东[8]（2004）在《基于整型编码遗传算法的连续体结构的拓扑优化》一文中研究指出采用整型编码的遗传算法对结构进行拓扑优化,并引入浮点型向量的交叉和变异方式,提高个体间的遗传操作效率。最后通过对悬臂薄板结构的拓扑优化分析,验证了所提出方法的有效性,并讨论了基于整型编码的遗传算法不同交叉方式对结构拓扑的影响。(本文来源于《中国制造业信息化》期刊2004年11期）
陈惟昌,王文清[9]（1999）在《有机分子结构的高维空间拓扑编码与手性》一文中研究指出分析高维空间的拓扑特性，并给出高维空间的标准作图法则。在此基础上，提出一种新的有机分子结构的高维空间拓扑编码方法。这种方法以不同的上标符号代表不同的非氢原子，再根据有机分子中的非氢原子在高维空间中的位置排列和联结方式进行编码。这种编码简单明了，普遍适用，统一规范，系统性强，使用方便，同时能够反映出分子的不同异构体和手性。特别对Ｌ－型氨基酸及Ｄ－型氨基酸的手性及其编码的关系进行深入的分析。(本文来源于《北京大学学报(自然科学版)》期刊1999年02期）
袁身刚,赵霞,曾繁友,郑崇直[10]（1990）在《一种新的化学结构拓扑编码方法》一文中研究指出分子的化学结构式由于它能抓住分子结构的主要特征——原子及其联接它们的键,从而简明地表述出整个分子的特性,成为长期以来公认的描述化合物分子结构的基础。随着计算机技术的飞速发展,相当数量的化学家已采用计算机来处理(贮存、显示以及检索(本文来源于《化学通报》期刊1990年07期）
拓扑结构编码论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
为了更紧凑地表示叁角网格的几何和拓扑信息,充分利用叁角网格中的面、顶点和半边之间的语义关系和隐含信息,提出一个采用半边编码的叁角网格拓扑数据结构.首先建立以顶点序列表示的叁角面对象,并存放在动态数组中;将半边表示为所属叁角面在数组中的下标和顶点连线顺序隐式关系的二元组,并且编码为一个无符号长整型数;在顶点对象中设置外出半边属性,在叁角面对象中设置相邻面的3个反向半边属性;通过对设置的半边信息进行解码,实现拓扑信息查询.基于该数据结构开展了STL叁角网格数据的拓扑重建实验,在对内存空间需求、重建效率和拓扑信息处理能力等方面,与目前广泛使用的半边数据结构进行了比较,表明需求内存空间大为减少.
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
拓扑结构编码论文参考文献
[1].武成艳.基于拓扑二级结构和阅读框识别不同细胞器基因组的非编码RNA[D].内蒙古大学.2016
[2].张应中,谢馥香,罗晓芳,王钦瑞.采用半边编码的叁角网格拓扑数据结构[J].计算机辅助设计与图形学学报.2016
[3].曹洪新.基于拓扑结构和互连编码的NoC低功耗研究[D].曲阜师范大学.2013
[4].严鑫,卢峰,徐峻.基于环境编码树状拓扑筛和多核并行算法的化学结构数据库检索引擎(英文)[C].第十一届全国计算（机）化学学术会议论文摘要集.2011
[5].顾绍通,马小虎,杨亦鸣.基于字形拓扑结构的甲骨文输入编码研究[J].中文信息学报.2008
[6].张俊俊,诸薇娜,周昌乐,马原野.拓扑差异图形的结构编码加工：一项EEG研究[C].第叁届全国脑与认知科学学术研讨会暨脑与认知科学国际研讨会论文摘要集.2007
[7].曹继伟,刘玉华,许凯华,滕玮.基于初始环编码的遗传算法优化网络拓扑结构问题[J].计算机工程与应用.2006
[8].王中华,温卫东.基于整型编码遗传算法的连续体结构的拓扑优化[J].中国制造业信息化.2004
[9].陈惟昌,王文清.有机分子结构的高维空间拓扑编码与手性[J].北京大学学报(自然科学版).1999
[10].袁身刚,赵霞,曾繁友,郑崇直.一种新的化学结构拓扑编码方法[J].化学通报.1990
论文知识图
